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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-5 17:27:19 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2018-5-5 08:28
那么对于很容易出现波函数不稳定性的体系就相当遗憾了...原本想用双杂化算单点的

用普通泛函,确保是稳定波函数,然后双杂化计算时候以其波函数为初猜,一般也不会出现之后不稳定情况
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发表于 Post on 2018-5-5 23:45:11 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,a1 和 b 可以生成过渡态 ts      但是 a2 和 b 却不反应(找不到相应过渡态),只能找到一个复合结构int.log  这件事应该怎么分析,解释?

还有一个跟上述没关系的问题,  TS1.log 和 TS2.log 是两个过渡态结构,我能看出来这两个过渡态都涉及到C原子的sp2和sp3杂化方式的变化, 我想解释一下为什么这两个过渡态能量都很高,应该从哪方面入手?

请老师指点,谢谢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-6 02:23:31 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-5-5 23:45
请教老师,a1 和 b 可以生成过渡态 ts      但是 a2 和 b 却不反应(找不到相应过渡态),只能找到一个复合 ...

a1 和 b过渡态虚频来自C-C,a2和b的int结构没有那个作用,故没虚频。但a2-b也未必就找不到类似于a1-b的过渡态,可能得考虑不同结合朝向之类。试试吧。实在找不到可能就是没有。

TS1涉及到氢原子很远距离的迁移,势垒肯定不低。TS2看似直接涉及到断键过程,能量也肯定不低
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发表于 Post on 2018-5-6 02:55:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-6 02:23
a1 和 b过渡态虚频来自C-C,a2和b的int结构没有那个作用,故没虚频。但a2-b也未必就找不到类似于a1-b的过 ...

谢谢老师指点。我还想知道这些能不能从波函数分析的角度解释呢?
比如分析某些数据推测出a2-b为什么没有那种过渡态,分析某些数据说明TS1和TS2势垒高

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发表于 Post on 2018-5-6 07:43:16 | 只看该作者 Only view this author
做振动分析的时候,最后几个向量始终不收敛是怎么回事?
类似
      3 vectors produced by pass 62 Test12= 5.98D-14 1.00D-09 XBig12= 2.13D-15 1.98D-09.
……
……
      3 vectors produced by pass107 Test12= 5.98D-14 1.00D-09 XBig12= 8.20D-15 4.40D-09.
      3 vectors produced by pass108 Test12= 5.98D-14 1.00D-09 XBig12= 4.75D-15 3.07D-09.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-6 07:45:02 | 只看该作者 Only view this author
望月凝香 发表于 2018-5-6 07:43
做振动分析的时候,最后几个向量始终不收敛是怎么回事?
类似


任何迭代过程都可能出现不收敛
这也是碰巧遇上迭代求解CPHF方程难收敛了
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发表于 Post on 2018-5-6 08:45:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-6 07:45
任何迭代过程都可能出现不收敛
这也是碰巧遇上迭代求解CPHF方程难收敛了

有什么办法解决么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-6 19:42:48 | 只看该作者 Only view this author
望月凝香 发表于 2018-5-6 08:45
有什么办法解决么?


放宽CPHF收敛限一个数量级
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发表于 Post on 2018-5-7 02:40:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-6 19:42
放宽CPHF收敛限一个数量级

嗯。谢谢。
实际上更直接的方式昨天我发现了,从倒数第二步优化开始,重算一遍优化+频率。由于数值精度的问题,很大概率上可以解决这个问题==!

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发表于 Post on 2018-5-7 06:40:26 | 只看该作者 Only view this author
又有一个问题,在优化的时候自动降低对称性是怎么回事?
基本上只发生在有C5轴高度对称的分子上,比如环戊二烯负离子、B12笼、C60球,在优化的时候非常容易掉到低对称点群。简单更换泛函、基组帮助不大。

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发表于 Post on 2018-5-7 08:37:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2018-5-7 10:19 编辑

老师,跑irc,条件为irc=(calcall,stepsize=35,maxpoints=230,lqa) b3lyp/GenEcp如图一所示,条件为irc=(calcfc,maxpoints=230,lqa) guess=read b3lyp/GenEcp如图二所示,该计算验证了波函数的稳定性。为什么跑出来不一样,图二明显是对称了,能量也不一样?以哪个为准呢?

1111.jpg (100.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

1111.jpg

2222.jpg (96.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

2222.jpg

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发表于 Post on 2018-5-7 09:23:49 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian中计算的Electronic spatial extent (au):  <R**2>=             33.6151物理意义是什么?R是什么?根据什么原理或公式计算出来?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-7 10:38:35 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2018-5-7 09:23
Gaussian中计算的Electronic spatial extent (au):  =             33.6151物理意义是什么?R是什么?根据 ...


就是r^2算符的期望值,r是电子坐标距离原点的距离。
这个衡量电子分布的广度,对于一般分子体系没有什么太大实际意义
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望月凝香 发表于 2018-5-7 06:40
又有一个问题,在优化的时候自动降低对称性是怎么回事?
基本上只发生在有C5轴高度对称的分子上,比如环戊 ...

如果有弥散函数,去掉弥散函数
尝试提升积分格点精度
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erya123 发表于 2018-5-7 08:37
老师,跑irc,条件为irc=(calcall,stepsize=35,maxpoints=230,lqa) b3lyp/GenEcp如图一所示,条件为irc=(ca ...

图2明显不合理。看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

用图1的,但建议别把步长设那么大,影响精度。
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