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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-7 11:13:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2018-5-7 11:14 编辑
sobereva 发表于 2018-5-7 10:40
图2明显不合理。看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-5-7 13:10:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2018-5-7 20:29 编辑
sobereva 发表于 2018-5-7 10:40
图2明显不合理。看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

老师,还有个问题,使用opt寻找出来的过渡态有一个能量,但是使用stable=opt检查优化后,能量发生了变化(更小了,不稳定波函数变成稳定波函数),是不是以后计算或者作图时使用的应该是stable的能量?但是我用稳定波函数的过渡态跑irc时发现,irc曲线往往会突然从一个点跃迁到另外一个点开始计算,把完整的一条曲线断裂分成两段,两段之间还是连着的,但是并不光滑。(我没有保存那个图,如果需要,我再计算一遍,然后上图)

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发表于 Post on 2018-5-7 14:03:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-7 10:38
就是r^2算符的期望值,r是电子坐标距离原点的距离。
这个衡量电子分布的广度,对于一般分子体系没有什 ...

谢谢!

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发表于 Post on 2018-5-7 17:34:06 | 只看该作者 Only view this author
M062X优化S1态,相似分子都可以优化出来,只有这个分子不可以。反馈信息是这个,请问老师是什么原因?弱小无助 。。。非常感谢老师~~~

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发表于 Post on 2018-5-7 18:05:01 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。我优化一个构型后,我通过读力矩阵,几何构型和电子构型算另一个自旋态,或者改变其中一个金属的价态。这个方法可靠么? 这两种情况下,读取电子构型速度会变快么?
PS:我自己通过这个方法计算另一个自旋态时发现速度快了很多,结果也可靠。但我也不知道这个方法是不是所有情况下都会使计算加快。因为我们服务器上节点的不同,所以我不敢肯定时间是不是真的会变快。

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发表于 Post on 2018-5-7 20:50:04 | 只看该作者 Only view this author
老师,多重度2以上(包括2)是不是容易出现SCF不收敛的情况?我的体系中有两个第四周期的过度金属,基组为SDD,就过程中发现无论是寻找过度体,还是irc都很容易出现SCF不收敛的情况。

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发表于 Post on 2018-5-7 23:31:12 | 只看该作者 Only view this author
站长,您博文“过渡态、反应路径的计算方法及相关问题”中有这样的表述“一般来讲,势垒小于21kcal/mol就可以在室温下发生”。
21kcal/mol是如何估算出来的?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-8 03:30:39 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2018-5-7 23:31
站长,您博文“过渡态、反应路径的计算方法及相关问题”中有这样的表述“一般来讲,势垒小于21kcal/mol就可 ...

看TST算出来的k折算出的半衰期

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-8 03:31:23 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-5-7 20:50
老师,多重度2以上(包括2)是不是容易出现SCF不收敛的情况?我的体系中有两个第四周期的过度金属,基组为S ...

没有这个必然性
过渡金属多了倒是有增加SCF难收敛的趋势
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-8 03:52:08 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxy 发表于 2018-5-7 17:34
M062X优化S1态,相似分子都可以优化出来,只有这个分子不可以。反馈信息是这个,请问老师是什么原因?弱小 ...

没细节信息没法说。至少得有输入输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-8 04:16:51 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-5-7 18:05
sob老师,您好。我优化一个构型后,我通过读力矩阵,几何构型和电子构型算另一个自旋态,或者改变其中一个 ...


你能设的是整个体系的电荷和自旋多重度,没法操纵某个金属的价态
如果之前优化的那个电子态和之后要算的电子态电子结构特征相差不很大,极小点应该比较相近,则用之前优化的几何结构作为初猜结构可能比起用你自己手画的结构作为初猜优化所需步数更少。读取力常数矩阵没意义。
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erya123 发表于 2018-5-7 13:10
老师,还有个问题,使用opt寻找出来的过渡态有一个能量,但是使用stable=opt检查优化后,能量发生了变化 ...


你在stable=opt往chk里写入稳定波函数之后,必须guess=read读取这个结构下的稳定波函数重新用opt=TS找过渡态,之后再跑IRC。
稳定波函数和不稳定波函数是两个势能面,显然过渡态位置也是不同的。
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发表于 Post on 2018-5-8 08:57:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2018-5-8 10:07 编辑

老师,将ts结构检查波函数稳定性后使用guess=read进行irc任务的运算发现曲线并不平滑(如图所示),个人认为是由于跑irc的过程中出现了稳定和不稳定波函数之间的切换,导致曲线裂开。不知道如何避免这种问题。能不能在irc任务中添加stable=opt?记得有回答说,这样gaussian会和opt搞混出错。

3333.jpg (90.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

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发表于 Post on 2018-5-8 10:29:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-8 03:30
看TST算出来的k折算出的半衰期

谢谢社长!
能否提供一下数据表格文献的DOI,学习一下。
谢谢!

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发表于 Post on 2018-5-8 11:01:26 | 只看该作者 Only view this author
请问,一个反应的多条反应途径,如果势垒差小于2kcal就说这几条途径是相互竞争共同存在的,而不是以其中一条为主吗?有无参考文献之类的呢?

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