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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-4 17:38:08 | 只看该作者 Only view this author
老师,我之前问了您怎么找过渡态的初猜,对Li-O键进行柔性扫描的时候报错了,出错类型是l103,文件名是scan.log。您在别的帖子回复说是把最后一步优化的构型用opt=cartesian继续优化,我用gv打开log文件然后存为scan-new.gjf,修改执行路径后进行计算再次报错。错误是说不能使用笛卡尔或者Z-矩阵选择冗余。您能否帮我看看gjf和log文件和我的操作的问题所在?

scan.gjf

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scan.log

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scan-new.gjf

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scan-new.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-4 18:53:24 | 只看该作者 Only view this author
鱼叉君 发表于 2018-5-4 10:46
报告老师,我删掉最后一行半径,关键词改成pop=mkuff或者pop(mkuff),这样是报syntax error。用的是g09。 ...


8成是你的版本太老,还不支持mkuff关键词所致。

对于自己补充半径的情况,结尾没必要写两次半径,一次就够

UFF力场原本御用的是QEq电荷,写UFF=QEq就会在UFF计算之前自动产生QEq电荷。MK电荷原理上也可以结合UFF用,但是我没看到相关文章证明兼容性一定好。

正己醇不是很建议用MK电荷,因为一般的拟合静电势电荷有明显的构象依赖性,而且你用一个结构算出来的MK电荷,对于化学等价原子还可能不等价。用RESP电荷,或者AM1-BCC、ADCH、MMFF94等电荷原理上都可以。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-4 20:30:13 | 只看该作者 Only view this author
zc000 发表于 2018-5-4 10:40
各位老师好,我对优化好的过渡态进行IRC分析,所使用的命令为#p irc=calcfc b3lyp/6-311g(d) geom=connecti ...

确保里面提到的该注意的问题都注意了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-4 20:34:16 | 只看该作者 Only view this author
大慧慧 发表于 2018-5-4 14:46
求助:结构和坐标在附件中,想用刚性扫描5号C、1号N、19号C和20号C之间的二面角,但是打开输出文件后不知道 ...

用柔性扫描
写opt=modredundant
gjf末尾空一行写
5 11 19 20 S 30 5.0

甭用刚性扫描,没什么化学意义,而且还得恰当定义内坐标才能让整个基团转起来,很麻烦
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-4 20:35:38 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-5-4 10:10
请问,我在优化一个反应的时候,在反应物和过渡态中间也优化到了一个precursor complex,但是加上这个之后 ...

应当如实去写
至于目的是算反应速率的话,除非复合物很稳定,否则以反应物无限分离状态作为参考点来算势垒
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-4 20:38:29 | 只看该作者 Only view this author
灰天皮匠 发表于 2018-5-4 17:38
老师,我之前问了您怎么找过渡态的初猜,对Li-O键进行柔性扫描的时候报错了,出错类型是l103,文件名是scan ...

opt=modredundant代表在冗余内坐标下进行优化或柔性扫描,你再加cartesian就和这冲突了。
这体系很简单,没什么必要非得通过柔性扫描来找合适的过渡态初猜,直接手动摆就行了
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发表于 Post on 2018-5-4 20:52:05 | 只看该作者 Only view this author
您好:我用ORCA检查波函数稳定性时遇到了Error: Invalid or unknown value for Exchange in DFT XC-Kernel的报错,请问如何解决?附件是inp和out文件。此外用Gaussian的B2PLYP也有类似的问题。

TS_SiMigToCoResi_Trip_PWPB95.inp

3.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

TS_SiMigToCoResi_Trip_PWPB95.out

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发表于 Post on 2018-5-4 20:52:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-4 20:34
用柔性扫描
写opt=modredundant
gjf末尾空一行写

嗯嗯,是的谢谢老师,柔性扫描已经做完了,但是还要求做一个刚性扫描,不知该怎么做了,真的不知道该找哪个二面角

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发表于 Post on 2018-5-4 21:20:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-4 20:38
opt=modredundant代表在冗余内坐标下进行优化或柔性扫描,你再加cartesian就和这冲突了。
这体系很简单 ...

谢谢sob老师,我做柔性扫描也是想判断这个反应会不会存在过渡态。请问老师我那个scan.gjf怎样修改才能不报错呢?

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发表于 Post on 2018-5-4 21:29:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-4 20:35
应当如实去写
至于目的是算反应速率的话,除非复合物很稳定,否则以反应物无限分离状态作为参考点来算势 ...

算反应能垒,加上precursor complex就很高。算反应速率比值的话,结果都上亿了
目前看来,这个precursor complex是很稳定的一个状态。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-5 01:06:10 | 只看该作者 Only view this author
大慧慧 发表于 2018-5-4 20:52
嗯嗯,是的谢谢老师,柔性扫描已经做完了,但是还要求做一个刚性扫描,不知该怎么做了,真的不知道该找哪 ...

丝毫没这个必要
非要那么弄得自己精心写内坐标,使得一个二面角扫描的时候,整个环的原子都能连带着动起来,这样做相当麻烦
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-5 01:07:54 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2018-5-4 20:52
您好:我用ORCA检查波函数稳定性时遇到了Error: Invalid or unknown value for Exchange in DFT XC-Kernel ...

双杂化泛函没法做波函数稳定性测试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-5 01:21:50 | 只看该作者 Only view this author
灰天皮匠 发表于 2018-5-4 21:20
谢谢sob老师,我做柔性扫描也是想判断这个反应会不会存在过渡态。请问老师我那个scan.gjf怎样修改才能不 ...

改成对6和11做刚性扫描。

非要柔性扫描的话,把6-11-12角度做冻结再试
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发表于 Post on 2018-5-5 08:28:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-5 01:07
双杂化泛函没法做波函数稳定性测试

那么对于很容易出现波函数不稳定性的体系就相当遗憾了...原本想用双杂化算单点的

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sobereva 发表于 2018-5-5 01:06
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好的谢谢老师

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