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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-3 17:20:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-3 17:15
如果没有特别的必要,也别两个基组混用

老师  我只是想找下过渡金属与甲烷反应的路径并得到大致的势能面交叉点(从路径图上能看到有交叉就行)就行   请问能直接用pople系列基组嘛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-3 17:27:00 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-5-3 17:20
老师  我只是想找下过渡金属与甲烷反应的路径并得到大致的势能面交叉点(从路径图上能看到有交叉就行)就 ...


这种提问方式没法回。基本原则这里说了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-5-3 19:05:22 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,gaussian09默认的总能收敛标准和几何优化收敛标准分别是多少?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-3 22:26:36 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-5-3 19:05
请问老师,gaussian09默认的总能收敛标准和几何优化收敛标准分别是多少?

输出信息里直接写着
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发表于 Post on 2018-5-3 22:54:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-3 22:26
输出信息里直接写着

请问sob老师,一般所说的总能收敛标准和几何优化收敛标准是10负八次方和10负六次方,还是0.000300/0.000450,0.001200/0.001800这个?这两者有什么区别?谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-5-3 23:01:35 | 只看该作者 Only view this author
错误:
Merz-Kollman atomic radii used.
Read replacement radii for each type of atom:
Atom Element Radius
    1    29    0.00
GetVDW:  no radius for atom   1 atomic number  29.

描述:已经在文件末尾添加 Cu 1.4并删除键连关系,但是还是报这个错,求助Sob老师……感谢!~

输入文件:
%mem=8GB
%nprocshared=8
%chk=CuCl2-2.chk
#p opt freq b3lyp/genecp   pop=(mk,ReadRadii)

Title Card Required

0 2
Cu                 0.00000000    0.00000000    0.00000000
Cl                 0.00000000    0.00000000    2.13347900
Cl                 0.00000000    0.00000000   -2.13347900

Cu 0
lanl2dz
****
Cl 0
6-311g**
****

Cu 0
lanl2dz

Cu 1.4


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-3 23:47:24 | 只看该作者 Only view this author
鱼叉君 发表于 2018-5-3 23:01
错误:
Merz-Kollman atomic radii used.
Read replacement radii for each type of atom:

改成pop(mkuff),省得自己补半径了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-3 23:49:36 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-5-3 22:54
请问sob老师,一般所说的总能收敛标准和几何优化收敛标准是10负八次方和10负六次方,还是0.000300/0.0004 ...



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发表于 Post on 2018-5-4 06:25:23 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2018-5-4 07:53:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-3 16:26
闭壳层体系总为1-A
开壳层体系对占据轨道不可约表示做直积就行了。上头的例子只有B1没有配对的,因此电 ...

谢谢!

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发表于 Post on 2018-5-4 10:10:54 | 只看该作者 Only view this author
请问,我在优化一个反应的时候,在反应物和过渡态中间也优化到了一个precursor complex,但是加上这个之后,势垒就会变得比较大,在写文章的时候是否可以忽略precursor complex呢?

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发表于 Post on 2018-5-4 10:40:16 | 只看该作者 Only view this author

做IRC曲线不光滑

各位老师好,我对优化好的过渡态进行IRC分析,所使用的命令为#p irc=calcfc b3lyp/6-311g(d) geom=connectivity。结果得出的曲线如图所示,我应该怎么调整一下命令行?

1525401536(1).png (18.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

1525401536(1).png

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发表于 Post on 2018-5-4 10:46:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-3 23:47
改成pop(mkuff),省得自己补半径了

报告老师,我删掉最后一行半径,关键词改成pop=mkuff或者pop(mkuff),这样是报syntax error。用的是g09。
然后试了下写pop=(mk,ReadRadii) ,结尾半径写两次,正常结束了。

我想模拟正己醇和氯化铜分子成团簇情况,然后这时氯化铜应该是分子形式没有电离,我在文献没有找到合适的力场参数,所以看了您的博文266用了UFF力场拟合,写着“电荷必须自己提供”。那我正己醇和氯化铜都用pop=mk计算得出的电荷,请问这样合适吗?谢谢Sob老师!~

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发表于 Post on 2018-5-4 14:46:49 | 只看该作者 Only view this author

刚性扫描

求助:结构和坐标在附件中,想用刚性扫描5号C、1号N、19号C和20号C之间的二面角,但是打开输出文件后不知道扫描哪个二面角了(想扫描30步,每步5度)

求助.doc

80 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

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发表于 Post on 2018-5-4 15:24:35 | 只看该作者 Only view this author
可以看Sob老师的博文:在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题 http://sobereva.com/400
Shanghai JiaoTong University
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