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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-9 00:38:47 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2018-5-8 10:29
谢谢社长!
能否提供一下数据表格文献的DOI,学习一下。
谢谢!

你把自由能垒代入我的excel表哥就有了k
然后k怎么转换成半衰期,随便一本物理化学书里都会提
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-9 00:39:29 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-5-8 11:01
请问,一个反应的多条反应途径,如果势垒差小于2kcal就说这几条途径是相互竞争共同存在的,而不是以其中一 ...

没法简单这么说。
得通过计算反应速率常数来考察。
温度、隧道效应都会影响k,不仅仅在于势垒
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-9 00:53:30 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-5-8 08:57
老师,将ts结构检查波函数稳定性后使用guess=read进行irc任务的运算发现曲线并不平滑(如图所示),个人认 ...

IRC没法直接用stable=opt使得每一步都做stable=opt
确保TS已经对应稳定波函数的势能面的一阶鞍点,并且chk里有稳定波函数,然后IRC的时候guess=read,如果结果是你的这种现象,把IRC步长设很小再试。IRC每一步都会用上一步收敛的波函数当初猜,步长减小的话原理上应当能令稳定波函数维持住
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发表于 Post on 2018-5-9 09:03:55 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想问一下,在高斯09计算chelpg静电势电荷的输出文件里,哪部分是能用的电荷量信息?“Fitting point charges to electrostatic potential”之后的电荷量吗?还是前面的“Mulliken atomic charges:”的电荷量呢?另外计算出的dipole是分子整个的偶极矩吗?新手请教白痴问题,望解答,谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-9 09:16:08 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-5-9 09:03
老师好,我想问一下,在高斯09计算chelpg静电势电荷的输出文件里,哪部分是能用的电荷量信息?“Fitting po ...

Mulliken atomic charges显然是Mulliken电荷
ESP charges:那一行后头是CHELPG电荷
输出的偶极矩就是分子的。如果计算原子或片段偶极矩需要用Multiwfn
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发表于 Post on 2018-5-9 09:19:18 | 只看该作者 Only view this author
老师,找到的过渡态进行波函数稳定性检查出现以下情况:The wavefunction has an RHF->UHF instability,说明什么?我查了这种情况说明单重态下波函数不稳定,多重态下有稳定波函数。难道要把多重度设成3再进行检查吗?(可是多重度为3的过渡态结构是不是应该和多重度为1的不一样啊)还是,这种解释只针对中间体啊?

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发表于 Post on 2018-5-9 09:19:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-9 09:16
Mulliken atomic charges显然是Mulliken电荷
ESP charges:那一行后头是CHELPG电荷
输出的偶极矩就是分 ...

老师,意思是说我可以用multiwfn去计算片段的,也就是局部偶极矩,之前有看到过那个教程,但是没仔细阅读。

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发表于 Post on 2018-5-9 09:21:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-9 09:16
Mulliken atomic charges显然是Mulliken电荷
ESP charges:那一行后头是CHELPG电荷
输出的偶极矩就是分 ...

老师,其实我是想计算一下发生电荷转移后,激发态和基态的电荷变化,用chelpG合适吗?还是应该改直接用mulliken方法呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-9 09:24:13 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-5-9 09:21
老师,其实我是想计算一下发生电荷转移后,激发态和基态的电荷变化,用chelpG合适吗?还是应该改直接用mu ...


http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml了解些基本知识

不要用Mulliken
可以用Multiwfn计算我提出的ADCH电荷,非常推荐。CHELPG一般可以,但明显缺点是对包埋原子的电荷可靠性差
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lily19830130 发表于 2018-5-9 09:19
老师,找到的过渡态进行波函数稳定性检查出现以下情况:The wavefunction has an RHF- ...


说明基态应该是开壳层,你当成了闭壳层来算
可能代表单重态双自由基状态更稳定,也可能诸如三重态、五重态更稳定
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发表于 Post on 2018-5-9 09:40:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-9 09:25
说明基态应该是开壳层,你当成了闭壳层来算
可能代表单重态双自由基状态更稳定,也可能诸如三重态、五 ...

是不是我应该在三重态下寻找过渡态吗?那单重态下的反应路径就不用再算了吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-9 09:43:00 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-5-9 09:40
是不是我应该在三重态下寻找过渡态吗?那单重态下的反应路径就不用再算了吗?

未必三重态就是当前结构下的基态,各种情况都尝试(包括对称破缺单重态),看哪种能量最低。或者用stable=opt自动优化出稳定波函数
如果就是三重态能量最低,就不管单重态
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发表于 Post on 2018-5-9 09:51:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-9 09:43
未必三重态就是当前结构下的基态,各种情况都尝试(包括对称破缺单重态),看哪种能量最低。或者用stable ...

那老师,单重态下找到的过渡态,显示The wavefunction has an RHF->UHF instability,如果改用stable=opt, 多重度还设置为1计算,计算结果会给出最后给出的稳定波函数是在哪个多重度下的吗?

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发表于 Post on 2018-5-9 10:35:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-8 03:52
没细节信息没法说。至少得有输入输出文件

这个是输入和log文件,麻烦老师帮忙看一下~

TEST.log

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发表于 Post on 2018-5-9 10:38:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-9 09:24
看http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml了解些基本知识

不要用Mulliken

老师好,计算ADCH电荷时候,我的输出文件显示错误:There is no W atoms.是因为什么呢

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