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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-13 09:08:20 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-5-13 08:06
请问老师,解决scf不收敛,同一方法和基组下,做吸附能时,增加积分精度和不增加积分精度的能量不能在一起 ...

可以
这只是影响SCF初期的精度,到了最后都一样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-13 09:11:31 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-5-13 07:09
sob老师,您好。我体系首先设置的电荷和自旋是-5,2;算完之后,我重新设置电荷和自旋:-4,-1;在这基础上 ...

如果初猜结构不同,导致优化到不同极小点非常正常
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发表于 Post on 2018-5-13 09:54:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-13 05:38
注意看屏幕提示,明显是SCF不收敛
SCF NOT CONVERGED AFTER 125 CYCLES         
注意看本版ORCA分类里 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-5-13 10:43:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-13 09:11
如果初猜结构不同,导致优化到不同极小点非常正常

初猜是一样的。只是其中一个读了点文件。读点文件得到的这个结构,重新通入后,发现还能继续优化,才能得到和直接优化一样的结果。。我不知道这个方法到底哪里出错了呢?我之前电荷不改变,只改变自旋的时候,读点文件,得到的结果是正确的。

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发表于 Post on 2018-5-13 15:45:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,有几个计算开壳层单重态能量的问题想问您一下。
第一个就是目前我们组一般算开壳层单重态的方法是先用B3LYP做个普通优化,然后再用stable=opt计算下波函数稳定性,最后再读取这个计算文件进行优化,来寻找开壳层单重态的点。想问您一下
(1)这种情况下最后一步读取stable=opt的chk文件进行优化时是不是一定要用UB3LYP进行优化,还是直接用B3LYP也可以呢?
(2)这种方法直接在计算stable=opt的时候在命令行加入opt关键词是不是也可以起到找到开壳层单重态结构的作用,没必要非要读chk文件再做次优化呢?
(3) 我这两天看到了您的博文,里面写了用guess=mix关键词找开壳层单重态的介绍。想问您一下,用guess=mix的话操作流程是用UB3LYP进行计算然后直接写opt guess=mix就可以一步寻找到开壳层单重态了吗? 这种方法和我上面说的方法是不是在寻找开壳层单重态的时候都可以采用呢?

我还有第二个问题就是在找文献的时候,发现他们计算开壳层单重态的能量时还经常需要用到一个公式,就像图片里面写的那样。


我对这个公式现在有个大概的理解,不知道理解的对不对,想请教您一下。
(1)我对E0的理解是用上面所说的方法计算出的开壳层单重态的能量,E1感觉好像是用开壳层单重态的结构算一个三重态的单点的能量,不知道这样理解对不对?
(2)我对S1^2和S0^2的理解就是输出文献中现实的 <S**2>的值,不知道这样理解对不对?
(3)我感觉这个公式目前计算的是电子能,想问下老师是不是只有开壳层单重态的电子能需要这样校正,其他计算自由能,焓,内能等时所用的校正值应该就不需要先用这个公式校正下再加到电子能上了吧?

平时很少接触开壳层单重态的计算,问题比较多,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-5-13 19:43:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-9 10:54
程序bug,拿最后一步结构继续算

好的,谢谢老师~

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发表于 Post on 2018-5-13 19:48:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-9 10:54
程序bug,拿最后一步结构继续算

老师,看了看输出文件中最后一步不是能量最低的点,为什么不拿能量最低的那个点继续算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-13 19:50:17 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxy 发表于 2018-5-13 19:48
老师,看了看输出文件中最后一步不是能量最低的点,为什么不拿能量最低的那个点继续算?


没必要纠结这种无关痛痒的小问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-13 20:05:02 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-5-13 10:43
初猜是一样的。只是其中一个读了点文件。读点文件得到的这个结构,重新通入后,发现还能继续优化,才能得 ...


你的描述令人费解
直接通过输出文件来说明
要搞清楚原理,从电子态、波函数的稳定性、受力、Hessian的角度思考原因。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-13 20:06:48 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-5-13 15:45
sob老师好,有几个计算开壳层单重态能量的问题想问您一下。
第一个就是目前我们组一般算开壳层单重态的方 ...

这种文字量较大的问题还是单独发帖吧
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发表于 Post on 2018-5-13 20:28:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-13 20:06
这种文字量较大的问题还是单独发帖吧

好的老师,那我再编辑一下,单独发个求助帖,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-5-14 09:56:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ABetaCarw 于 2018-5-14 11:19 编辑



老师好,我想请教一个关于稳定性的问题。
苯硼酸和儿茶酚反应过程,有一种经典而且被学术界都认可的说法是上面sp3型的B形成的这种酯环化合物更稳定。
我使用http://sobereva.com/364 博文中的方法计算了一下B-O键的柔性力(G16 m062x/def2svp),发现上面sp3 硼的B-O键强度是下面sp2形式的一半。从这个数据来看,sp2形式的更稳定。
光靠这个数据就来挑战权威有些单薄,我该补充做什么研究来验证我的想法或者推翻我自己的想法?分别计算这两个物质生成过程的焓变 ,数值大的那个更稳定,算不算一种常规的方法?
计算键解离能,对于环内的不好处理,但是这里可以一起断两个B-O键是不是就好了,反正两个是等价的。这里请教一个伸手党问题,优化片段的时候下面哪个是对的,上面一行还是下面一行,或者说两种都要算算看



恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2018-5-14 12:23:59 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!想请教您两个问题:我在找卤代烃中的卤原子(或卤离子)转移到金属的过渡态时应该用闭壳层单重态算还是开壳层单重态(对称破缺波函数),哪个合理,这个过程涉及碳卤键断裂而且烷基要远离?第二个问题在上面这个过渡态中如果用闭壳层算就是卤素阴离子,烷基阳离子的机理开壳层单重态算就是卤原子和烷基的自由基机理,这样理解对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-14 13:45:33 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-5-14 12:23
sob老师您好!想请教您两个问题:我在找卤代烃中的卤原子(或卤离子)转移到金属的过渡态时应该用闭壳层单 ...

1 如果一开始是闭壳层状态,之后一般也是闭壳层状态。如果不放心,当闭壳层算完了再取几个点做stable进行测试

2 看不懂后半句
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-14 13:49:10 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-14 09:56
老师好,我想请教一个关于稳定性的问题。
苯硼酸和儿茶酚反应过程,有一种经典而且被学术界都认可的说 ...

看稳定具体指什么方面稳定。
诸如对于热分解而言,就考察热分解反应的势垒,如果是对水解什么的,就考察水解的势垒
就是均裂和异裂,没法说哪种对,非要说一种,就用解离能量最低的比较
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