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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-10 08:46:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-10 03:21
是gif不是gjf
你指定保存在哪肯定就会生成在哪
不需要再跑更多点了

老师我输出的文件是GIF呀= =但是真的找不到。还是要谢谢sob老师的解答:D

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-10 11:28:23 | 只看该作者 Only view this author
灰天皮匠 发表于 2018-5-10 08:46
老师我输出的文件是GIF呀= =但是真的找不到。还是要谢谢sob老师的解答:D


换个其它目录生成,别有中文
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发表于 Post on 2018-5-10 14:18:51 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用6-31g**搜索过渡态和计算irc,用6-311+g**来计算单点能。我们的体系中存在一个Na,与其他原子存在非键相互作用。请问这样的体系是否能按照您的http://sobereva.com/200帖子mayer键级部分那样对irc进行mayer键级分析。

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发表于 Post on 2018-5-10 17:32:15 | 只看该作者 Only view this author
sob老师你好,我把键长多拉长了1/3,想找N-S键断键的过渡态,结果做IRC两边都是反应物,是我的过度态找的不对,还是需要什么特殊命令。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-10 17:52:24 | 只看该作者 Only view this author
LLLL1111 发表于 2018-5-10 14:18
sob老师,我用6-31g**搜索过渡态和计算irc,用6-311+g**来计算单点能。我们的体系中存在一个Na,与其他原子 ...

可以,基组别有弥散函数就行,就用你走IRC的6-31G**级别下进行分析即可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-10 17:55:29 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2018-5-10 17:32
sob老师你好,我把键长多拉长了1/3,想找N-S键断键的过渡态,结果做IRC两边都是反应物,是我的过度态找的不 ...


找到过渡态后,结合结构一看虚频就能99%把握确定找没找对,确认无误再走IRC。走IRC该注意的问题这里都说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
两边对称说明IRC任务没成功,和过渡态是否找对没有直接关系
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发表于 Post on 2018-5-11 06:37:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好!我需要比较几个有机分子(甲醇,苯酚,单宁酸(174个原子))在二硫化钼表面的最优构象及结合能,计算时将二硫化钼冻结,Mo用lanl2dz,其他原子用6-31G**基组,是否可行?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-11 08:48:42 | 只看该作者 Only view this author
jitou11 发表于 2018-5-10 22:03
sob老师你好,请问gaussian中基函数中心坐标是否与其对应的原子坐标相同?
如果不相同的话基函数中心坐标是 ...

基函数中心就在原子核位置
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-11 08:50:11 | 只看该作者 Only view this author
honors 发表于 2018-5-11 06:37
sob老师,你好!我需要比较几个有机分子(甲醇,苯酚,单宁酸(174个原子))在二硫化钼表面的最优构象及结 ...


基组偏小。实在不行就用xtb做优化,最后上个大点的基组算结合能。或者用ORCA来做,参考《大体系弱相互作用计算的解决之道》(http://sobereva.com/214)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-11 10:34:12 | 只看该作者 Only view this author
jitou11 发表于 2018-5-11 09:24
但是图二中的ATOMIC CENTER所显示的坐标与图一中的原子坐标明显不一致,请教一下这个坐标代表了什么?

Gaussian计算时候会把体系自动摆到标准朝向,故坐标会变化
你可以加上nosymm再对比
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-12 04:14:08 | 只看该作者 Only view this author
jitou11 发表于 2018-5-11 11:01
试过了,结果并没有什么不同。
这两组坐标的区别不是朝向,而是N-H间距。

输出信息单位是Bohr
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发表于 Post on 2018-5-12 20:34:08 | 只看该作者 Only view this author

orca计算

本帖最后由 dmg123 于 2018-5-12 22:09 编辑

各位老师好,用orca计算时出现

   *****************************************************
               *                      ERROR                        *
               *        SCF NOT CONVERGED AFTER 125 CYCLES         *
               *****************************************************

  Last Energy change         ...   -1.2507e-02  Tolerance :   1.0000e-08
  Last MAX-Density change    ...    3.2685e-03  Tolerance :   1.0000e-07
        *****************************************************               *                      ERROR                        *
               *        SCF NOT CONVERGED AFTER 125 CYCLES         *
               *****************************************************

  Last Energy change         ...   -1.2507e-02  Tolerance :   1.0000e-08
  Last MAX-Density change    ...    3.2685e-03  Tolerance :   1.0000e-07
     --------------------------------------------------------------------
                                      ERROR
     This wavefunction IS NOT CONVERGED!
     And it is 'too far' from meeting the convergence thresholds.
     Aborting ...
     Please restart calculation (with larger maxiter?)
     --------------------------------------------------------------------


-------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.
-------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[61502,1],2]
  Exit code:    125
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpirun -np 12  /home/lab/software/orca401/orca_scf_mpi pu3.gbw b
Check for SCF-logfiles
[file orca_main/maingopt.cpp, line 947]: ORCA finished with an error in the energy calculation

[file orca_main/maingopt.cpp, line 947]: ORCA finished with an error in the energy calculation

这种错误,哪位能帮我解决一下 ,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-13 05:38:10 | 只看该作者 Only view this author
dmg123 发表于 2018-5-12 20:34
各位老师好,用orca计算时出现

   *****************************************************

注意看屏幕提示,明显是SCF不收敛
SCF NOT CONVERGED AFTER 125 CYCLES         
注意看本版ORCA分类里的帖子,有很多讨论SCF不收敛的解决
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发表于 Post on 2018-5-13 07:09:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。我体系首先设置的电荷和自旋是-5,2;算完之后,我重新设置电荷和自旋:-4,-1;在这基础上我读了矩阵,电子构型和几何构型:#p opt=rcfc freq=noraman m06l/genecp int=ultrafine scf=xqc geom=check  guess=read。为什么我算出来的结果和直接优化的结果不一样呢?是哪里出了问题呢,我觉得这个做法没什么问题啊。

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发表于 Post on 2018-5-13 08:06:29 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,解决scf不收敛,同一方法和基组下,做吸附能时,增加积分精度和不增加积分精度的能量不能在一起相加减。请问我有的用了SCF=NoVarAcc,有的没用SCF=NoVarAcc,其他关键词不变,这样得到的能量能在一起相加减吗?谢谢老师!

本版积分规则 Credits rule

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