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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-14 14:11:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-14 13:49
看稳定具体指什么方面稳定。
诸如对于热分解而言,就考察热分解反应的势垒,如果是对水解什么的,就考察 ...

这是在溶液中进行的反应,要考察水解情况。
水解势垒是否就是计算水解过程中的过渡态,然后看看能垒的高低?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2018-5-14 15:09:11 | 只看该作者 Only view this author
老师,如果过渡态的波函数检查后不稳定,优化后稳定了,能不能将优化后的波函数和gjf(输入文件)结合在一起?或者将log文件保存时将稳定波函数信息一起保存为gjf呢?

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发表于 Post on 2018-5-14 15:26:50 | 只看该作者 Only view this author
SOB老师您好,想问一个具有对称性的分子电离能的问题,例如水分子,两个氧氢键的电离能是不是一般相同的呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-14 16:00:41 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2018-5-14 15:26
SOB老师您好,想问一个具有对称性的分子电离能的问题,例如水分子,两个氧氢键的电离能是不是一般相同的呢 ...

电离能是对整体而言,不是对键而言
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-14 16:00:54 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-14 14:11
这是在溶液中进行的反应,要考察水解情况。
水解势垒是否就是计算水解过程中的过渡态,然后看看能垒的高 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-5-14 16:02:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mutron 于 2018-5-14 16:07 编辑

硼酸酯(盐)的稳定性一般就是:水解(重新生成硼酸化合物)、空气(氧化)稳定性,当然还有对其他反应条件的稳定性,比如:10.1021/ja8063759

从化学直觉上来说,sp2因为存在(p)空轨道,更容易被亲核试剂进攻,也就更容易被水解和氧化。sp3因为没有了空p轨道,因而对以上条件更稳定,所以各种sp3的硼酸酯(盐)一般都是比较稳定,比如MIDA、三氟硼酸盐

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-14 16:08:55 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-5-14 15:09
老师,如果过渡态的波函数检查后不稳定,优化后稳定了,能不能将优化后的波函数和gjf(输入文件)结合在一 ...


意义不明。
诸如之前TS结构下,stable发现不稳定,就stable=opt,把稳定波函数存到chk里。然后还是在之前的TS结构下,直接guess=read opt(TS,calcfc,noeigen)在稳定的波函数下优化过渡态
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发表于 Post on 2018-5-14 17:20:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 万山红遍 于 2018-5-14 18:08 编辑

sob老师你好
一个分子电离分解成正负两个离子,如何计算电离能,请问是否要加校正,如基组重叠误差校正,加虚原子等。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-14 19:06:02 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2018-5-14 17:20
sob老师你好
一个分子电离分解成正负两个离子,如何计算电离能,请问是否要加校正,如基组重叠误差校正, ...

这跟电离能是两码事,这是解离过程

片段能量和减去整体能量

不要考虑BSSE,否则只会添乱
计算化学键键能时若基组合理则考虑BSSE是完全多余的
http://sobereva.com/38
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发表于 Post on 2018-5-15 08:55:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。请教您个问题,用multiwfn输出分子的范德华体积时,对同一个分子,同一个输出fch文件,怎么每次得到的数值都有差别,试了几次,发现差距还挺大的,对一个体积约为5000 bohr^3的分子,差距什么在200左右。

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发表于 Post on 2018-5-15 08:56:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-14 19:06
这跟电离能是两码事,这是解离过程

片段能量和减去整体能量

我计算了一下,正离子和负离子△G之和是小于初始分子的△G的,这岂不是说明在溶液中以正负离子形式存在比结合成分子更加稳定,好像与事实相悖啊。。
我要说明一个分子在溶液中稳定,我是用键能E来说明,还是用△G的差值来说明呢。。。

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发表于 Post on 2018-5-15 09:43:02 | 只看该作者 Only view this author
结构优化时提示如下错误: Error on total polarization charges =  0.08442
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -1742.65522294     A.U. after   18 cycles
             Convg  =    0.8169D-08             -V/T =  2.0346
KE= 1.684304532866D+03 PE=-1.235016889012D+04 EE= 4.787869067886D+03
SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =      14.30
(included in total energy above)
Leave Link  502 at Sun May 13 04:25:35 2018, MaxMem=  536870912 cpu:   17686.9
(Enter /opt/g09/l701.exe)
Compute integral first derivatives.
... and contract with generalized density number  0.

输入文件中关键词为:#p opt=cartesian b3lyp/gen pseudo=read scrf=(smd,solvent=water),基组C,H,O,N用6-311++G**,Fe用的SDD基组。
请问老师们,这个错误是基组问题还是SMD的使用问题??谢谢你们的帮助~

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发表于 Post on 2018-5-15 09:49:03 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想请教您,如果一个文件未正常结束,还没有计算完成,如何用已生成的chk文件放入接着进行后续计算,输入文件需要做哪些改动呢?谢谢您!

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发表于 Post on 2018-5-15 11:29:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ABetaCarw 于 2018-5-15 11:57 编辑

老师好,请教一个超级基础的问题。问题来源于 最近和前辈请教机理时候的脑洞。
如果说多步反应不可能一次性找到过渡态,需要分步找过渡态,那么酯化反应为什么可以-OH 和-H分别拉神 然后放近点 就能得到过渡态了?

机理图片来自 维基百科酯化反应
右边的酯化反应机理图动图来自Wikimedia Commons
还是说,反应过程经历了很多不具有过渡态的过程,只有-OH 和-H结合飞走 那一步有过渡态?

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发表于 Post on 2018-5-15 12:01:52 | 只看该作者 Only view this author
app 发表于 2018-5-15 09:49
老师您好,想请教您,如果一个文件未正常结束,还没有计算完成,如何用已生成的chk文件放入接着进行后续计 ...

单点还是几何优化,半经验/HF/DFT  还是后HF 。把这些信息补充一下 才好解答。
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