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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-15 19:26:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-15 19:06
如果所有坐标都要优化,就把所有坐标都用变量形式表示。如果只优化某些,就只把某些坐标用变量形式表示

谢谢sob老师。不知道应该优化哪些坐标,是不是指定越多的变量,最后优化出来的结构越靠谱呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 19:46:56 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-15 11:29
老师好,请教一个超级基础的问题。问题来源于 最近和前辈请教机理时候的脑洞。
如果说多步反应不可能一次 ...


酯化反应没有酸催化的时候是一步,有酸催化的时候是两步

另外,那种Lewis式表达的机理图,有时候完全就是半民科思维人为臆测的,也别太当回事。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 19:49:32 | 只看该作者 Only view this author
13163031955 发表于 2018-5-15 19:26
谢谢sob老师。不知道应该优化哪些坐标,是不是指定越多的变量,最后优化出来的结构越靠谱呢?

没有特殊情况下,所有变量都得优化,否则就是限制性优化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-5-15 20:09:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-15 19:24
不要盲目信stable的结论。你的这种情况很正常,即使用比实际更高的自旋多重度来计算stable可能也误判为稳 ...

谢谢sob老师。确实我用stable计算一般只见过“R→U不稳定”和“内部不稳定”两种警告,暂时还没见过“U→R的不稳定”。
另外多问您一句,您看类似这种多个自旋多重度都stable稳定的情况,是一般选择较小的,还是总是有必要自行比较其能量大小呢?(当然如之前问您的简单体系,我主观上判断就是1了)
It's my life and it's now or never

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 20:19:55 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2018-5-15 20:09
谢谢sob老师。确实我用stable计算一般只见过“R→U不稳定”和“内部不稳定”两种警告,暂时还没见过“U→ ...

用能量最低的

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发表于 Post on 2018-5-15 20:25:19 | 只看该作者 Only view this author

高斯l1.exe报错

用高斯计算过渡态时,用了这些命令#p opt=(qst2,calcfc,maxstep=1) freq td b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(smd,solvent=c6h6),
但是结果提示No analytic 2nd derivatives for this method.
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/Gauss/Gauss09.E01/g09/l1.exe at Tue May 15 19:04:13 2018.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
想问一下是因为什么

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发表于 Post on 2018-5-15 20:28:46 | 只看该作者 Only view this author
g09对TDDFT激发态没有解析二阶导数,正如倒数第四行所说。

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发表于 Post on 2018-5-15 20:35:31 | 只看该作者 Only view this author
dreamyeye 发表于 2018-5-15 20:28
g09对TDDFT激发态没有解析二阶导数,正如倒数第四行所说。

那是我不应该加哪个命令,还是我这个就是算不了呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 20:37:23 | 只看该作者 Only view this author
大慧慧 发表于 2018-5-15 20:35
那是我不应该加哪个命令,还是我这个就是算不了呀?


如果要算基态的过渡态,去掉TD
要算激发态的过渡态,强烈建议改用G16。非用G09就去掉calcfc。甭把步长上限设那么小,白增加耗时
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发表于 Post on 2018-5-15 20:41:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-15 20:37
如果要算基态的过渡态,去掉TD
要算激发态的过渡态,强烈建议改用G16。非用G09就去掉calcfc。甭把步长 ...

知道了,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-5-15 21:08:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-15 19:06
如果所有坐标都要优化,就把所有坐标都用变量形式表示。如果只优化某些,就只把某些坐标用变量形式表示

谢谢老师,还有一个问题就是,我想把X坐标用变量形式表示,写成X1=1.84261600,但是算不通,输出文件的错误为Unknown center X1,那x坐标应该用什么表示呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 21:20:10 | 只看该作者 Only view this author
13163031955 发表于 2018-5-15 21:08
谢谢老师,还有一个问题就是,我想把X坐标用变量形式表示,写成X1=1.84261600,但是算不通,输出文件的错 ...

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发表于 Post on 2018-5-15 21:33:47 | 只看该作者 Only view this author

在笛卡尔坐标下,我指定y坐标,计算没有问题,但是就是指定x坐标的时候,会出错Unknown center X1,不知道x坐标该如何指定,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-5-16 00:58:30 | 只看该作者 Only view this author

分子轨道与基态激发态能级问题

本帖最后由 wangchengjun 于 2018-5-16 01:05 编辑

老师:您好!我采用了TD-DFT计算了一个分子的吸收光谱方法如下:
# opt td b3lyp/6-31g geom=connectivity得到了数据结果是:
Ground to excited state transition densities written to RWF  633

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State   1:      Singlet-A      1.8210 eV  680.87 nm  f=0.0001  <S**2>=0.000
     193 ->195         0.70524
This state for optimization and/or second-order correction.
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State   2:      Singlet-A      2.0710 eV  598.66 nm  f=0.9329  <S**2>=0.000
     194 ->195         0.71149
     194 <-195        -0.12371

Excited State   3:      Singlet-A      2.6924 eV  460.49 nm  f=0.3731  <S**2>=0.000
     192 ->195        -0.66244
     194 ->196        -0.23944
SavETr:  write IOETrn=   770 NScale= 10 NData=  16 NLR=1 LETran=      62.

其中194(homo)、195(lumo)

为何在 Excited State   1 中 193 ->195即H-1 ->L, 而Excited State   2中是 194 ->195即H ->L. 理论上Excited State   2的能量比Excited State   1 能量大,反而分子轨道能级差Excited State   1要比Excited State   2大呢?


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发表于 Post on 2018-5-16 00:59:46 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,

使用m062x泛函计算激发态某分子溶剂化下的优化构型,总是报错“Error on total polarization charges = ”,keyword如下

#opt td m062x/6-31+g(d,p) scrf=(solvent=acetonitrile)

尝试了不同初猜结构,还是会有报错,有什么好的解决办法吗?
对于PCM,需要用nosymm吗?

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