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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-15 14:32:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好。有个问题想请教您一下:
之前听您说过,普通有机分子的自旋多重度通常为1。最近我在做一个只有CHNO元素的简单体系,一直选择1为自旋多重度,用stable检验也显示波函数稳定;但是今天随手把多重度设为了3,然后用stable检验也显示波函数稳定。
如果stable命令是放宽自旋多重度限制以检验能量是否最低,那为什么设置1或3时都显示稳定呢?
谢谢老师!
It's my life and it's now or never

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发表于 Post on 2018-5-15 15:23:56 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师的回复,我的问题是开壳层单重态的过渡态对应的是不是碳卤键的均裂而闭壳层单重态的过渡态是不是对应碳卤键的异裂?

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发表于 Post on 2018-5-15 15:30:52 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,在利用CCSD(T)方法对Au2Cl3体系进行结构优化时,指定优化变量是指定某几个变量还是全部指定呢(小于50个),谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-5-15 16:15:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,想要学习一下电子光谱怎么计算,在模拟优化基态,做基态振动分析时,自己的输入文件根据您给的例子进行如下修改,,总是出现一提交就出错的情况?这是为什么呢?

anisole-s0-opt.gjf

1.07 KB, 阅读权限: 60, 下载次数 Times of downloads: 0

anisole-s0-opt.log

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发表于 Post on 2018-5-15 17:05:11 | 只看该作者 Only view this author
计算碱基间能量,在PCM模型计算水环境、蛋白环境中的能量要小于气相,是什么原因?求提供文献,谢谢大家

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发表于 Post on 2018-5-15 17:20:30 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-15 12:01
单点还是几何优化,半经验/HF/DFT  还是后HF 。把这些信息补充一下 才好解答。

不好意思,我再说明一下,老师是这样的,我在进行一个单点的计算,用的CCSDT 的方法,但是它进行一半就停止了,应该是中断了,但是已经有chk文件生成,我想请问您,接下来我该如何对输入文件进行修改才能接着之前的继续计算,谢谢您。不好意思麻烦您了。

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6637#
发表于 Post on 2018-5-15 17:59:17 | 只看该作者 Only view this author
app 发表于 2018-5-15 17:20
不好意思,我再说明一下,老师是这样的,我在进行一个单点的计算,用的CCSDT 的方法,但是它进行一半就停 ...

后HF单点续算:这类计算rwf文件往往会很大,续算时候同时需要之前的chk和rwf文件。耦合簇(包括EOM-CC) QCI CI BD等任务的续算方式:
%rwf=yyy.rwf
%nosave
%chk=xxx.chk
#restart 不用写其他关键词

感叹一句,社长的讲义真的是百宝箱。上述内容来自社长量化基础班讲义,因为版权问题 我不能拍图给你。


恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 19:03:39 | 只看该作者 Only view this author
zzjy 发表于 2018-5-15 17:05
计算碱基间能量,在PCM模型计算水环境、蛋白环境中的能量要小于气相,是什么原因?求提供文献,谢谢大家


"碱基间能量"表述不清
PCM模型没法表现蛋白环境
如果你是指用PCM模型表现隐式水模型下计算的碱基间相互作用能小于在气相下计算的,可以姑且理解为主要是因为水的介电常数大于真空,导致静电相互作用被屏蔽不少
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 19:05:16 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxy 发表于 2018-5-15 16:15
sob老师您好,想要学习一下电子光谱怎么计算,在模拟优化基态,做基态振动分析时,自己的输入文件根据您给 ...

opt和freq两个任务分开单独做再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 19:06:19 | 只看该作者 Only view this author
13163031955 发表于 2018-5-15 15:30
老师,您好,在利用CCSD(T)方法对Au2Cl3体系进行结构优化时,指定优化变量是指定某几个变量还是全部指定呢 ...

如果所有坐标都要优化,就把所有坐标都用变量形式表示。如果只优化某些,就只把某些坐标用变量形式表示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 19:07:40 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2018-5-15 08:55
sob老师,您好。请教您个问题,用multiwfn输出分子的范德华体积时,对同一个分子,同一个输出fch文件,怎么 ...


因为你用的是蒙特卡罗方式算的,这里说了,结果肯定每次都会不同,除非你把测试点的数目设得无穷大
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

建议用定量分子表面分析功能计算体积,这样每次计算结果都完全相同,结果只依赖于格点间距(越小越准,但越耗时)

PS:Multiwfn的问题请在"波函数分析与Multiwfn"专版交流。
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发表于 Post on 2018-5-15 19:21:32 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-15 17:59
后HF单点续算:这类计算rwf文件往往会很大,续算时候同时需要之前的chk和rwf文件。耦合簇(包括EOM-CC)  ...

好的,好的,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 19:22:20 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-5-15 15:23
谢谢sob老师的回复,我的问题是开壳层单重态的过渡态对应的是不是碳卤键的均裂而闭壳层单重态的过渡态是不 ...


通常来说键的解离过渡态(如果有),无论是均裂还是异裂,在过渡态这一步还不构成开壳层单重态,当均裂继续进行,才可能出现开壳层单重态
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发表于 Post on 2018-5-15 19:22:58 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-15 17:59
后HF单点续算:这类计算rwf文件往往会很大,续算时候同时需要之前的chk和rwf文件。耦合簇(包括EOM-CC)  ...

不好意思,还有个问题问您,就是我只生成了chk文件,rwf文件,在哪里找得到啊,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-15 19:24:44 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2018-5-15 14:32
sob老师好。有个问题想请教您一下:
之前听您说过,普通有机分子的自旋多重度通常为1。最近我在做一个只有 ...

不要盲目信stable的结论。你的这种情况很正常,即使用比实际更高的自旋多重度来计算stable可能也误判为稳定。
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