简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

yvette · 发表于 Post on 2018-5-17 11:47:34

投了一篇文章，审稿人提出如下问题：
Gaussian 09 minimization ofexcited states can be dangerous, have the authors checked that between theground state minimum geometry and the excited S1 minimum geometry, that S1 isthe same electronic state. That is no other “Diabatic” state crossed the S1 duringminimization? Authors should clarify how the “track” the electronic state asthey minimize. Similartransition dipoles for ground state and excited state minimums would clarifythis point.
[size=18.6667px]求：基态和激发态的跃迁偶极矩如何提取？谢谢

wangchengjun · 发表于 Post on 2018-5-17 12:57:44

老师：您好！我在计算一个分子的吸收光谱时选用的方法是opt td b3lyp/6-31g geom=connectivity，未加d轨道。由于加d轨道后计算时间过长，未加d轨道计算结果还算满意，请问老师，我不加d轨道的方式可以吗？发文章的时候会被质疑吗？

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-5-17 13:56:33

这叫个非氢原子加极化。
肯定会被质疑，不加极化甚至有可能定性错误~

wangchengjun · 发表于 Post on 2018-5-17 14:31:38

让你变成回忆发表于 2018-5-17 13:56
这叫个非氢原子加极化。
肯定会被质疑，不加极化甚至有可能定性错误~

好的，老师，我加d后重新计算。

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-17 17:07:34

yvette 发表于 2018-5-17 11:47
投了一篇文章，审稿人提出如下问题：
Gaussian 09 minimization ofexcited states can be dangerous, have ...

跃迁偶极矩是对于两个态之间而言
跃迁偶极矩怎么读取看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314

steven · 发表于 Post on 2018-5-17 17:40:55

老师，一般应该认为配位键就是共价键。但是为什么有时候一个原子的“原子价”已经满了，却还是能形成配位键，就好像这个配位键不占“价”似的。比如我发现用chemdraw画结构式的时候，一个饱和的形成了四个键的碳原子，如果你再给它连一个键，程序就会有warning的提示说价位不对。但是给它多连一个配位键，就不会有warning提示。。请教老师这是为什么？

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-17 20:03:28

steven 发表于 2018-5-17 17:40
老师，一般应该认为配位键就是共价键。但是为什么有时候一个原子的“原子价”已经满了，却还是能形成配位键 ...

别管chemdraw，完全没有考虑实际电子结构，只是按照开发者指定的规则判断的。以量化计算为准

steven · 发表于 Post on 2018-5-17 22:12:38

sobereva 发表于 2018-5-17 20:03
别管chemdraw，完全没有考虑实际电子结构，只是按照开发者指定的规则判断的。以量化计算为准

知道了，谢谢老师~

mly12345 · 发表于 Post on 2018-5-18 09:14:56

本帖最后由 mly12345 于 2018-5-18 09:39 编辑

sobereva 发表于 2018-5-10 03:20
别乱用，能用、该用什么这里都说了
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373

请老师帮忙看一下输入文件，我的分子只有CHON，看例子是用了SDD的，我是这样写的：

%chk=S1.chk
#p CAM-B3LYP/genecp int=fine td(root=1) density out=wfn

B3LYP/6-31G* with SDD opted
0 1
【坐标】

C    0
S 6 1.00
3047.5249000             0.0018347
457.3695100             0.0140373
103.9486900             0.0688426
   29.2101550             0.2321844
   9.2866630             0.4679413
   3.1639270             0.3623120
SP 3 1.00
   7.8682724          -0.1193324             0.0689991
   1.8812885          -0.1608542             0.3164240
   0.5442493             1.1434564             0.7443083
SP 1 1.00
   0.1687144             1.0000000             1.0000000
SP 1 1.00
   0.0438000             1.0000000             1.0000000
****
O N H 0
6-31G*
****

S1.wfn

mly12345 · 发表于 Post on 2018-5-18 09:36:24

老师好，我想问一下，在计算“电子激发过程中的片段间电荷转移百分比”问题里，计算基态和激发态所用的原子坐标应该是同样的基态优化后的坐标吗？

erya123 · 发表于 Post on 2018-5-18 09:58:31

老师，跑irc的时候为什么一直是平台，突然出现很高的点，然后irc任务就结束了。如何避免这种问题？

啃骨魔 · 发表于 Post on 2018-5-18 16:09:41

老师好！想麻烦您看看输入文件。
我就是想算个有机盐不对称单元的单点能，然后产生wfn讨论氢键。因为存在对称问题扩展了一下（原来1.5个分子变成3个）结果不能计算
Atoms in 1 fragments were given but there should be 3.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l101.exe
请问如何解决？谢谢！

gjf是这样的：
%chk=C:\ajd2s.chk
# b3lyp/6-311+g(d,p) counterpoise=3 geom=connectivity out=wfn sp pop=full
ajd2s

0 1
O                8.39060000 3.88340000 6.39010000
H                8.62540000 4.30050000 5.44930000
O                7.59610000 2.25420000 5.03790000
N                3.67930000 0.95120000 11.21370000
H                2.83860000 0.88290000 10.57430000
H                3.87280000 1.95770000 11.46160000
H                3.40300000 0.45150000 12.08590000
C                4.83400000 0.26830000 10.55850000
H                4.50500000 -0.75700000 10.33210000
H                5.66070000 0.21620000 11.28240000
C                5.26760000 0.98080000 9.28700000
H                4.36030000 1.20410000 8.69380000
C                6.15730000 0.05430000 8.45500000
H                5.60290000 -0.86860000 8.22150000
H                7.03810000 -0.24140000 9.05530000
C                6.62230000 0.72820000 7.16910000
H                7.26080000 0.04970000 6.58170000
H                5.75380000 0.96730000 6.54060000
C                7.34100000 2.03440000 7.45130000
H                8.26230000 1.84070000 8.03490000
C                6.45040000 2.97240000 8.28620000
H                5.56460000 3.25270000 7.68950000
H                6.99260000 3.90170000 8.50990000
C                5.98500000 2.30070000 9.57450000
H                6.85620000 2.09840000 10.22590000
H                5.32380000 2.99070000 10.11780000
C                7.77930000 2.71440000 6.17510000
O                1.51970000 0.17540000 9.58330000
O                1.99870000 2.07230000 8.52520000
C                1.34290000 0.97540000 8.60940000
C                0.34720000 0.67210000 7.49720000
H                -0.40220000 1.48010000 7.49310000
H                0.88580000 0.76660000 6.53980000
O                -8.39060000 -3.88340000 8.69690000
H                -8.62540000 -4.30050000 9.63770000
O                -7.59610000 -2.25420000 10.04910000
N                -3.67930000 -0.95120000 3.87330000
H                -2.83860000 -0.88290000 4.51270000
H                -3.87280000 -1.95770000 3.62540000
H                -3.40300000 -0.45150000 3.00110000
C                -4.83400000 -0.26830000 4.52850000
H                -4.50500000 0.75700000 4.75490000
H                -5.66070000 -0.21620000 3.80460000
C                -5.26760000 -0.98080000 5.80000000
H                -4.36030000 -1.20410000 6.39320000
C                -6.15730000 -0.05430000 6.63200000
H                -5.60290000 0.86860000 6.86550000
H                -7.03810000 0.24140000 6.03170000
C                -6.62230000 -0.72820000 7.91790000
H                -7.26080000 -0.04970000 8.50530000
H                -5.75380000 -0.96730000 8.54640000
C                -7.34100000 -2.03440000 7.63570000
H                -8.26230000 -1.84070000 7.05210000
C                -6.45040000 -2.97240000 6.80080000
H                -5.56460000 -3.25270000 7.39750000
H                -6.99260000 -3.90170000 6.57710000
C                -5.98500000 -2.30070000 5.51250000
H                -6.85620000 -2.09840000 4.86110000
H                -5.32380000 -2.99070000 4.96920000
C                -7.77930000 -2.71440000 8.91190000
O                -1.51970000 -0.17540000 5.50370000
O                -1.99870000 -2.07230000 6.56180000
C                -1.34290000 -0.97540000 6.47760000
C                -0.34720000 -0.67210000 7.58980000
H                0.40220000 -1.48010000 7.59390000
H                -0.88580000 -0.76660000 8.54720000

1 2 1.0 27 1.0
2
3 27 2.0
4 5 1.0 6 1.0 7 1.0 8 1.0
5
6
7
8 9 1.0 10 1.0 11 1.0
9
10
11 12 1.0 13 1.0 24 1.0
12
13 14 1.0 15 1.0 16 1.0
14
15
16 17 1.0 18 1.0 19 1.0
17
18
19 20 1.0 21 1.0 27 1.0
20
21 22 1.0 23 1.0 24 1.0
22
23
24 25 1.0 26 1.0
25
26
27
28 30 1.0
29 30 2.0
30 31 1.0
31 32 1.0 33 1.0 64 1.0
32
33
34 35 1.0 60 1.0
35
36 60 2.0
37 38 1.0 39 1.0 40 1.0 41 1.0
38
39
40
41 42 1.0 43 1.0 44 1.0
42
43
44 45 1.0 46 1.0 57 1.0
45
46 47 1.0 48 1.0 49 1.0
47
48
49 50 1.0 51 1.0 52 1.0
50
51
52 53 1.0 54 1.0 60 1.0
53
54 55 1.0 56 1.0 57 1.0
55
56
57 58 1.0 59 1.0
58
59
60
61 63 1.0
62 63 2.0
63 64 1.0
64 65 1.0 66 1.0
65
66

C:\ajd2s.wfn

不管是否忽略对称性或删除connectivity都无法计算

niobium · 发表于 Post on 2018-5-18 16:41:58

啃骨魔发表于 2018-5-18 16:09
老师好！想麻烦您看看输入文件。
我就是想算个有机盐不对称单元的单点能，然后产生wfn讨论氢键。因为存在 ...

知道counterpoise=3的含义吗

steven · 发表于 Post on 2018-5-18 17:34:34

sobereva 发表于 2018-4-30 20:37
我研究了一下，这是因为Multiwfn里的EDF库对某些Pd等一些元素不合理所致的。这个EDF库是论坛里beefly等人 ...

老师，我如果还用fch文件的话，是不是除了拓扑分析以外，其他的分析都不会受影响可以照常分析？

啃骨魔 · 发表于 Post on 2018-5-18 18:02:45

niobium 发表于 2018-5-18 16:41
知道counterpoise=3的含义吗

您好！因为有三个分子，我想要加BSSE，请问这样写对吗？谢谢！

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

激发态优化

tddft计算吸收光谱方法