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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-18 18:25:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-15 19:22
通常来说键的解离过渡态(如果有),无论是均裂还是异裂,在过渡态这一步还不构成开壳层单重态,当均裂 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-5-18 19:13:47 | 只看该作者 Only view this author
啃骨魔 发表于 2018-5-18 18:02
您好!因为有三个分子,我想要加BSSE,请问这样写对吗?谢谢!

BSSE是基组重叠误差,是算结合能的时候用的。基本概念还是要弄懂的,不然做的计算是什么意义都不知道。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-18 23:23:00 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-5-18 09:36
老师好,我想问一下,在计算“电子激发过程中的片段间电荷转移百分比”问题里,计算基态和激发态所用的原子 ...

文中讨论的都是垂直激发,都是基态优化的结构
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-18 23:23:55 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-5-18 09:58
老师,跑irc的时候为什么一直是平台,突然出现很高的点,然后irc任务就结束了。如何避免这种问题?

IRC看着就不像合理的样子,不管有没有这个点都没意义
确认这里提到的问题都注意了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-18 23:24:47 | 只看该作者 Only view this author
啃骨魔 发表于 2018-5-18 16:09
老师好!想麻烦您看看输入文件。
我就是想算个有机盐不对称单元的单点能,然后产生wfn讨论氢键。因为存在 ...

产生wfn文件的时候别和counterpoise任务搅合在一起
sp、pop=full是完全多余的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-18 23:25:22 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-5-18 17:34
老师,我如果还用fch文件的话,是不是除了拓扑分析以外,其他的分析都不会受影响可以照常分析?

用最新的3.6(dev)版,你提到的问题已经修正了,直接用.fch即可
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发表于 Post on 2018-5-19 01:30:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-18 23:25
用最新的3.6(dev)版,你提到的问题已经修正了,直接用.fch即可

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2018-5-19 08:57:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mly12345 于 2018-5-19 09:08 编辑

请老师帮忙看一下输入文件,我的分子只有CHON,看例子是用了SDD的,但是我的没有金属原子,是不需要SDD的把?我这样写的:

%chk=S1.chk
#p CAM-B3LYP/genecp int=fine td(root=1) density out=wfn

B3LYP/6-31G* with SDD opted(不知道该如何修改)
0 1
【坐标】

C     0
S   6   1.00
   3047.5249000              0.0018347        
    457.3695100              0.0140373        
    103.9486900              0.0688426        
     29.2101550              0.2321844        
      9.2866630              0.4679413        
      3.1639270              0.3623120        
SP   3   1.00
      7.8682724             -0.1193324              0.0689991        
      1.8812885             -0.1608542              0.3164240        
      0.5442493              1.1434564              0.7443083        
SP   1   1.00
      0.1687144              1.0000000              1.0000000        
SP   1   1.00
      0.0438000              1.0000000              1.0000000        
****
O N H 0
6-31G*
****

S1.wfn

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发表于 Post on 2018-5-19 11:07:26 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我现在做单点计算时因为用了弥散函数所以scf较难收敛。看您的博文里面写可以用 scf(novaracc,noincfock) int=acc2e=12 关键词来尝试解决。现在想问您一下这些关键词加上去之后是否所有结构的单点计算都需要重新用这些关键词刷一遍结果。因为只有一两个结构有这种情况,感觉重刷一遍耗时较多,想问一下您,这几个关键词中是否有不需要重新刷一遍的关键词呢?

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发表于 Post on 2018-5-19 12:11:43 | 只看该作者 Only view this author
pcm单点计算结果:

Variational PCM results                                             
=======================                                             
<psi(0)|   H    |psi(0)>                     (a.u.) =    -113.220097
<psi(0)|H+V(0)/2|psi(0)>                     (a.u.) =    -113.226519
<psi(0)|H+V(f)/2|psi(0)>                     (a.u.) =    -113.227797
<psi(f)|   H    |psi(f)>                     (a.u.) =    -113.218561
<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)>                     (a.u.) =    -113.227804

以上各项表示什么意思?PCM模型中溶剂化自由能为哪两项的差?
谢谢!!

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发表于 Post on 2018-5-19 12:19:42 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好。我计算一个芳环类底物的反应路径。它的1号和 3号碳都能被亲电进攻最终分别生成两种螺环化合物。 两条反应路径计算出的能垒和能量变化趋势都差不多,甚至其实3号碳对应的路径有些势垒更低一点儿。但是实验上只会得到1号碳对应的产物。
我算了1号和3号碳的简缩福井函数,还有双描述符,均显示1号碳更容易被亲电进攻。ALIE也是1号碳附近的极值点稍小些。我也计算了分子表面静电势,也是1号碳原子附近的静电势比3号碳附近更负了5kal/mol左右。
通过这些信息我可以解释说,虽然从热力学上看差不多,但是1号碳附近静电势更负,电子也更软,故更会把亲电的催化剂吸引过来从而其C-H比3号碳的更易官能团化,所以最终产物是1号碳对应的。这么解释说得通吗老师? 我想了几天也没想到什么点子。。

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发表于 Post on 2018-5-19 15:24:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-18 23:24
产生wfn文件的时候别和counterpoise任务搅合在一起
sp、pop=full是完全多余的

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-5-19 15:24:59 | 只看该作者 Only view this author
niobium 发表于 2018-5-18 19:13
BSSE是基组重叠误差,是算结合能的时候用的。基本概念还是要弄懂的,不然做的计算是什么意义都不知道。

谢谢您的指点!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-19 22:23:51 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-5-19 08:57
请老师帮忙看一下输入文件,我的分子只有CHON,看例子是用了SDD的,但是我的没有金属原子,是不需要SDD的把 ...

B3LYP/6-31G* with SDD opted那是标题行,内容随意
都是CHNO元素显然用不到SDD
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-19 22:25:30 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2018-5-19 12:11
pcm单点计算结果:

Variational PCM results                                             


<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)>减去气相单点能就是溶解自由能的极性部分贡献的量
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