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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-19 22:26:15 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-5-19 11:07
老师您好,我现在做单点计算时因为用了弥散函数所以scf较难收敛。看您的博文里面写可以用 scf(novaracc,no ...


noincfock和novaracc都不影响计算结果。int=acc2e=12对大体系可能轻微影响结果(G09及以前版本对应int=acc2e=10),但影响一般很不显著,其它不重算也可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-5-20 09:15:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-19 22:26
noincfock和novaracc都不影响计算结果。int=acc2e=12对大体系可能轻微影响结果(G09及以前版本对应int= ...

好的,知道了,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-5-20 09:23:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-19 22:26
noincfock和novaracc都不影响计算结果。int=acc2e=12对大体系可能轻微影响结果(G09及以前版本对应int= ...

老师,我看您的帖子里还有用scf=conver=6这个关键词可以使用。计算单点时如果用了这个关键词,所有的结构需要重新刷一下吗,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-5-20 13:03:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-19 22:25
减去气相单点能就是溶解自由能的极性部分贡献的量

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-20 22:34:17 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-5-20 09:23
老师,我看您的帖子里还有用scf=conver=6这个关键词可以使用。计算单点时如果用了这个关键词,所有的结构 ...

不用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-5-21 09:12:02 | 只看该作者 Only view this author

知道了,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-5-21 10:55:17 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在计算基于原子电荷计算电荷转移百分比的时候 ,在multiwfn中,输入自定义片段的原子编号后multiwfn总是会自动退出,原子编号是我用Gaussview打开fchk后所显示的。我想不出原因所以我是输入单个原子去计算的电荷量这样可以输出但是工作量太大,是个笨方法,想请教一下老师是什么原因。

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发表于 Post on 2018-5-21 17:03:06 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近在读chk文件做计算时遇到了两个问题。
第一个是,读chk文件做IRC时,开始用irc(rcfc) guess=read geom=check 关键词做,显示自旋多重度和轨道不匹配,把原本设定的三重态一价阳离子默认改为了二重态中性分子。后来我感觉可能是由于读chk文件中的波函数导致的,又把关键词改为了 irc(calcfc)geom=check 只从chk文件中读取结构,还是出现了这个问题。最后放弃使用chk文件,直接粘贴坐标才解决了这个问题。想问您一下这种问题一般产生的原因是什么呢,之前做单重态的IRC时没有遇到过这种问题,一般这种问题如何解决比较好呢?
我的第二个问题是 我读chk文件做溶剂校正,有时会出现一两天里一直停留在计算L1002过程的情况,这个情况之前也没有出现过。写的关键词是  
m06/genecp guess=read geom=check scrf(smd,solvent=benzene) scf=(novaracc,noincfock,xqc)
想问问老师导致这个问题的原因一般是什么呢,如何解决比较好呢?

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发表于 Post on 2018-5-22 01:43:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-5-22 01:45 编辑

老师您好。我作图的时候有些理解的问题。
作图平面都是C11,Pd31,N18.  
从ELF图和Laplacian图上看,C11和Pd31应该是有点成健的,尤其是ELF图,C上向Pd有明显的电子聚集。
但是,Pd和C之间并没有BCP,BCP是存在化学键的必要条件。
请问老师:
1,C11和Pd31之间算什么相互作用?
2,为什么ELF图中Pd的最外圈出现4个“尖角”?4个“尖角”是Pd的第四壳层吗?
3,其中Pd是不是sp2d杂化的?可以通过计算证实吗?(我不知道NBO算这个体系行不行)

期待老师解答,谢谢
tu.rar (1.93 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2018-5-22 06:56:05 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,高斯优化某分子溶剂下激发态总是出现如下错误,应该如何处理?
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
Error on total polarization charges =  0.02489
SCF Done:  E(RM062X) =  -5518.43325496     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.19D-06     -V/T= 2.0046
Convergence failure -- run terminated.

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发表于 Post on 2018-5-22 14:07:28 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我从EMSL拷aug-cc-pvtz-pp定义,对IO3-使用混合基组优化结构,出现如下错误,附上输入输出文件,谢谢老师
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
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Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RM062X) =  -2220.41989896     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.5979D-06             -V/T =  4.1552
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /public/soft/g09/l502.exe at Fri May 18 17:56:56 2018.
Job cpu time:  0 days  2 hours  7 minutes 31.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     14 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      1

2.gjf

3.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

2.log

61.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2018-5-22 15:59:36 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我看了您的帖子说Gaussian里的TD-DFT方法不支持二阶解析导数,所以计算激发态结构的频率的时候会非常耗时,那么请问老师,有没有其他的可以替代的耗时比较少的方法计算激发态频率呢?
鸟语虫声,总是传心之诀;花英草色,无非见道之文。学者要天机清澈,胸次玲珑,触物皆有会心处。

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发表于 Post on 2018-5-22 21:18:58 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我计算的体系有点大,衬底5*5石墨烯的团簇模型,内置n个金属过渡金属原子(n>2,为Fe,Pt,Pd等)去吸附O2,CO。发现即使开RI单点能任务依然用不起pwpb95/def2tzvp(更别提QZVP),您在帖子里强调了了用纯泛函加速快的飞起,但是从已有的数据来看,吸附能大于300kj/mol。体系应该不存在弱相互作用力。这种情况下如果使用BLYP或者PBE是否不太合理?我是不是需要对其进行试算验证呢?

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发表于 Post on 2018-5-22 23:15:45 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在算一个离子液体的。里面都是20号以内的非金属元素。因为含S含O含N,成键又有点特殊,于是脑洞了一下,会不会基态不是单重态。
我对于自旋多重度的确定非常没技术,只能1 3 5 7 9.……这样往下尝试。我想请教,用pm7 opt来尝试,算出的能量 看哪个比较小 就作为基态,这样做可行吗?
如果含有过渡金属这类的元素,那么最小需要什么样的方法和基组才能够保证定性正确找到基态的自旋多重度
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2018-5-23 11:04:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,这个电子能量应该怎么计算呢,,或者也可以查书籍把能量直接引用过来么?

6$K(]M%%~T]YFU(RNP3_PNS.png (9.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

6$K(]M%%~T]YFU(RNP3_PNS.png

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