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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-23 19:05:56 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-5-23 11:04
sob老师,这个电子能量应该怎么计算呢,,或者也可以查书籍把能量直接引用过来么?

看你算什么量
电子的电子能量为0,但如果算热力学数据,看此文给的数值J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3165−3169
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-23 19:06:53 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-22 23:15
老师好,我在算一个离子液体的。里面都是20号以内的非金属元素。因为含S含O含N,成键又有点特殊,于是脑洞 ...

基本没必要试。肯定是单重态。如果不放心,同时加个stable关键词检测一下

含有过渡金属,至少lanl2DZ结合6-31G*来检测
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-23 19:07:08 | 只看该作者 Only view this author
yakir 发表于 2018-5-22 15:59
请问老师,我看了您的帖子说Gaussian里的TD-DFT方法不支持二阶解析导数,所以计算激发态结构的频率的时候会 ...

G16支持TDDFT二阶解析导数
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刘小英雄steven 发表于 2018-5-22 21:18
sob老师,我计算的体系有点大,衬底5*5石墨烯的团簇模型,内置n个金属过渡金属原子(n>2,为Fe,Pt,Pd等) ...

看到底是SCF部分太慢,还是计算双杂化的MP2部分太慢。如果是后者,用RIJCOSX结合诸如PBE0-D3来算。如果即便这样,SCF还是太慢,就用纯泛函加D3,是合理的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-23 19:10:07 | 只看该作者 Only view this author
oucli 发表于 2018-5-22 14:07
老师您好,我从EMSL拷aug-cc-pvtz-pp定义,对IO3-使用混合基组优化结构,出现如下错误,附上输入输出文件, ...

改成genecp,否则赝势根本没读进去
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ccccn345 发表于 2018-5-22 06:56
请教老师,高斯优化某分子溶剂下激发态总是出现如下错误,应该如何处理?
>>>>>>>>>> Convergence criteri ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-23 19:12:00 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-5-21 10:55
老师好,我在计算基于原子电荷计算电荷转移百分比的时候 ,在multiwfn中,输入自定义片段的原子编号后multi ...


8成是输入的格式有问题
把自动退出之前的屏幕截图发上来

Multiwfn的问题尽量在本论坛波函数分析与Multiwfn板块问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-23 19:14:47 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-5-21 17:03
Sob老师好,最近在读chk文件做计算时遇到了两个问题。
第一个是,读chk文件做IRC时,开始用irc(rcfc) gu ...

1 看不明白。如果非要读取之前chk里的Hessian,则这次计算和之前的计算用的电荷和自旋多重度必须完全一样,否则毫无意义

2 得上传带#P的输出文件,否则说不清楚
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-23 19:30:13 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-5-22 01:43
老师您好。我作图的时候有些理解的问题。
作图平面都是C11,Pd31,N18.  
从ELF图和Laplacian图上看,C11 ...


1 算是非常弱的共价作用。Mayer键级很小,ELF也不显著,也找不到对应的定域化轨道,但是绘制能量密度图可看到Pd和C11之间为负,所以算极弱的共价作用,可以忽略

2 是Pd的d壳层

3 非要用这种概念,用NBO讨论
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发表于 Post on 2018-5-23 21:59:51 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想请教一个关于拓扑分析中电子密度和拉普拉斯电子密度的单位的问题,软件中显示单位为au,但我看文献中单位为分别为e/bohr3和 e/bohr5或者e/au3和 e/au5,这之间存在换算关系吗?正确的写法是什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-23 22:06:57 | 只看该作者 Only view this author
shanbei123 发表于 2018-5-23 21:59
老师,我想请教一个关于拓扑分析中电子密度和拉普拉斯电子密度的单位的问题,软件中显示单位为au,但我看文 ...

就写a.u.就完了

别学文献。
1 a.u.长度=1 Bohr
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发表于 Post on 2018-5-24 00:05:14 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,1. 分析两个分子的相互作用(可以看作是复合物),用静点势图,RDG方法还是AIM方法更能解释说明该结构的特征呢(有氢键作用,少量色散作用)
2. 看到一篇文献作自旋密度(Spin Population)图结合Hirshfeld电荷分析,这个主要是想说明啥呢?不是很理解。若是为了预测反应位点,用简缩福井函数来分析应该更好呢
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发表于 Post on 2018-5-24 00:37:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-23 19:30
1 算是非常弱的共价作用。Mayer键级很小,ELF也不显著,也找不到对应的定域化轨道,但是绘制能量密度图 ...

非常感谢老师百忙之中的细致解答!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-24 11:16:50 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-5-24 00:05
请问老师,1. 分析两个分子的相互作用(可以看作是复合物),用静点势图,RDG方法还是AIM方法更能解释说明 ...

1 都是互补的,没法说哪个方法一定更好
2 就是考察自旋密度以及净电荷分布。文中肯定会有讨论
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发表于 Post on 2018-5-24 15:04:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-23 19:07
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好的,谢谢老师解答
鸟语虫声,总是传心之诀;花英草色,无非见道之文。学者要天机清澈,胸次玲珑,触物皆有会心处。

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