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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-14 19:43:48 | 只看该作者 Only view this author
柒月小鱼 发表于 2018-6-14 11:36
老师好,刚开始学习ORCA,成功编译4.0.1.2共享版本,目前做了一个单点的成功计算,想请老师看一下,我的理 ...

别盲目效仿文献。双杂化泛函绝对不能用def2-SVP这么小的基组,在ORCA里至少要用def2-TZVP
用RIJK的时候,应当写def2/JK
不要写nofinalgrid
gird6没必要,至多grid5也够了

2 程序就是那么要求的

3 程序的限制所致,此时没有解析梯度。优化没必要用双杂化,限制多,速度还很慢。优化用普通泛函,单点再上双杂化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-14 19:44:29 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-6-14 19:16
Sob老师,我参考 通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程 http://sobereva.com/200 内容,在 ...

波函数分析问题请发到波函数分析与Multiwfn专门的板块
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-14 19:46:31 | 只看该作者 Only view this author
zrj_hust 发表于 2018-6-14 17:37
各位老师好,我在阅读了sobereva老师介绍KiSThelP计算动力学参数的博文后(http://sobereva.com/246),尝 ...

你用文本编辑器打开Gaussian输出文件,看看里面转动常数部分是不是输出异常(一大堆星号)
如果是这样,你先随便填一个数,让kisthelp能够打开,此时目录下会产生kinp文件,把里面的转动常数改成正确的(转动常数可以用Multiwfn计算),然后用kisthelp计算k的时候用这个kinp文件代替Gaussian输出文件
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发表于 Post on 2018-6-14 20:49:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-14 19:43
别盲目效仿文献。双杂化泛函绝对不能用def2-SVP这么小的基组,在ORCA里至少要用def2-TZVP
用RIJK的时候 ...

好的 谢谢老师 我再回去看看《大体系弱相互作用计算的解决之道》

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发表于 Post on 2018-6-15 16:13:16 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,就是CCSD(T)后HF计算一般不要与Stable连用吧。那对于后HF方法计算单点SCF不收敛(也就是HF单点不收敛),如果迫不得已用SCF=xqc才解决了后HF单点不收敛的情况,应该如何去检测波函数稳定性呢?(与普通DFT方法检测波函数稳定性的方法一样么)
再者,对于CCSD(T)计算SCF不收敛用SCF=xqc与SCF=conver=6解决,哪个方法稍微好一点,虽然两者都不建议吧。其它读取离子体系的初猜波函数其它办法试过了,收敛还是有困难。谢谢老师啦。
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2018-6-15 17:10:06 | 只看该作者 Only view this author
请问各位前辈,在MS中怎么导入柔性SPC/E力场?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-15 18:24:50 | 只看该作者 Only view this author
青梅紫酒 发表于 2018-6-15 17:10
请问各位前辈,在MS中怎么导入柔性SPC/E力场?

不是量化的问题请勿在此帖咨询
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-15 18:27:40 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-6-15 16:13
请问Sob老师,就是CCSD(T)后HF计算一般不要与Stable连用吧。那对于后HF方法计算单点SCF不收敛(也就是HF单 ...


不要连用
你得搞清楚到底算的是什么、哪个过程不收敛。
后HF计算首先做SCF迭代来计算出HF能量和波函数,然后再做电子相关计算。SCF不收敛、stable、xqc这些都是指的HF这部分。
你如果能通过恰当方法,令当前结构下HF的波函数是稳定的,那么你做后HF计算的时候guess=read就行了,不用再想别的了

SCF=xqc与SCF=conver=6没有可比性。默认SCF收敛限下,stable测出来又是稳定的,这是最理想状态。
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发表于 Post on 2018-6-15 19:40:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-15 18:24
不是量化的问题请勿在此帖咨询

这是同学在量子化学模拟课程上遇到的问题……所以我要到分子模拟那块咨询么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-15 21:37:57 | 只看该作者 Only view this author
青梅紫酒 发表于 2018-6-15 19:40
这是同学在量子化学模拟课程上遇到的问题……所以我要到分子模拟那块咨询么?

显然
力场根本不是量化里的概念
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发表于 Post on 2018-6-15 21:57:20 | 只看该作者 Only view this author
sobl老师您好,我vmd出了点问题,打开tcl看轨道时,发现不显示轨道。   
后来我又自己重做一下,但是我发现轨道上面的一部分不显示,不知道是不是我乱点过程中,哪里让我默认设置了,想请您帮我看一看,万分感谢
                                                               

(@MP)TF1%(EL$I1`M7YVSPY.jpg (172.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

(@MP)TF1%(EL$I1`M7YVSPY.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-15 22:03:12 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-6-15 21:57
sobl老师您好,我vmd出了点问题,打开tcl看轨道时,发现不显示轨道。   
后来我又自己重做一下,但是我发 ...

不显示是isovalue不合适或者格点数据有问题所致

至于轨道上面不显示,8成是计算轨道格点数据的时候格点数据空间范围设的不合适,范围不够大
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发表于 Post on 2018-6-16 08:58:38 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,

高斯表头,对于因为弥散函数不收敛问题,使用SCF=qc,novaracc,noincfock等keyword和不使用相比较,对优化结构和电子能量会有什么影响?影响大不大?

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发表于 Post on 2018-6-16 09:47:17 | 只看该作者 Only view this author

K2HPO4的高斯优化问题

用高斯优化K2HPO4,这是我的输入文件:%nprocshared=10%mem=20000MB
# b3lyp/gen gfinput pseudo=read opt freq scf(maxcycle=600) Temperature=353.15 scrf(smd,solvent=Acetonitrile) Guess=always

Title Card Required

0 1
O                 -0.88813000   -1.29195900   -0.29919400
O                 -0.89329600    1.29274700   -0.28126800
O                  0.53998000   -0.00935900    1.45534100
O                  1.25852500    0.00952900   -0.96562700
H                  1.94765100    0.00117500   -0.28738600
P                 -0.13895200   -0.00058900    0.06755800
K                  0.87658302    3.24859920   -0.80878142
K                 -1.34413436   -0.02681624    3.37521296

H O P 0
6-31G**
****
K 0
S 4 1.00
180.9008 0.001190
71.21769 -0.000503
29.38428 0.002685
8.699243 0.069043
S 1 1.00
3.473304 1.0
S 1 1.00
0.814562 1.0
S 1 1.00
0.3189150 1.0
S 1 1.00
0.07 1.0
S 1 1.00
0.03548 1.0
S 1 1.00
0.016390 1.0
S 1 1.00
0.007570 1.0
P 4 1.00
65.91233 0.001316
24.59863 0.002476
9.882281 0.014056
4.116751 -0.067812
P 1 1.00
1.556004 1.0
P 1 1.00
0.612188 1.0
P 1 1.00
0.223053 1.0
P 1 1.00
0.08126 1.0
P 1 1.00
0.02961 1.0
P 1 1.00
0.01079 1.0
P 1 1.00
0.00393 1.0
D 1 1.00
1.556004 1.0
D 1 1.00
0.61219 1.0
D 1 1.00
0.22305 1.0
D 1 1.00
0.08126 1.0
D 1 1.00
.02961 1.0
F 1 1.00
0.61219 1.0
F 1 1.00
0.22305 1.0
F 1 1.00
0.08126 1.0
****

K 0
ECP10MDF 4 10
G-Komponente
1
2 1. 0.
S-G
1
2 6.882798725 91.144930956
P-G
2
2 4.726860935 9.674728404
2 4.845267086 20.569141945
D-G
4
2 8.707542696 -2.542646076
2 8.310839526 -3.464046663
2 8.707542696 -2.542646076
2 8.310839526 -3.464046663
F-G
2
2 13.939669153 -16.555281537
2 16.629551418 -36.621153100





出错信息: Atomic radii for non-electrostatic terms: SMD-CDS.
------------------------------------------------------------------------------
Nuclear repulsion after PCM non-electrostatic terms =      386.3713681393 Hartrees.
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=    2628 NPrTT=    8133 LenC2=    2513 LenP2D=    6244.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 7 Len=  274
NBasis=   235 RedAO= T EigKep=  1.29D-03  NBF=   235
NBsUse=   235 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   235
ExpMin= 3.93D-03 ExpMax= 1.94D+04 ExpMxC= 2.91D+03 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=       5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Keep R1 ints in memory in canonical form, NReq=394807344.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 600 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Spurious integrated density or basis function:
NE=   66 NElCor=    0 El error=7.47D-05 rel=8.69D-07 Tolerance=1.00D-03
Shell    40     absolute error=1.65D-02              Tolerance=1.20D-02
Shell    40       signed error=1.65D-02              Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /opt//g09/l502.exe at Fri Jun 15 18:09:28 2018.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 58.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     46 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1



请问各位大神,这是什么原因呢,十分感谢!




















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给dalao们倒茶

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发表于 Post on 2018-6-16 10:08:50 | 只看该作者 Only view this author
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html 查看这个帖子,里面就有你想要的答案。
淡泊以明志,宁静以致远。

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