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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-8 03:51:00 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-9-7 14:28
sob老师,我这个问题还能解决么?找别人算一下应该可以解决吧?

如果单独算freq也不行,那只能换更新版本再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-8 03:51:52 | 只看该作者 Only view this author
喵帕斯 发表于 2018-9-7 11:18
老师请问一下,之前在文献中查到的Au-S键的Morse函数形式为但是在Gromacs中的Morse函数形式是,两者之间能 ...

本帖只回复量化问题,分子模拟问题请在分子模拟板块讨论
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-8 03:52:31 | 只看该作者 Only view this author
Miss白 发表于 2018-9-7 10:38
计算某一分子的几何结构考虑CV效应时,我需要做两个输入文件,一个是cv文件一个是nocv文件,在nocv文件中我 ...

我不清楚你说的cv效应以及nocv指的什么
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-8 03:55:26 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2018-9-7 10:21
谢谢sob老师的解答,sob老师,如果不是络合物,优化结束应该是要形成新的化合物是吗?复合物就是络合物吗 ...

一般都用复合物(complex)这个词。络合物大多是指配位键形成的化合物
要是优化完了成键了就不是复合物了(虽然在某些场合下,也有用“复合物”这个词代表整个体系的)
如果复合物不是非常稳定的,应当按双分子反应来算,否则按单分子反应来算
单位就是不一样的,没换算关系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-8 05:15:31 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2018-9-7 21:40
尝试把除前三个轨道保留,剩下全部冻结,scf收敛的办法试了很多,也没收敛,是因为开壳层?只用window是对a ...

用这个文件可以算
1.gjf (132 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5)

直接写0 2计算得到的Cu的组态不对应实际的3d10 4s1,因此必须进行轨道调换。对于M06L,在轨道调换后并加上scf=qc虽然可以SCF收敛得到3d10 4s1组态,但是如果用stable测试,会发现波函数不稳定,这说明M06L根本没法给出正确的电子组态,不应当用这个泛函。而且即便强行做冻结价轨道的TD,也会出现问题导致无法进行。

当前需要用listwindow设置把哪些轨道冻住。当前把1-14号alpha和beta都冻住,能正常运行并且结果合理。15号alpha占据轨道没法设定让它冻住(因为Gaussian要求冻的alpha和beta数目相同)。
当前计算结果虽然有一些是15号alpha轨道(4s电子)被激发的,若忽略掉这些,剩下的就是核激发。

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发表于 Post on 2018-9-8 15:16:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-8 03:52
我不清楚你说的cv效应以及nocv指的什么

core-valence  芯价关联效应

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发表于 Post on 2018-9-8 16:04:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-8 03:55
一般都用复合物(complex)这个词。络合物大多是指配位键形成的化合物
要是优化完了成键了就不是复合物 ...

谢谢sob老师,晓得了。

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发表于 Post on 2018-9-8 18:11:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,这种分子轨道的电子态不显示怎么办,我做的这个结构是D7h对称性的,log文件中就没有该分子的电子组态,现在我看分子轨道的电子态也不显示,怎么能得出它的态呢,我需要这些数据,不知道怎么办?

QQ图片20180908180914.png (8.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

QQ图片20180908180914.png

QQ图片201809081809242.png (9.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

QQ图片201809081809242.png

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发表于 Post on 2018-9-8 18:12:32 | 只看该作者 Only view this author
小尼姑 发表于 2018-9-8 18:11
sob老师,这种分子轨道的电子态不显示怎么办,我做的这个结构是D7h对称性的,log文件中就没有该分子的电子 ...

我看到苯环的分子轨道还显示电子态,为什么D7h的结构就不显示呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-9 01:56:36 | 只看该作者 Only view this author
小尼姑 发表于 2018-9-8 18:11
sob老师,这种分子轨道的电子态不显示怎么办,我做的这个结构是D7h对称性的,log文件中就没有该分子的电子 ...

程序不支持那么高阶点群
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发表于 Post on 2018-9-10 08:36:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-9 01:56
程序不支持那么高阶点群

那老师,如果写文章需要这些数据的话,就只能自己推敲了是吧

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发表于 Post on 2018-9-10 09:46:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-7 02:59
没有所谓的“NBO键级”
看此文的讨论
谈谈原子间是否成键的判断问题

好的,谢谢老师~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-10 12:50:57 | 只看该作者 Only view this author
小尼姑 发表于 2018-9-10 08:36
那老师,如果写文章需要这些数据的话,就只能自己推敲了是吧

y
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发表于 Post on 2018-9-10 13:20:32 | 只看该作者 Only view this author
想要做一个U@Au7的计算,但是总是报错,各位老师帮忙看看是什么问题,
报错信息:Ernie: Thresh=  0.10000D-02 Tol=  0.10000D-05 Strict=F.
Ernie:  7 primitive shells out of 170 were deleted.
There are   320 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   271 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
There are 293 occupied orbitals but only 271 basis functions!
Error termination via Lnk1e in /vol7/home/daiyulan/Gaussian09.D01/g09/l301.exe at Mon Sep 10 10:20:00 2018.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 41.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


输入如下:
%nprocs=20
%mem=100GB
%chk=U@Au7.chk
#p opt freq b3lyp/genecp scf(vshift=400,maxcyc=170)

Title Card Required

0 2
Au                 1.52241261    3.10051872   -0.00108991
Au                -1.47739156    3.12863921   -0.00106457
Au                -3.36972434    0.80083070   -0.00104859
Au                -2.72962057   -2.13001950   -0.00105399
Au                -0.03909143   -3.45692143   -0.00107672
Au                 2.67583976   -2.18069087   -0.00109966
Au                 3.37077443    0.73764455   -0.00110553
U                  0.04018790   -0.00000118    0.00647367

Au 0
LANL2DZ
****
U 0
S 3 1.00
12098.0820000 0.000102
1833.7573000 0.000771
351.6863200 0.002969
S 1 1.00
104.3142600 1.0
S 3 1.00
60.9058220 0.049868
35.5150860 -0.245313
20.8912270 0.723847
S 1 1.00
10.1846470 1.0
S 1 1.00
2.8518510 1.0
S 1 1.00
1.5316160 1.0
S 1 1.00
0.6162030 1.0
S 1 1.00
0.2794940 1.0
S 1 1.00
0.0572530 1.0
S 1 1.00
0.0234430 1.0
P 5 1.00
2906.8451000 0.000088
694.4005300 0.000732
224.6347900 0.003414
80.5205260 0.011099
24.0802110 0.025216
P 1 1.00
14.0775800 1.0
P 1 1.00
8.2658460 1.0
P 1 1.00
3.4236070 1.0
P 1 1.00
1.7084170 1.0
P 1 1.00
0.6550460 1.0
P 1 1.00
0.2837550 1.0
P 1 1.00
0.1018140 1.0
P 1 1.00
0.0305350 1.0
D 6 1.00
449.0195300 0.000050
156.3569500 0.000322
60.2424390 0.001777
17.7723170 0.025385
10.4543040 -0.089378
3.5834330 0.444799
D 1 1.00
1.7637240 1.0
D 1 1.00
0.7840300 1.0
D 1 1.00
0.2761270 1.0
D 1 1.00
0.0869800 1.0
F 5 1.00
105.2879300 0.000228
35.1011810 0.002308
14.5641380 0.009253
4.6518850 0.136949
2.2559730 0.339801
F 1 1.00
1.0102740 1.0
F 1 1.00
0.4116800 1.0
F 1 1.00
0.1441200 1.0
G 4 1.00
105.2879300 0.000137
35.1011810 0.001831
14.5641380 0.019940
4.6518850 0.110758
G 1 1.00
2.2559730 1.0
G 1 1.00
1.0102740 1.0
****

U 0
ECP60MWB 5 60
H-Komponente
1
2 1.00000000 0.00000000
S-H
1
2 16.41403869 536.51662778
P-H
1
2 9.06055606 169.54492465
D-H
1
2 8.83183198 142.61559837
F-H
1
2 7.01851629 60.39307602
G-H
1
2 12.80408844 -60.12998958

Au 0
LANL2DZ

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发表于 Post on 2018-9-10 17:23:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zhanfei 于 2018-9-10 17:27 编辑

请教老师关于溶解自由能的计算。
我想重复一个文献中使用PCM隐式溶剂模型计算的溶解自由能。
使用HF/6-31G* level, 对Ru原子使用SDD赝势基组。溶液和气相单点能差为-3.6kcal/mol,文献中溶解自由能为6.18kcal/mol。请问老师问题可能出在哪里?另外计算溶解自由能时,对于重元素选择什么基组合更合适些?谢谢
#p HF/genecp   
#p HF/genecp scrf=PCM

TS4

0 1
15 1.826491000 0.052619000 -0.050502000
8 -0.450124000 -2.852693000 -1.602046000
6 -0.388301000 -1.941045000 -0.839902000
44 -0.437345000 -0.565617000 0.308366000
7 -2.712061000 -0.431990000 0.243482000
1 -0.139406000 -1.836807000 1.293104000
7 -0.750969000 1.462365000 -0.144905000
6 0.317872000 2.291089000 -0.534106000
6 -2.021973000 1.954342000 -0.038834000
6 1.606014000 1.766006000 -0.517866000
6 -2.991208000 1.000308000 0.620097000
6 -0.011812000 3.646606000 -0.916530000
6 -2.359353000 3.248586000 -0.394003000
1 0.792776000 4.297741000 -1.252758000
1 -3.381692000 3.605659000 -0.298446000
6 -1.309278000 4.100348000 -0.857815000
1 -1.538948000 5.122710000 -1.156788000
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