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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-27 17:42:14 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2018-9-27 17:30
老师,如果一个过渡金属催化体系,实验条件为100℃,能否克服40kal/mol的能量进行反应?类似这种温度对应活 ...

根据这个表格计算k
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310

然后根据k的大小,和你自己认为的“能反应”的标准,判断能否反应
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-27 17:43:06 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2018-9-27 12:08
sob老师,我再问一个问题,对于没有明显过渡态的反应,我应该用VTST理论来算反应速率常数,是否可以用这个 ...

这只是普通的TST公式,如果你用IRC上自由能极大点的位置做这个计算,对应的就是CVT的结果
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-27 17:43:40 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2018-9-27 09:58
谢谢sob老师,可是有的反应A+B的能量会高于过渡态能量,这样会导致反应速率常数极大。这是不是我的能量算 ...

用自由能对比,再看看是什么情况
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发表于 Post on 2018-9-27 19:37:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-27 17:39
应当加溶剂模型,影响是非常大的,包括优化也应当加上溶剂模型
参考
通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-9-27 21:06:09 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,如果我想设置苯环变为Stick模型   而H2O还是球棍模型的话需要怎么做呢?

QQ截图20180927210354.jpg (34.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

QQ截图20180927210354.jpg

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发表于 Post on 2018-9-27 21:08:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-27 17:41
写成nosymmetry再试

老师 我写上了 可是还是出现同样的错误
--- SEVERE ERROR, PROGRAM WILL BE ABORTED ---
     Date and time (Linux)  : Thu Sep 27 08:17:38 2018
     Host name              : server1

@ MPI MASTER, node no.:     0
@ Reason: ECP not implemented with auto-detected symmetry.

  Total CPU  time used in DALTON:   1 hour  16 minutes 41 seconds
  Total wall time used in DALTON:   1 hour  23 minutes 14 seconds


QTRACE dump of internal trace stack

========================
      level    module
========================
         13    READ_MOL
         12    READIN
         11    HERMIT
         10    GTNRGY
          9    GTNPNT
          8    NMDER
          7    NUMDRV
          6    NUMGRD
          5    GTGRAD
          4    RUNOPT
          3    OPTMIN
          2    DALTON
          1    DALTON main
========================

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发表于 Post on 2018-9-27 21:25:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,之前请教过您关于柔性扫描判断脱附态是否合理的问题。但是在我的体系,对N-Co键长进行柔性扫描,优化的图像是NO2分子向右(我是希望是沿着高度方向)平移,并且在向右平移时会出现极大值点,但是这个极大值点并非是脱附过程本身应该存在的,而是NO2和衬底发生了反应。那么遇到这种情况,应该如何说明FS5就是反应的最终结构,这条反应不存在其他过渡态了呢?

脱附.jpg (98.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

脱附图片

脱附图片

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发表于 Post on 2018-9-27 21:31:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,对于发生在材料表面的异相反应  (反应路径:IS→TS1→IM1→TS2→FS)   假设IS→IM1的反应热为-200kj/mol (反应热定义为:IM1能量减去IS能量),那么这一阶段释放的大量热量可以使IM1→FS(能垒假设170kj/mol)在室温下正常进行吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-27 22:38:09 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2018-9-27 21:06
Sob老师您好,如果我想设置苯环变为Stick模型   而H2O还是球棍模型的话需要怎么做呢?

Edit-Select Layer,把苯环设成medium层
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-28 08:47:16 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-27 21:31
老师,对于发生在材料表面的异相反应  (反应路径:IS→TS1→IM1→TS2→FS)   假设IS→IM1的反应热为-200k ...

这种说法没有确切依据
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-28 08:53:40 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-27 21:25
sob老师,之前请教过您关于柔性扫描判断脱附态是否合理的问题。但是在我的体系,对N-Co键长进行柔性扫描, ...

扫描时候把键角冻住,让NO2没有机会与衬底发生反应,看此时对应的纯粹脱附过程有没有可能对应过渡态的极大点
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发表于 Post on 2018-9-28 14:29:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-27 22:38
Edit-Select Layer,把苯环设成medium层

谢谢Sob老师     我选择H2O是Tube显示以后键变得很难看而选择wireframe就太细了,有没有办法将Tube中的氢键改成虚线,或者加粗wireframe的线条呢?

QQ截图20180928142359.jpg (29.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

QQ截图20180928142359.jpg

QQ截图20180928142652.jpg (34.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-28 19:19:29 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2018-9-28 14:29
谢谢Sob老师     我选择H2O是Tube显示以后键变得很难看而选择wireframe就太细了,有没有办法将Tube中的氢 ...

改不了,gview很不灵活。用VMD或chemcraft,可调余地大得多
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发表于 Post on 2018-9-29 13:35:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-27 17:43
这只是普通的TST公式,如果你用IRC上自由能极大点的位置做这个计算,对应的就是CVT的结果

好的,谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2018-10-1 17:04:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-28 08:53
扫描时候把键角冻住,让NO2没有机会与衬底发生反应,看此时对应的纯粹脱附过程有没有可能对应过渡态的极 ...

老师我在柔性扫描时企图冻住两个键角,但是从输出文件上来看,好像然并卵,老师这是什么原因造成的呢。

scan.rar

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