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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-10-5 11:48:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,轨道信息里面,frozen core electrons指的是没有参与形成分子轨道的原子轨道电子数吗?如何查询是哪些原子的的哪些轨道电子呢?软件是如何选择哪些轨道形成分子轨道,哪些又没有形成分子醉倒呢(SCF里面的迭代)?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-5 14:59:05 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-10-5 11:48
老师,轨道信息里面,frozen core electrons指的是没有参与形成分子轨道的原子轨道电子数吗?如何查询是哪 ...

冻核是对后HF计算而言的,和HF/DFT计算没有任何关系。冻核指的是后HF计算过程中构造激发组态函数时忽略内核分子轨道,从而节约计算量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2018-10-5 15:39:52 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问计算相互作用能是不是用counterpoise关键词?读取数值是不是输出文件的complexation energy ?谢谢老师

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发表于 Post on 2018-10-5 22:37:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-5 14:59
冻核是对后HF计算而言的,和HF/DFT计算没有任何关系。冻核指的是后HF计算过程中构造激发组态函数时忽略内 ...

老师,我的结构中有重金属Ni,用的是SDD基组。我用的是B3LYP泛函,跟冻核没关系,那图片下方的10 frozen core electrons指的又是什么?谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-10-5 22:58:00 | 只看该作者 Only view this author
老师有以下几个问题咨询:
1.HOMO 和 LUMO 的概念是仅仅针对离域轨道(一般的分子轨道)说的吗?定于轨道(multiwfn计算得到的)有HOMO(LUMO)的说法吗?
2.HOMO 和 LUMO之间发生电子转移时所说的轨道匹配指的是离域轨道之间,还是定域轨道之间?
3.有的文献上说LUMO是由那两个原子之间的σ*和另外两个原子之间的σ*组成的。这是如何分析得到的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-6 04:32:31 | 只看该作者 Only view this author
ssfm 发表于 2018-10-5 15:39
老师,请问计算相互作用能是不是用counterpoise关键词?读取数值是不是输出文件的complexation energy ?谢 ...

仔细看此文
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-6 04:34:02 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-10-5 22:58
老师有以下几个问题咨询:
1.HOMO 和 LUMO 的概念是仅仅针对离域轨道(一般的分子轨道)说的吗?定于轨道 ...

1 和是否离域没直接关系。自然轨道照样往往呈现高度离域性,但没有确定的能量。只有正则分子轨道有确定的能量,能量是Fock/KS算符的本征函数

2 定域化轨道没法说HOMO和LUMO。HOMO、LUMO是对正则分子轨道而言的

3 看轨道等值面图形判断
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发表于 Post on 2018-10-6 09:55:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-6 04:32
仔细看此文
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
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谢谢老师的耐心回复

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发表于 Post on 2018-10-7 09:43:11 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想问一个关于激发态计算的问题。计算完跃迁之后,发现S1的振子强度是0,S2,S3的振子强度一致(1.33),并且三个激发态的激发能一样。我之前询问过这个问题,得出了可能是考虑到振动耦合,由于分子结构的特殊性导致电子分布不同,但是没有一个准确的解答。我想要在文章里做一个解释,希望老师能赐教一个准确的解答和支撑论点的文献或图书。谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-10-7 15:02:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-26 21:22
偶极矩就是你那么算
用ADCH电荷算的偶极矩和Gaussian直接输出的偶极矩在原理上是精确相同的,因为ADCH电 ...

sob老师好,就是这对离子液体加了溶剂环境后算出来的偶极矩反而比不加溶剂时大更多,那就或许是构型的问题了,构型方面那就尝试画不同的相对位置再优化计算咩?
您看,左图是加了溶剂优化后再溶剂模型下再次计算单点得到的,右图是之前没有加溶剂计算的。

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发表于 Post on 2018-10-7 15:40:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!我明年博士毕业,想申请国外的博士后,我博士几年都是用高斯的DFT研究均相反应的机理,博后的话什么样的课题组适合我,能不能推荐一两个?如果博后想换方向做些均相光化学的TDDFT计算,但是没有这方面的经验,是不是申请这样的博后很难?有没有搞均相光化学催化的课题组呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-7 16:50:38 | 只看该作者 Only view this author
she 发表于 2018-10-7 15:02
sob老师好,就是这对离子液体加了溶剂环境后算出来的偶极矩反而比不加溶剂时大更多,那就或许是构型的问 ...

加了溶剂模型通常偶极矩都会变大,因为溶剂会对溶质的电荷分布产生极化效果。
我不知道你的实验数据怎么来的,注意可比性。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-7 16:51:12 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-10-7 15:40
sob老师您好!我明年博士毕业,想申请国外的博士后,我博士几年都是用高斯的DFT研究均相反应的机理,博后的 ...

这个问题我不好回答你,建议你在量化版单独发个帖子,集思广益。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-7 16:52:57 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-10-7 09:43
老师好,我想问一个关于激发态计算的问题。计算完跃迁之后,发现S1的振子强度是0,S2,S3的振子强度一致(1. ...

没具体情况不好说。如果体系存在点群对称性,倒是有可能出现几个激发态能量完全简并现象,跃迁偶极矩大小是否为0(对应振子强度是否为0)也可以根据群论的一些知识分析。
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发表于 Post on 2018-10-7 18:17:53 | 只看该作者 Only view this author
老师计算之后HOMO和LUMO计算之后有两个取值,怎么判断哪个是自己需要的HOMO和LOMO的轨道呢

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