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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-9-25 23:50:34 | 只看该作者 Only view this author
要读入赝势的 genecp

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柒月小鱼 + 3 正解

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发表于 Post on 2018-9-26 00:05:28 | 只看该作者 Only view this author
Sum of electronic and thermal Free Energies

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发表于 Post on 2018-9-26 08:12:05 | 只看该作者 Only view this author
你是准备用过渡态理论算反应速率?

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发表于 Post on 2018-9-26 09:59:35 | 只看该作者 Only view this author

Mulliken atomic charges

为什么输出文件里面不是Mulliken atomic charges而是Mulliken charges?这两个有什么区别?谢谢!

PO-1-H2O-C2-a-ts.log

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发表于 Post on 2018-9-26 11:51:19 | 只看该作者 Only view this author
老师,计算反应机理时是不是所有的过渡态,中间体都需要检查波函数的稳定性,确保波函数稳定?还是三重态需要,单重态不需要?

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发表于 Post on 2018-9-26 15:49:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吕安琪 于 2018-9-26 16:21 编辑
bomsaude 发表于 2018-9-25 23:50
要读入赝势的 genecp

问题解决了,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-26 19:45:30 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2018-9-25 22:14
用Gausian 09优化过渡态的构型,跑IRC,然后优化反应物、产物的构型,要得到能垒是用过渡态构型输出文件中 ...

用自由能相减得到自由能垒
怎么算自由能仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
此问题论坛里已经讨论过起码10回,有问题先用首页google框搜论坛
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-26 19:50:23 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-9-26 11:51
老师,计算反应机理时是不是所有的过渡态,中间体都需要检查波函数的稳定性,确保波函数稳定?还是三重态需 ...

如果体系成键方式比较诡异、牵扯过渡金属,最好检验一下,所有驻点、所有态都需要检验。一般有机反应不用检验,因为很少会收敛到不稳定波函数去
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-26 19:51:46 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2018-9-26 09:59
为什么输出文件里面不是Mulliken atomic charges而是Mulliken charges?这两个有什么区别?谢谢!

已经提醒过不止一遍了:
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
如置顶的新人必读贴和论坛首页的公告栏所示,上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传,以节约论坛空间、加快下载速度。

下次若有违规,直接删帖处理

显然这两个量完全是一码事

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-26 19:54:42 | 只看该作者 Only view this author
望月凝香 发表于 2018-9-25 14:37
link1多步计算的计算,结果进行freqchk的时候不成功。
对.fchk文件操作总是报错,说out of memory。对原始 ...

本来freqchk就应该用chk作为输入文件
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发表于 Post on 2018-9-26 20:20:16 | 只看该作者 Only view this author
对于一项研究,是先有实验还是先有模拟,比如你要设计一个溶剂用于萃取,这个溶剂你通过Gasussian软件进行设计,比如改变溶剂中两个基团的距离,调整两个原子之间的距离以使它们更容易形成氢键,等等,最终这个溶剂你通过Gaussian设计出来了,但是你这样的调整有什么意义,如果实验数据表明这个溶剂根本不合适,或者说客观的物质不随你设计的分子而发生改变,那你调整分子的距离,或者是怎样设计,有什么意义?所以还是先有实验再模拟,为了使模拟的结果与实验的结果一致,你要调整这个溶剂,使某两个原子的距离更近等。我这样想对吗? 老师!请老师指点一下。

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发表于 Post on 2018-9-26 20:22:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-26 19:50
如果体系成键方式比较诡异、牵扯过渡金属,最好检验一下,所有驻点、所有态都需要检验。一般有机反应不用 ...

老师,本人的体系有两个过渡金属原子(偶数个电子),计算反应机理后有的过渡态显示稳定性是RHF→UHF,使用stable=opt后,再使用guess=read,geom=check跑IRC,但是发现irc的轨迹根本不成线啊。目前陷入困局。

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发表于 Post on 2018-9-26 20:56:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,我想问一下,在计算反应速率常数时,我查阅文献发现公式并不统一,尤其是e指数后面是-能垒还是-吉布斯自由能只差。对于这一点一直没有搞明白。
我也看了您的excel中的公式,基于配分函数时是能垒,基于自由能时是吉布斯的差。基于配分函数是否就是VTST方法?可文献中VTST方法时也是吉布斯只差。希望sob老师抽时间解答一下,十分感谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-26 21:22:49 | 只看该作者 Only view this author
she 发表于 2018-9-25 12:07
sob老师好。请问,想用高斯计算离子液体一对阴阳离子的偶极矩,应该选用什么样的关键词?
我现在用的是#p  ...

偶极矩就是你那么算
用ADCH电荷算的偶极矩和Gaussian直接输出的偶极矩在原理上是精确相同的,因为ADCH电荷会精确重现当前波函数对应的偶极矩。
当前你的计算级别没问题,考虑是否是构型问题、溶剂模型问题等等
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-26 21:26:11 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2018-9-26 20:20
对于一项研究,是先有实验还是先有模拟,比如你要设计一个溶剂用于萃取,这个溶剂你通过Gasussian软件进行 ...

如果已有实验数据,你的计算主要目的是解释为什么有那样的实验现象
如果没有实验数据,你的主要计算目的就是预测物质的性质,纯粹理论预测也是可以发文章的,这样的文章大把,这可以指导别人通过实验合成出有价值的物质,如果你的预测结果和别人后来的实验能较好吻合那是最好。
理论计算绝对不是实验化学的陪衬,理论计算可以先于实验一步
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