简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-22 21:52:26

Saberknight 发表于 2018-9-22 18:51
老师好，我想请教下文献中这种反应的过渡态的能量是用TS24与水分子能量的相加吗还是需要把不参与反应的水分 ...

光看个局部图我看不明白，建议直接问文章作者

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-22 21:55:28

F范小呆发表于 2018-9-22 15:24
sob老师，请问下算反应速率常数K=前置因子*exp（-ΔE/RT）中的RT部分，为什么文献中有的是RT，有的是KbT,有 ...

exp里的量必须是无量纲的，用哪种取决于delta-E的单位

st897100082 · 发表于 Post on 2018-9-23 12:27:38

1
计算D1-D0的跃迁，最大的振子强度，是在Excited State7，f=0.355。但是Excited State1 对应的振子强度是f=0.0397。这样的话，从D1到D0的发射波长应该是 Excited State7 对应的波长还是的Excited State1 对应的波长？
2
我看Multiwfn的手册，做荧光发射图谱的时候，只保留Excited State1 的振子强度，把Excited State2 和3 的f 设为0，原因是什么? 所有计算荧光发射的是不是都要这样做，只保留Excited State1 的f ，去掉所有其他的f？

是小七吖 · 发表于 Post on 2018-9-23 14:45:33

之前接触到的都是柔性扫描培训班有提到刚性扫描的概念，但是刚性扫描很容易把结构弄散，不太明白一般什么情况适合用刚性描来做呢？

F范小呆 · 发表于 Post on 2018-9-23 21:08:44

sobereva 发表于 2018-9-22 21:55
exp里的量必须是无量纲的，用哪种取决于delta-E的单位

好的，谢谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-23 22:20:48

是小七吖发表于 2018-9-23 14:45
之前接触到的都是柔性扫描培训班有提到刚性扫描的概念，但是刚性扫描很容易把结构弄散，不太明白一般什么 ...

用于构造多维势能面的时候肯定用刚性扫描。某些情况诸如扫描势能曲线往往也用刚性扫描
其它情况大多都不用刚性扫描。刚性扫描好处是比柔性扫描耗时低，对于某些情况，柔性扫描能近似被刚性扫描代替时也可以用刚性扫描。

zhjrAAA · 发表于 Post on 2018-9-24 15:49:47

我在用Gaussian计算拉曼谱的时候出现了问题，计算体系为WP2，结构是实验上测得的，因此没有用gview构建结构，也没有用Gaussian进行几何优化，但是在out输出文件里报错如下：
(Enter F:\G09W\l202.exe)
                        Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center    Atomic    Atomic          Coordinates (Angstroms)
Number    Number    Type          X          Y          Z
---------------------------------------------------------------------
   1       15          0       0.000000 0.429900 0.116700
   2       15          0       0.000000 0.298000 0.800300
   3       74          0       0.000000 0.093140 0.000000
---------------------------------------------------------------------
                  Distance matrix (angstroms):
                  1       2       3
   1  P 0.000000
   2  P 0.696209 0.000000
   3  W 0.356407 0.826104 0.000000
Small interatomic distances encountered:    3    1
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in F:\G09W\l202.exe at Mon Sep 24 15:34:42 2018.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

看提示应该是原子间距过小，请问这样应该如何解决？

zjxitcc · 发表于 Post on 2018-9-24 16:29:19

不优化结构，不代表你在计算之前可以不检查结构长啥样，就直接瞎算。很可能是坐标的单位搞错了，高斯默认是Angstroms，你这既不是Angstroms也不是Bohr。

刘小英雄steven · 发表于 Post on 2018-9-24 19:49:49

老师，Chemcraft的图为什么会有这种效果，俯视图和侧视图原子位置对应不上。应该怎么解决呢？（vasp计算中的vesta就对应的非常好）我觉着是视角的问题吧，这个怎磨设置

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-24 22:49:48

刘小英雄steven 发表于 2018-9-24 19:49
老师，Chemcraft的图为什么会有这种效果，俯视图和侧视图原子位置对应不上。应该怎么解决呢？（vasp计算中 ...

近大远小的原因
你看看程序里有没有选项把视角设成正交的，就没这事了

she · 发表于 Post on 2018-9-25 12:07:03

sob老师好。请问，想用高斯计算离子液体一对阴阳离子的偶极矩，应该选用什么样的关键词？
我现在用的是#p opt b3lyp/6-311g** geom=connectivity em=gd3 优化，完了用的b3lyp/aug-cc-pvtz做单点计算。可是得到的偶极矩大约都是12debye左右（应该在4debye左右），计算完之后用multiwfn对fchk文件分析计算ADCH电荷得到的偶极矩和高斯计算单点得到的偶极矩相差不大，也是12点几debye,还是很依赖fchk文件的方法和基组。所以请教老师，应该怎样写这部分关键词。
偶极矩μ=r×q中想要计算的偶极矩中的r用的是正负电荷中心的相对距离。
非常感谢老师解答。

望月凝香 · 发表于 Post on 2018-9-25 14:37:11

link1多步计算的计算，结果进行freqchk的时候不成功。
对.fchk文件操作总是报错，说out of memory。对原始chk文件操作，倒是没有out of memory了，说没有相关数据。
难道link1操作的时候，频率计算必须放最后一个？

15whyhq · 发表于 Post on 2018-9-25 22:14:27

用Gausian 09优化过渡态的构型，跑IRC，然后优化反应物、产物的构型，要得到能垒是用过渡态构型输出文件中的Sum of electronic and thermal Free Energies值减去反应物输出文件中的Sum of electronic and thermal Free Energies值？还是过渡态构型的Sum of electronic and zero-point Energies值减去反应物Sum of electronic and zero-point Energies值？谢谢！

吕安琪 · 发表于 Post on 2018-9-25 22:34:45

各位老师好，我在用Gaussian算金属Ir配合物的NTO，输入文件如下：

# b3lyp/gen td(nstates=10,triplets) pop(saveNTO,NTO) Density=Transition=1

输出文件如下：

Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  77.
Consistency failure #1 in FindCO.
Error termination via Lnk1e in /gpfs/soft/g09/g09D/l801.exe at Tue Sep 25 17:55:48 2018.
Job cpu time:    0 days  3 hours 45 minutes  2.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 293 Int=    0 D2E=    0 Chk=    9 Scr=    1

请问各位该如何解决，该怎样修改输入文件？

13281067598 · 发表于 Post on 2018-9-25 23:14:18

老师您好，请问如果A+B--->complex-A...B---->TS 如果按照单分子算，单位好像对不上，我看所有的双分子反应，无论有无complex-A...B ，最后速率常数单位都是L/mol/s 或者是M-1S-1.
感谢解答

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

请问刚性扫描适用于什么情况下呢？

Gaussian 原子间距报错

Gausian 09计算得到能垒

Gaussian算金属Ir配合物NTO报错

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