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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-9-19 09:46:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师你好,请问在计算溶剂化时出错:fname=5-m-0-sol.chk fd = -1 计算终止
我用读取优化结构的chk文件计算溶剂化,输入文件如下
%nprocshared=8
%mem=10GB
%chk=5-m-0-sol.chk
# m06l/def2tzvpp SCRF=(SMD,Solvent=methanol) scf=conver=6 guess=read geom=check nosymm scf=xqc int=ultrafine

im

0 1


以前也是这么计算的,我就把这个文件放在其他服务器上,可以运行,
想问问什么出现这种问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-19 09:51:47 | 只看该作者 Only view this author
yu947937636 发表于 2018-9-19 09:46
sob老师你好,请问在计算溶剂化时出错:fname=5-m-0-sol.chk fd = -1 计算终止
我用读取优化结构的chk文件 ...

是chk没找到所致。把chk写成绝对路径再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2018-9-19 18:11:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-19 09:51
是chk没找到所致。把chk写成绝对路径再试

找到问题,需要重新给chk文件权限才可以

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-9-19 18:45:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-19 09:06
仔细检查gau.gjf看内容有无异常,若无异常,仔细看gau.out末尾的输出
才1秒钟就提示失败,8成是输入文件 ...

我试了试您给的例子6个Li团簇,可以正常运行。排除设置问题。我想做的是7个Au和1个U的初始构型,查看了gau.out,发现是L502报错。而且Windows有点跑不动,但是在Linux下操作没有成功,./genmer和./molclus都提示Permission denied;

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-20 10:20:20 | 只看该作者 Only view this author
echo@dai 发表于 2018-9-19 18:45
我试了试您给的例子6个Li团簇,可以正常运行。排除设置问题。我想做的是7个Au和1个U的初始构型,查看了ga ...

用chmod +x [文件名]增加可执行权限

按此文方法解决
解决SCF不收敛问题的方法
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发表于 Post on 2018-9-20 15:24:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,这个homo和lumo轨道图中红色和绿色的部分分别代表了什么?在某虫上看了个帖子,说是代表波函数但是有正负。考虑到波函数的平方是概率密度,那么这是否说明这些大块颜色部分容易得失电子?(希望老师能详细解释下这两种轨道图,最好能给篇文献研究研究)

戴晓云1.jpg (134.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

轨道图

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-20 16:44:17 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-20 15:24
sob老师,这个homo和lumo轨道图中红色和绿色的部分分别代表了什么?在某虫上看了个帖子,说是代表波函数但 ...

这种能把LUMO拼成LOMO的文章早点扔了

判断这种问题应当用福井函数,怎么算在Multiwfn手册里4.5.3节有例子。更多信息看 概念密度泛函综述和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-20 16:46:12 | 只看该作者 Only view this author
echo@dai 发表于 2018-9-20 15:17
权限改完之后,genmer可以正常运行,但是molclus会报错,我用的还是Li的例子,以下是gau.out的内容,
En ...

你的Gaussian没正确安装,仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
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发表于 Post on 2018-9-21 12:18:46 | 只看该作者 Only view this author
老师,为啥可以将小级别的热力学参数加到大精度的电子能上。我是否可以理解为热力学参数和计算精度关系很小?

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发表于 Post on 2018-9-21 13:01:06 | 只看该作者 Only view this author
想问两个小分子的结构优化,分别该选用什么方法:一个是甲酰氯(COHCl),另一个是二溴甲苯。不考虑耗时,只求精准。我目前考虑的是MP2、B3LYP和wB97x,不知道这几个里面哪个更好;如果有更好的选择,我当然希望选更好的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-21 20:34:06 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-21 12:18
老师,为啥可以将小级别的热力学参数加到大精度的电子能上。我是否可以理解为热力学参数和计算精度关系很小 ...

热力学校正量受计算级别影响远没有能量那么大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-21 20:34:38 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2018-9-21 13:01
想问两个小分子的结构优化,分别该选用什么方法:一个是甲酰氯(COHCl),另一个是二溴甲苯。不考虑耗时, ...

MP2早过时了
wB97X根本不是一般目的用的。
该用什么仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
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发表于 Post on 2018-9-22 15:24:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问下算反应速率常数K=前置因子*exp(-ΔE/RT)中的RT部分,为什么文献中有的是RT,有的是KbT,有的是T?这些有什么差别吗?

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发表于 Post on 2018-9-22 17:14:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2018-9-22 17:17 编辑

老师,desorption energy (脱附能)是指的IM4→IM2的能垒值1.10eV,还是指IM2→products 的能量差值(这里产物应是NO2+Fe/SV_O)? 再多问一句,如果IM2→products 需要吸收的热量很大,是否意味着反应无法循环下去,因为生成的NO2脱不下来?   请sob老师指导,谢谢老师

杨.jpg (58.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

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发表于 Post on 2018-9-22 18:51:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Saberknight 于 2018-9-22 19:55 编辑

老师好,我想请教下文献中这种反应的过渡态的能量是用TS24与水分子能量的相加吗还是需要把不参与反应的水分子带上一起重新寻找下过渡态呢?

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