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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-8 21:10:08 | 只看该作者 Only view this author
ssfm 发表于 2018-10-8 19:51
谢谢老师的耐心回复,是画了表面静电势图,但是想要得到确切的静电势数值,而且因为成键的两个原子被完全 ...

讨论这个根本没意义。
范德华表面以内大部分区域是原子核电荷主导,静电势都是正值,诸如你用两个原子之间的某个点的静电势去说事根本什么用都没有
非要算的话,用Multiwfn主功能3,输入哪个点,就会显示哪个点的各种属性,包括静电势。还可以用主功能3、4分别对静电势绘制曲线图和平面图。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-10-8 21:41:53 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2018-10-9 08:30:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-8 21:10
讨论这个根本没意义。
范德华表面以内大部分区域是原子核电荷主导,静电势都是正值,诸如你用两个原子之 ...

谢谢老师的耐心回复

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发表于 Post on 2018-10-9 22:37:24 | 只看该作者 Only view this author
SOB老师,关于审稿意见回复的问题,我在文章中方法部分写明了对铀原子使用了RLC ECP大核赝势基组进行电子结构分析,内层电子78 个电子被赝化,计算时也只考虑了外层5f3 6d1 7s2的14个电子。而审稿人给的意见是在大核赝势基组下,U的5f轨道作为内层采用赝势处理,建议使用小核赝势处理U再进行轨道分析。请问这是否是审稿人的观点有误?我该如何有效的处理他的意见呢?谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-10-10 00:11:36 | 只看该作者 Only view this author
老师,NBO6.0找到的3c-2e轨道如何显示?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-10 03:13:31 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-10-10 00:11
老师,NBO6.0找到的3c-2e轨道如何显示?

使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

波函数分析相关问题请发到波函数分析版
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-10 03:15:15 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-10-9 22:37
SOB老师,关于审稿意见回复的问题,我在文章中方法部分写明了对铀原子使用了RLC ECP大核赝势基组进行电子结 ...

做波函数分析应当用小核赝势,这里说了
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156

重新在小核赝势下算一遍
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发表于 Post on 2018-10-10 08:40:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-10 03:15
做波函数分析应当用小核赝势,这里说了
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156

好的 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-10-10 15:11:30 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,一个大的柔性分子,几何优化时,力收敛并且为0,但是位移没有达到收敛限,由于力已经小于收敛限的100倍,所以opt任务也normal termination。不知这样的结果是否可用?

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发表于 Post on 2018-10-10 16:44:00 | 只看该作者 Only view this author
计算是按照以下参数进行的:# irc=(calcall,lqa,maxpoint=250,stepsize=5) scf=xqc b3lyp/GenEcp
但是计算到一半就成图片中的那样。不知道怎么消除。

tuyue.png (31.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

tuyue.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-10 18:46:54 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-10-10 15:11
Sob老师,一个大的柔性分子,几何优化时,力收敛并且为0,但是位移没有达到收敛限,由于力已经小于收敛限的 ...

如果没虚频,而且位移不是特别大就可以用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-10 18:47:52 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-10-10 16:44
计算是按照以下参数进行的:# irc=(calcall,lqa,maxpoint=250,stepsize=5) scf=xqc b3lyp/GenEcp
但是计算 ...

确认计算级别和找过渡态时候的完全一致,如果一致,用guess=read读取找过渡态最后一步的chk里的波函数作为初猜再试
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发表于 Post on 2018-10-10 22:53:25 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我想测一下波函数稳定性,我已经优化完了,是不是用优化得到的结构就行了。我优化时候用的关键词是
#p opt freq m06l/genecp int=(ultrafine,acc2e=12) scf=xqc,
1.那么我测稳定性是不是只要用stable m06l/genecp就行了呢? 和stable=opt有什么区别呢,我测试了一下stable=opt也是不做优化的呀
2. 我得到的log文件我怎么查看构型稳定不稳定啊,正常normal结束就说明构型稳定么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-11 05:52:12 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-10-10 22:53
sob老师您好,我想测一下波函数稳定性,我已经优化完了,是不是用优化得到的结构就行了。我优化时候用的关 ...

stable=opt和几何优化完全是两码事,这是发现波函数不稳定的时候自动优化波函数试图寻找稳定波函数

1 应当再加上guess=read读取优化最后一步的波函数
2 必须满足或者至少接近默认的几何优化收敛限、没有虚频
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发表于 Post on 2018-10-11 09:33:04 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问看文献时发现不同文献的单点能计算用的是同样的方法和基组,但优化用的是不一样的,这样得出的势垒可以放一起比较吗?

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