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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-10-11 16:59:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,有两个问题劳烦老师帮助。问题1:帖子(Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比),在自己的体系中进行轨道定域,定域前和定域后的SOMO轨道全一致。按照帖子,操作所给实例1,可以看见轨道定域后的变化,请问是我在自己体系中,选取轨道出了问题吗?问题2:帖子(谈谈原子间是否成键的判断问题)中,涉及整个化学过程定域化轨道图形,您展示了一个反应过程的几个点的定域化图形,很好的描述过程成键特征变化。这个是如何做到的?由于上传CHK文件特别大,我将我的体系com log 文件上传,麻烦老师帮忙看一下,谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-10-11 18:09:16 | 只看该作者 Only view this author
跑irc的时候forward 和reverse跑出来的路径怎么都是一个变化方向。怎么办?谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-10-11 20:06:24 | 只看该作者 Only view this author

G09 优化多体问题

最近在优化多体,老是报错,请问各位老师应该怎么解决,输入文件输出文件以及结构如下所示输入文件:

输出文件:

优化图



QQ截图20181011200510.png (121.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-11 22:13:15 | 只看该作者 Only view this author
小西瓜123 发表于 2018-10-11 20:06
最近在优化多体,老是报错,请问各位老师应该怎么解决,输入文件输出文件以及结构如下所示输入文件:

输 ...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

甭写scf=maxcyc=几百几千,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-11 22:13:52 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-10-11 18:09
跑irc的时候forward 和reverse跑出来的路径怎么都是一个变化方向。怎么办?谢谢老师!

这里说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-11 22:14:28 | 只看该作者 Only view this author
wfmf1994 发表于 2018-10-11 09:33
老师,请问看文献时发现不同文献的单点能计算用的是同样的方法和基组,但优化用的是不一样的,这样得出的势 ...

算单点用的级别比几何优化高是常规做法,看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-11 22:15:38 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2018-10-11 16:59
老师,有两个问题劳烦老师帮助。问题1:帖子(Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比 ...

波函数分析相关问题请发到Multiwfn板块,也有专门帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html

如论坛首页公告栏的提示,超过500KB的文件必须先压缩再上传
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发表于 Post on 2018-10-11 23:15:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-10 03:15
做波函数分析应当用小核赝势,这里说了
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156

sob老师,现在是情况是这样,审稿人意见是: “作者采用大核赝势处理U. 在该基组描述下, U的5f轨道作为内层采用赝势处理. 但对于U, 我们无法排除5f轨道参与成键, 即采用大核赝势所分析的U的成键性质是不可靠的. 建议作者在进行轨道分析和键性质表征时采用小核赝势处理U。”
但是我老板说审稿人的意见是错的,无需再用其他赝势进行计算。现在我也很纳闷了···

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-12 05:06:00 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-10-11 23:15
sob老师,现在是情况是这样,审稿人意见是: “作者采用大核赝势处理U. 在该基组描述下, U的5f轨道作为内 ...

别听你老板的,到时候惹毛了审稿人,文章给拒了
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发表于 Post on 2018-10-12 08:59:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,我这两个柔性扫描可以说明脱附过程无新的过渡态吗?

scan.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-12 09:45:13 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-10-12 08:59
老师,我这两个柔性扫描可以说明脱附过程无新的过渡态吗?

基本可以
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发表于 Post on 2018-10-12 16:25:19 | 只看该作者 Only view this author
老师,你好。我做振动分辨电子光谱计算,其中一直出现Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09.D01/g09/l718.exe错误,说是有虚频。
我提交的结构是已经做了优化和频率分析,为什么会出现这种情况?该怎么解决呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2018-10-12 19:02:55 | 只看该作者 Only view this author

高斯新手,求助高斯09计算激发态所出现的问题

使用高斯09进行激发态的计算TD(nstates=5),通过gview查看UV-VIS,得到一下结果。想知道是什么原因造成的。同时附上输出文件。

TIM图片20181012190228.png (13.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

TIM图片20181012190228.png

II-NN1BSTD.out

92.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2018-10-12 21:17:23 | 只看该作者 Only view this author
垃圾关键词一堆,先看:简谈量子化学计算中DFT泛函的选择 http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选择 http://sobereva.com/336  计算化学中的一些常见不良写法和用词 http://sobereva.com/298

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发表于 Post on 2018-10-12 23:35:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2018-10-12 23:53 编辑

老师,我在寻找3c-2e轨道的时候输入文件的末尾是这样写的:
$NBO
$END
$CHOOSE
3C S 18 19 20 END
$END

但是计算完看不到3c-2e轨道,log文件里面只有2c-2e的轨道。请老师指教。

本版积分规则 Credits rule

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