计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

183

帖子

0

威望

795

eV
积分
978

Level 4 (黑子)

7861#
发表于 Post on 2018-10-24 16:10:27 | 只看该作者 Only view this author

在用高斯优化激发态结果时,一直出现L999错误

如题,基本上后两个收敛标准Maximum Displacement 和  RMS  Displacement 可以达到YES,但前面的两个标准很难达到,能量最后也出现震荡,尝试过写关键字opt=gdiis以及opt=Cartesian,基本没有什么作用,请问还有什么办法吗?之前看过老师的帖子说加大优化圈数基本无用。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

7862#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-24 16:35:41 | 只看该作者 Only view this author
DUNING 发表于 2018-10-24 16:10
如题,基本上后两个收敛标准Maximum Displacement 和  RMS  Displacement 可以达到YES,但前面的两个标准很 ...

我从来没说过应当毫无前提条件地“加大优化圈数”,最该批判的恰恰是这种做法
仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

7863#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-24 16:36:30 | 只看该作者 Only view this author
she 发表于 2018-10-24 10:40
老师,你好。请问优化后化学键发生变化会对后续计算有影响吗?(左图是输入文件,右图是输出结果,五元环应 ...

仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

7864#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-24 16:36:40 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-10-23 23:49
老师您的意思是不是说-1.86这样的小虚频对吉布斯自由能会有很大的误差,对位垒有很大 影响

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

7865#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-24 16:37:28 | 只看该作者 Only view this author
shirely 发表于 2018-10-23 20:04
谢谢sob老师   老师另一篇帖子当中写到SCRF(SMD,read,solvent=generic),我这里是不是要把scrf=(SMD,solv ...

不用。
仔细看此文关于自定义溶剂的说明
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

33

eV
积分
42

Level 2 能力者

7866#
发表于 Post on 2018-10-24 17:02:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-24 16:37
不用。
仔细看此文关于自定义溶剂的说明
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

谢谢老师 那关键词是不是要改成SCRF(SMD,read,solvent=generic)?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

7867#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-24 18:21:02 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2018-10-24 10:11
请问各位大仙,家用双核的台式机计算安装linux后,计算两个过渡金属元素的体系能跑的动吗?不知道有没有人 ...

把7862L提示的因素都补齐再问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

7868#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-24 18:21:50 | 只看该作者 Only view this author
shirely 发表于 2018-10-24 17:02
谢谢老师 那关键词是不是要改成SCRF(SMD,read,solvent=generic)?

博文里已经写得非常详细了,仔细反复阅读
怎么写关键在于你到底想怎么考虑非极性部分的影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

61

帖子

0

威望

298

eV
积分
359

Level 3 能力者

7869#
发表于 Post on 2018-10-24 19:30:14 | 只看该作者 Only view this author
老师  有时候做频率计算    geom=allcheck guess=read   做完频率的分子朝向会改变,能量在后三位有差别,  这是正常的吗?

9

帖子

0

威望

33

eV
积分
42

Level 2 能力者

7870#
发表于 Post on 2018-10-24 20:11:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-24 18:21
博文里已经写得非常详细了,仔细反复阅读
怎么写关键在于你到底想怎么考虑非极性部分的影响

好的  谢谢sob老师

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

7871#
发表于 Post on 2018-10-24 23:14:55 | 只看该作者 Only view this author
老师,有两个问题一直不懂。第一个:教科书中老说CO,反馈π键,如何利用gaussian,multiwfn分析这个键(作用)的存在?第二个:gaussview中提供了好多个ni的结构,但是有时候不知道它是哪种结构。教科书中(《高等无机结构化学》)说[Re2Cl8]2-离子的骨干成键情况可表述如下:每个Re原子利用它的一组平面四方形的dsp2(dx2-y2,s,pz)杂化轨道和配位Cl原子的p轨道形成Re-Cl键。Re原子的pz原子轨道不用来成键。每个Re原子还剩余dz2,dxz,dyz和dxy4个原子轨道,它们互相和另一Re原子的相同原子轨道叠加,产生下列分子轨道:
dx2-dx2→σ和σ*MO
dxz-dxz→π和π*MO
dyz-dyz→π和π*MO
dxy-dxy→δ和δ*MO
教材中认为两个Re原子之间是四重键。我不懂的是两个Re之间的dsp2杂化是如何分析得到的?两个Re之间的四重键是如何分析得到的?dxy-dxy之间叠加如何知道它们这些轨道都是单电子(如果有d轨道里面有2个电子的情况应该不会成键吧)?dxy-dxy的写法不解(加号是成键,减号才是反键轨道),为什么这儿统一用减号来代替同相和反相叠加?

ni.jpg (40.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

ni frag

ni frag

d.jpg (77.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

d interaction

d interaction

re2cl8.jpg (14.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

Re2Cl8

Re2Cl8

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

7872#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-25 08:58:15 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2018-10-24 19:30
老师  有时候做频率计算    geom=allcheck guess=read   做完频率的分子朝向会改变,能量在后三位有差别,  ...

朝向变是因为摆到了标准朝向,看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297

“能量在后三位有差别”不知道你说的相对于什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

7873#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-25 09:10:41 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-10-24 23:14
老师,有两个问题一直不懂。第一个:教科书中老说CO,反馈π键,如何利用gaussian,multiwfn分析这个键(作 ...

1 做CDA分析
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

2 甭去管什么杂化,轨道杂化这种东西根本就没有物理实景,很大程度上是为了给初级研究者解释一些现象方便才造出来的概念
Re-Re四重键通过Multiwfn做轨道定域化分析也可以清晰地展现,看最新版手册4.19.3节
dxy-dxy里-不是减号,而是“与”
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

62

帖子

0

威望

355

eV
积分
417

Level 3 能力者

7874#
发表于 Post on 2018-10-25 10:02:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-22 12:40
先用片段组合方式产生初猜,扫描的时候guess=read

sob 老师,我先是算了一个初猜,然后read,进行扫描,取点算自由能。前两个输入文件和图如下。

3.PNG (20.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

3.PNG

2.PNG (13.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

2.PNG

1.PNG (25.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

1.PNG

62

帖子

0

威望

559

eV
积分
621

Level 4 (黑子)

7875#
发表于 Post on 2018-10-25 20:18:33 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,对于有机化合物,我之前的几何优化使用b3lyp/6-311g(d,p),还在准备改用m062x/tzvp,合理吗?多谢指教

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 13:42 , Processed in 0.299493 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list