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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-22 12:40:45 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2018-10-22 11:26
谢谢sob老师,我以我想要扫描的话,应该先用片段组合波函数产生初猜,然后用初猜的结果进行扫描对吗?

先用片段组合方式产生初猜,扫描的时候guess=read
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2018-10-22 17:10:58 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想请教一下,在计算Chelpg电荷时,正常结束,但输出文件提示Test job not archived,没有计算出Chelpg电荷,请问如何解决,谢谢

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发表于 Post on 2018-10-22 19:35:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-22 12:40
先用片段组合方式产生初猜,扫描的时候guess=read

好的,谢谢sob老师的答疑。

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发表于 Post on 2018-10-22 23:35:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!我有一个过渡态有一个大虚频是我想要的振动模式,但是另外有个-1.86的小虚频,而且这个小虚频死活消不掉,这样的过渡态可以用吗?如果用这个含有两个虚频的过渡态做IRC有没有意义?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-23 14:50:53 | 只看该作者 Only view this author
zhousn 发表于 2018-10-22 17:10
老师,您好,我想请教一下,在计算Chelpg电荷时,正常结束,但输出文件提示Test job not archived,没有计 ...

那个不是报错
没算出来要么你没找对,要么你没用对关键词。
建议用Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)计算CHELPG电荷,输出信息非常易读也非常易用,看手册4.7.1节的例子。建议用.fch文件作为输入文件,并且借用cubegen来加速静电势计算(这点见http://sobereva.com/435
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-23 14:52:58 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-10-22 23:35
sob老师您好!我有一个过渡态有一个大虚频是我想要的振动模式,但是另外有个-1.86的小虚频,而且这个小虚频 ...

小虚频牵扯的原子运动如果牵扯到反应区域就不能接受,如果是无关区域可以接受(但如果之后要做振动分析算热力学量,多余的虚频也必须消掉)
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发表于 Post on 2018-10-23 16:59:47 | 只看该作者 Only view this author

高斯溶剂化

高斯09,用溶剂HFIP做溶剂化,设置参数如下,哪位大神帮忙看看关键词和参数有没有错,应该咋改?
%chk=INT2
%mem=800mb
%nprocshared=4
#p m06/genecp scrf=(SMD,solvent=2-Propanol,Read)
a3
-1 1
坐标
C H O N 0
6-311++G(d,p)
****
Pd 0
SDD
****
Pd 0
SDD
stoichiometry=C3H2F6O1
solventname=HFIP
eps=16.7
RSolv=4.6

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-23 17:05:41 | 只看该作者 Only view this author
shirely 发表于 2018-10-23 16:59
高斯09,用溶剂HFIP做溶剂化,设置参数如下,哪位大神帮忙看看关键词和参数有没有错,应该咋改?%chk=INT2% ...

发帖时写清楚标题,别光写个意义不明的“高斯溶剂化”,求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

而且你发的信息里该有空行的地方都没空行,如果是被论坛吞了,直接上传输入文件,免得引起误会。

写Rsolv、stoichiometry、solventname完全多余
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发表于 Post on 2018-10-23 18:37:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-23 17:05
发帖时写清楚标题,别光写个意义不明的“高斯溶剂化”,求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见ht ...

实在不好意思  绝不再犯  我重新写

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发表于 Post on 2018-10-23 20:04:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-23 17:05
发帖时写清楚标题,别光写个意义不明的“高斯溶剂化”,求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见ht ...

谢谢sob老师   老师另一篇帖子当中写到SCRF(SMD,read,solvent=generic),我这里是不是要把scrf=(SMD,solvent=2-Propanol,Read)  改成SCRF(SMD,read,solvent=generic)?
最下面的参数是不是只要写eps=16.7,还需要其他参数吗

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发表于 Post on 2018-10-23 23:49:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-23 14:52
小虚频牵扯的原子运动如果牵扯到反应区域就不能接受,如果是无关区域可以接受(但如果之后要做振动分析算 ...

老师您的意思是不是说-1.86这样的小虚频对吉布斯自由能会有很大的误差,对位垒有很大 影响

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发表于 Post on 2018-10-24 10:11:30 | 只看该作者 Only view this author

家用台式机计算是不是跑不动?

请问各位大仙,家用双核的台式机计算安装linux后,计算两个过渡金属元素的体系能跑的动吗?不知道有没有人试过啊。

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发表于 Post on 2018-10-24 10:31:27 | 只看该作者 Only view this author
多大的体系 什么基组 什么方法 研究什么内容 你都不说 你让我们怎么猜?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2018-10-24 10:40:44 | 只看该作者 Only view this author
老师,你好。请问优化后化学键发生变化会对后续计算有影响吗?(左图是输入文件,右图是输出结果,五元环应该是个阳离子)输入文件中有写geom=connectivity。
谢谢老师回答

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发表于 Post on 2018-10-24 14:10:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-23 14:50
那个不是报错
没算出来要么你没找对,要么你没用对关键词。
建议用Multiwfn(http://sobereva.com/mult ...

谢谢老师

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