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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-10-25 21:40:48 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我在文献中看到的对自由基和被进攻分子作柔性扫描。分别从势能面扫描图中得出SCT(电荷开始转移的点)和EP。Ep我能理解就是能量最低的点,但SCT是如何看出来的呢?谢谢老师啦!

TIM图片20181025213437.png (68.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

TIM图片20181025213437.png

TIM图片20181025213532.png (95.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

TIM图片20181025213532.png

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发表于 Post on 2018-10-26 09:13:55 | 只看该作者 Only view this author

高斯几何优化报错

高斯进行了一个26原子体系的几何结构优化,所用的的方法是:B3LYP/6-31(d,p)出现以下错误提示:
Error:segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 00000000000005c3, rsp 00007fff635b1558, rbp 00007fff635b1ad0
   rsi  000000000000000b, rdi 00000000000005c3, r8  00002b143593f800
   r9   0000000000000000, r10 00007fff635b12e0, r11 0000000000000202
   r12  0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fff635b1b18
   r15 00000000000003e6
  --- traceback not available
我设置的: %nprocshared=18
                   %mem=112GB
       我没有看见其他提示错误的了,请教一下大神,该如何解决。


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发表于 Post on 2018-10-26 09:44:00 | 只看该作者 Only view this author

几何优化报错

高斯中进行了一个26个原子体系的B3LYP/6-31g(d,p)的结构优化:输出文件提示:几何优化不收敛。
但是输出文件的Optimization plot  显示如下:

请问大神们,该如何解决。

appmgr_webui.zip

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发表于 Post on 2018-10-26 10:48:20 | 只看该作者 Only view this author
输出文件?

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发表于 Post on 2018-10-26 10:51:01 | 只看该作者 Only view this author
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
这个帖子是2楼写的 你看了后就能自己解决这类报错问题了,比你来论坛问 快多了。
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-26 11:54:41 | 只看该作者 Only view this author
江月照相似 发表于 2018-10-26 09:13
高斯进行了一个26原子体系的几何结构优化,所用的的方法是:B3LYP/6-31(d,p)出现以下错误提示:
Error:se ...

提问Gaussian问题的注意事项;Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-26 11:54:52 | 只看该作者 Only view this author
Chenglong_li 发表于 2018-10-25 20:18
请问sob老师,对于有机化合物,我之前的几何优化使用b3lyp/6-311g(d,p),还在准备改用m062x/tzvp,合理吗? ...

合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-26 11:56:27 | 只看该作者 Only view this author
江月照相似 发表于 2018-10-26 09:44
高斯中进行了一个26个原子体系的B3LYP/6-31g(d,p)的结构优化:输出文件提示:几何优化不收敛。
但是输出 ...

你上传的文件根本不是输出文件
仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-26 12:25:05 | 只看该作者 Only view this author
暗黑烧酒小圆 发表于 2018-10-25 21:40
请问老师,我在文献中看到的对自由基和被进攻分子作柔性扫描。分别从势能面扫描图中得出SCT(电荷开始转移 ...

对扫描过程每个点都绘制自旋密度图或者做布居分析,当发现从某一帧开始,自旋密度发生了显著转移(通过等值面图判断,或者发现另一个片段上已经有了显著的自旋布居),这个点就是SCT

参考
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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发表于 Post on 2018-10-26 19:33:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-25 08:58
朝向变是因为摆到了标准朝向,看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/29 ...

谢谢sob老师   我说的“能量在后三位有差别”指的是   opt的结构能量和  freq朝向变了以后结构的能量  在高斯的summary 里边的后三位有差别   这是正常的吗?

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发表于 Post on 2018-10-26 20:13:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师好,我最近在看一篇文献的时候看到文献对钴催化剂用的优化方法和基组是:BP86/SV(P) 结构优化; BP86/def-TZVP单点能计算,用的软件是Turbomole.我现在打算用高斯进行相同钴催化剂的计算,我应该怎么在输入文件写这个基组呢?

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发表于 Post on 2018-10-26 20:14:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-26 12:25
对扫描过程每个点都绘制自旋密度图或者做布居分析,当发现从某一帧开始,自旋密度发生了显著转移(通过等 ...

理解了!谢谢老师的解答。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-26 21:32:17 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2018-10-26 20:13
sobereva老师好,我最近在看一篇文献的时候看到文献对钴催化剂用的优化方法和基组是:BP86/SV(P) 结构优化 ...

别用SV(P),过时了,用def2-SVP,写def2SVP,手册里都写着
def-TZVP写成TZVP
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-26 21:33:01 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2018-10-26 19:33
谢谢sob老师   我说的“能量在后三位有差别”指的是   opt的结构能量和  freq朝向变了以后结构的能量  在 ...

不正常
体系整体朝向旋转不会造成能量发生改变
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发表于 Post on 2018-10-27 09:47:42 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师  指正我的错误,下次改正!

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