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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-10-20 09:42:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-20 08:09
计算时候带着nosymm

老师,我加上之后还是一样的结果,这是我的输入文件。

12.PNG (10.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

12.PNG

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-20 13:00:51 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2018-10-20 08:45
老师您好,Raman散射活性的单位是 A的四次方  还是Å的四次方啊?

A就是Angstrom
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-20 13:01:58 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2018-10-20 09:42
老师,我加上之后还是一样的结果,这是我的输入文件。

产生片段初猜的任务根本不能和opt一起用

dunning相关一致性基组给普通泛函用是很糟糕的选择,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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发表于 Post on 2018-10-20 16:07:08 | 只看该作者 Only view this author
假设分子A有4个构象a、b、c、d,吉布斯自由能分别为Ga、Gb、Gc、Gd,分子A的热力学平均<G>如何计算?
使用Boltzmann分布公式计算各构象所占比例分别pa、pb、pc、pd,<G>=pa*Ga+pb*Gb+pc*Gc+pd*Gd?
文献中的公式两种
一是:

二是:


这两种公式如何理解?从什么原理导出?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-20 17:02:12 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2018-10-20 16:07
假设分子A有4个构象a、b、c、d,吉布斯自由能分别为Ga、Gb、Gc、Gd,分子A的热力学平均如何计算?
使用Bol ...

导出是基于A=-RTlnQ公式,Q是配分函数,A是亥姆霍兹自由能。
你用的那种简单加权平均的公式对于算自由能来说并不正确(还有个构象熵问题)
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发表于 Post on 2018-10-20 17:32:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-20 17:02
导出是基于A=-RTlnQ公式,Q是配分函数,A是亥姆霍兹自由能。

我找统计热力学的书看看。
谢谢!

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发表于 Post on 2018-10-20 23:12:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Accelerator 于 2018-10-20 23:14 编辑

装好ORCA后用了有一段时间,普通泛函,后HF方法等都能正常使用,唯独双杂化泛函使用时发生如下报错。输出文件见附件(之所以用这么小基组是为了快速测试是否能正常结束)。请问如何解决?
  1. ---------------------------------------
  2. MP2 TOTAL ENERGY: -2573.638802904 Eh
  3. ---------------------------------------


  4. ************************************************************
  5. * Program running with 36 parallel MPI-processes *
  6. * working on a common directory *
  7. ************************************************************
  8. [APmod2:61628] *** Process received signal ***
  9. [APmod2:61628] Signal: Segmentation fault (11)
  10. [APmod2:61628] Signal code: Address not mapped (1)
  11. [APmod2:61628] Failing at address: 0x18
  12. [APmod2:61628] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x12890)[0x[APmod2:61631] *** Process received signal ***
  13. [APmod2:61631] Signal: Segmentation fault (11)
  14. [APmod2:61631] Signal code: Address not mapped (1)
  15. [APmod2:61631] Failing at address: 0x18
  16. [APmod2:61631] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x12890)[0x1554f5c56890]
  17. [APmod2:61631] [ 1] /opt/orca4/orca_mrci_mpi[0x739a56]
  18. [APmod2:61631] [ 2] /opt/orca4/orca_mrci_mpi[0x11009ed]
  19. [APmod2:61631] [ 3] /opt/orca4/orca_mrci_mpi[0x1104675]
  20. [APmod2:61631] [ 4] /opt/orca4/orca_mrci_mpi[0x6009e5]
  21. [APmod2:61631] [ 5] /opt/orca4/orca_mrci_mpi[0x46d993]
  22. [APmod2:61631] [ 6] /opt/orca4/orca_mrci_mpi[0x443ee8]
复制代码

TS_HMig_b_PWPB95.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-21 05:30:03 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2018-10-20 23:12
装好ORCA后用了有一段时间,普通泛函,后HF方法等都能正常使用,唯独双杂化泛函使用时发生如下报错。输出文 ...

不好说,关键词看不出毛病。试试串行运行正常否。如果也不行,8成是bug,可以发到ORCA论坛问问
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发表于 Post on 2018-10-21 19:37:02 | 只看该作者 Only view this author
在multiwfn中算mayer键级的时候如何让120行之前的数据输出出来呢?

QQ图片20181021193547.png (4 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

QQ图片20181021193547.png

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发表于 Post on 2018-10-21 19:41:39 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2018-10-21 19:37
在multiwfn中算mayer键级的时候如何让120行之前的数据输出出来呢?

已经解决  属性 就好了

QQ截图20181021194135.jpg (45.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

QQ截图20181021194135.jpg

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发表于 Post on 2018-10-21 21:01:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-21 05:30
不好说,关键词看不出毛病。试试串行运行正常否。如果也不行,8成是bug,可以发到ORCA论坛问问

发现问题是处在%mrci IntMode RITrafo end这里。原本是为了节省硬盘空间写上的;发现去掉这一行之后就可以正常结束了。

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发表于 Post on 2018-10-22 07:43:13 | 只看该作者 Only view this author
老师好,大家好,我想请教三个关于VMD的问题:
1.怎么添加新的颜色,比如淡紫色
2.vmd怎么修改元素的默认颜色,比如把锂Li改成淡紫色
3.怎么让背景默认是白色

谢谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-22 08:05:13 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2018-10-22 07:43
老师好,大家好,我想请教三个关于VMD的问题:
1.怎么添加新的颜色,比如淡紫色
2.vmd怎么修改元素的默认 ...

这不属于量子化学问题,请单独发帖,分类选择“建模与可视化”
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发表于 Post on 2018-10-22 08:39:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-22 08:05
这不属于量子化学问题,请单独发帖,分类选择“建模与可视化”

好的!
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发表于 Post on 2018-10-22 11:26:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-20 13:01
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谢谢sob老师,我以我想要扫描的话,应该先用片段组合波函数产生初猜,然后用初猜的结果进行扫描对吗?

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