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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-10-30 15:52:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈丢丢 于 2018-10-30 16:40 编辑

sobereva老师好,当锰卟啉作为催化剂的时候,轴向配体的不同会影响反应的速率,我现在想得到不同的轴向配体转移到金属中心的电荷量,即比较不同轴向配体的供电子能力,我可以用什么软件计算得到这个数据呢?比较不同轴向配体的供电子能力是比较电荷转移吗?我看了老师发的一个电荷分解分析,但他是基于两个片段的,而轴向配体是和金属中心成键了,我又该如何进行电荷转移分析呢?

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发表于 Post on 2018-10-30 16:15:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-28 10:36
波函数变化不连续
尝试从远往近扫,小步长
这么点体系,而且还是多重键体系,UKS描述必然不理想,而且 ...

好的老师,我会多做尝试。谢谢sob老师的解惑

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发表于 Post on 2018-10-30 17:40:38 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-10-30 08:57
老师,反应速度常数的自然对数一定是直线吗?看到很多文献都是这样的,但是我拟合的确是条曲线

速率常数相对于谁的曲线?

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发表于 Post on 2018-10-30 17:46:41 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2018-10-30 15:52
sobereva老师好,当锰卟啉作为催化剂的时候,轴向配体的不同会影响反应的速率,我现在想得到不同的轴向配体 ...

一个办法是Multiwfn做CDA,只换其中一个配体,分为更换的配体/金属中心与剩余配体两片做CDA。

另一个办法是找一个带有明显极性的简单底物(明显缺电子或明显富电子),直接算反应的活化能或者反应电子能变。

这二者的结论并不总是一样,其原因和有机里学得共轭推电子、诱导吸电子有类似之处。推、吸电子可能通过多个“渠道”(如 pi, sigma)发生,方向可能相反,CDA形式上相当于把两者加起来考虑总的,而发生反应时常只考虑其一。

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发表于 Post on 2018-10-30 19:16:27 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2018-10-30 17:40
速率常数相对于谁的曲线?

1/T

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发表于 Post on 2018-10-30 19:21:33 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2018-10-30 17:46
一个办法是Multiwfn做CDA,只换其中一个配体,分为更换的配体/金属中心与剩余配体两片做CDA。

另一个 ...

老师好,您说的这个“一个办法是Multiwfn做CDA,只换其中一个配体,分为更换的配体/金属中心与剩余配体两片做CDA。”我没有看懂,麻烦您再和我讲下啊,谢谢您!
还有一个是做CDA可以是单线态的分子吧。

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发表于 Post on 2018-10-30 21:36:39 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想请教一下,pseudo=read 有什么作用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-30 21:55:17 | 只看该作者 Only view this author
zhousn 发表于 2018-10-30 21:36
老师,您好,我想请教一下,pseudo=read 有什么作用

读取赝势信息。但建议用赝势的时候用genecp,写着更省事,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-30 22:21:11 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-10-30 08:57
老师,反应速度常数的自然对数一定是直线吗?看到很多文献都是这样的,但是我拟合的确是条曲线

对于能被阿伦尼乌斯公式比较好表现的情况,根据公式可知ln(k)和1/T的关系肯定是直线
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-30 22:23:45 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2018-10-30 11:32
在PBE/SDD级别下对U单原子sp计算,发现低能的轨道没有占据电子  高能的轨道占据电子  调整轨道排布也无法得 ...

一种情况是因为当前泛函不合适,正确的组态甚至能量反倒高
另一种情况是初猜轨道顺序不合适,调合适之后,用scf=symm或scf=qc可以强行维持住初猜的不可约表示的占据方式
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-30 22:24:51 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2018-10-30 19:21
老师好,您说的这个“一个办法是Multiwfn做CDA,只换其中一个配体,分为更换的配体/金属中心与剩余配体两 ...

单重态显然支持
而且Multiwfn的CDA极其灵活和强大,绝对不仅限于两个片段


使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
里面提到了多片段研究配合物的例子在Multiwfn手册里就有
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发表于 Post on 2018-10-31 07:27:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2018-10-31 08:06 编辑

老师早上好。我帮一个做实验的算一点东西,他是想算电荷密度。但是我并不懂这一块,两个算出来的结果都有问题,想让您帮看一看。图片是他让我设置的参数,输入文件都是:
%chk=GRA.chk
%mem=4GB
%NProcShared=8
%rwf=1,19900000mb,2,19900000mb,3,19900000mb,4,19900000mb
# opt=rfo b3lyp/6-31g pop=nbo
输出文件分别是
1.
myenvir[59] is PBS_NODEFILE=/var/spool/torque/aux//3482.master
myenvir[60] is G_BROKEN_FILENAMES=1
myenvir[61] is PBS_O_PATH=/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/opt/pdsh/bin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/opt/maui/bin:/share/scripts:/home/user/bin
myenvir[62] is GAUSS_LEXEDIR=/share/apps/g09.d01/g09/linda-exe
myenvir[63] is MPC_GANG=OFF
myenvir[64] is GAUSS_NPROC=1
myenvir[65] is OMP_NUM_THREADS=1
myenvir[66] is NCPUS=1
myenvir[67] is GAUSS_NPROCL=1
myenvir[68] is GAUSS_LFLAGS= -nodelist 'node1'
2.
        Valence non-Lewis   13.25584  (  3.8760%)
        Rydberg non-Lewis    0.54707  (  0.1600%)
       -------------------------------
            Total unit  1  342.00000  (100.0000%)
           Charge unit  1    0.00000
Bad file opened by FileIO:  Unit=1 NFiles=         0 MaxFFi=     10000.
FileIO: IOper= 9 IFilNo(1)=     1 Len=           0 IPos=           0 Q=         21271640
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
第二个log文件出错可能是内存不足,但是我觉得问题应该不是出现在内存上。

6@[V4327K(MHTT]P6[S%_ZQ.png (34.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

6@[V4327K(MHTT]P6[S%_ZQ.png

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发表于 Post on 2018-10-31 10:50:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-30 22:24
单重态显然支持
而且Multiwfn的CDA极其灵活和强大,绝对不仅限于两个片段

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-10-31 11:09:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-30 21:55
读取赝势信息。但建议用赝势的时候用genecp,写着更省事,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和 ...

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-31 14:44:38 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-10-31 07:27
老师早上好。我帮一个做实验的算一点东西,他是想算电荷密度。但是我并不懂这一块,两个算出来的结果都有问 ...

6-31G的计算结果毫无价值,仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

写=rfo完全多余和莫名其妙

截图里的Gaussian View叫GaussView

我对PBS不清楚,先弄单机算

算所谓的“电荷密度”和做NBO分析没有必然关系。Multiwfn里支持一大把计算原子电荷的方法
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