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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-3 08:17:40 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-11-2 22:49
sob老师您好!能不能再请教一个问题:如果一个涉及某个键生成的过渡态,我算了这个过渡态到反应物的IRC,发 ...

我没听说过有这种普适性的结论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2018-11-3 11:23:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-3 08:17
我没听说过有这种普适性的结论

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-11-3 14:25:13 | 只看该作者 Only view this author
老师,单个过渡金属原子的溶解自由能,是不是可以明尼苏达泛函结合赝势基组来算?

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发表于 Post on 2018-11-3 17:11:04 | 只看该作者 Only view this author

请问想要用高斯算两个分子之间相互作用力,是把两个优化好的分子再放一起优化再计算吗

各路大神,请问想要用高斯算两个分子之间相互作用力,是把两个优化好的分子再放一起优化再计算吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-3 19:53:43 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-11-3 14:25
老师,单个过渡金属原子的溶解自由能,是不是可以明尼苏达泛函结合赝势基组来算?

可以
但记得得考虑显式溶剂
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-3 19:55:02 | 只看该作者 Only view this author
大王雷 发表于 2018-11-3 17:11
各路大神,请问想要用高斯算两个分子之间相互作用力,是把两个优化好的分子再放一起优化再计算吗?

不要乱用“作用力”一词,仔细看
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298

用首页google框搜索 作用能 计算,立马就找到一堆帖子。常见问题先搜论坛。
优化复合物之前完全没必要先优化单体。
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发表于 Post on 2018-11-3 20:10:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-3 19:53
可以
但记得得考虑显式溶剂

谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-11-4 15:39:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-11-4 21:33 编辑

Sob老师,请问考虑了溶剂后有一个过渡态自由能比中间体低了3kcal/mol,是因为溶剂效应使过渡态降低的能量比使中间体降低的能量更多。这种情况正常吗,应该怎样处理呢?(均是气相优化)谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-11-4 16:00:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-1 16:57
“有自带的多参考体系吗?”表述错误
Gaussian支持CASSCF,以及多参考二阶微扰方法OVB-MP2(非主流), ...

sob老师,关于这个问题——计算(n2---n+n)过程自由能变化,找到自由能最高点,计算反应速率常数,我先用片段波函数方法算一个初猜,然后用acsscf方法柔性扫描,在scan中取点,做freq计算,读取自由能,但是得到的结果依然不是连续的,scan结果是连续的,但是计算freq后取自由能,即“Sum of electronic and thermal Free Energies=”行数值,结果是不连续的,有悬崖式跳跃。这是什么原因?还是说这样的体系不能这样既算反应速率常数?scan结果和自由能曲线如图。

123.PNG (12.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

123.PNG

3.PNG (20.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

3.PNG

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发表于 Post on 2018-11-4 21:39:08 | 只看该作者 Only view this author
老师,你好,我想请教一下,我在优化结构的时候出现这样的问题,应如何解决。
错误提示:
No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  40.
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
EnCoef did   100 forward-backward iterations
Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -6399.90042965     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.30D-04     -V/T= 2.0370
Convergence failure -- run terminated.
输入文件关键词:
# opt B3LYP/genecp pop=readradii
麻烦老师帮忙看一下,谢谢你

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-4 22:37:37 | 只看该作者 Only view this author
zhousn 发表于 2018-11-4 21:39
老师,你好,我想请教一下,我在优化结构的时候出现这样的问题,应如何解决。
错误提示:
No special act ...

解决SCF不收敛问题的方法
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steven 发表于 2018-11-4 15:39
Sob老师,请问考虑了溶剂后有一个过渡态自由能比中间体低了3kcal/mol,是因为溶剂效应使过渡态降低的能量比 ...

应当在考虑溶剂模型下再试图优化这个过渡态,如果发现优化不出来了,可以在文中说溶剂效应对此反应途径产生定性影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-4 22:48:20 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2018-11-4 16:00
sob老师,关于这个问题——计算(n2---n+n)过程自由能变化,找到自由能最高点,计算反应速率常数,我先 ...

CASSCF用什么片段初猜,完全是瞎添乱
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发表于 Post on 2018-11-5 00:16:51 | 只看该作者 Only view this author
请问计算有机共轭体系的HOMO-LUMO gap 用什么泛函好?如果想准确但又相对便宜,是不是用B3LYP最好?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-5 00:38:18 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2018-11-5 00:16
请问计算有机共轭体系的HOMO-LUMO gap 用什么泛函好?如果想准确但又相对便宜,是不是用B3LYP最好?谢谢

B3LYP是最理想选择,见DOI: 10.1021/ar1000555
而且有文章认为B3LYP/6-31G*是最好的,因为恰好可以理论方法和基组误差抵消
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