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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-11-6 15:34:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!对于一个基元反应我换了一个配体这个基元反应的能量升高了,用什么手段可以分析出能量升高的原因是什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-7 00:25:43 | 只看该作者 Only view this author
haha 发表于 2018-11-6 09:16
态平均不是只有在优化的时候可以用吗,单点也可以用吗

当然可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-7 01:47:23 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-11-6 15:34
sob老师您好!对于一个基元反应我换了一个配体这个基元反应的能量升高了,用什么手段可以分析出能量升高的 ...

看具体情况
可能有用的手段很多,诸如原子电荷分析、NBO E2、strain/activation分析等等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-11-7 09:30:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2018-11-7 09:55 编辑
sobereva 发表于 2018-11-7 01:47
看具体情况
可能有用的手段很多,诸如原子电荷分析、NBO E2、strain/activation分析等等

谢谢sob老师。请问什么是NBO E2分析,有没有有关的文献和例子呀?还有个问题:能量分解适用我的情况吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-7 23:48:30 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-11-7 09:30
谢谢sob老师。请问什么是NBO E2分析,有没有有关的文献和例子呀?还有个问题:能量分解适用我的情况吗:lo ...

NBO分析资料汇总 http://bbs.keinsci.com/thread-102-1-1.html

跟能量分解没直接联系
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发表于 Post on 2018-11-8 10:46:56 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian Input file:
      %Nproc=12
      %mem=4000MB
       # opt=(tight,cartesian,gdiis) freq  m062x/6-311++g(3df,3pd)
请教Sob老师,在输出文件中出现很多“PrRfSu:  requested number of processors reduced to:  11 ShMem   1 Linda.”  导致结果计算缓慢,这在之前的计算中是看不到的,网上其他人说这是一种报错,但觉得都不权威,特此请教下您原因

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-9 02:53:29 | 只看该作者 Only view this author
devilove 发表于 2018-11-8 10:46
Gaussian Input file:
      %Nproc=12
      %mem=4000MB

当内存给得太少,而核数比较多的时候,为了计算得以进行,会自动降低并行线程数,以牺牲速度为代价让任务能跑下去。当前提示并行线程数自动降为了11。
你给的内存显得太少了
PS:优化和振动分析根本没必要用这么大基组,一般情况下6-311G**足矣,看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387
而且应当确保当前是ultrafine积分格点,否则用tight不仅达不到效果,对于M06-2X还可能非常难收敛
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sobereva 发表于 2018-11-9 02:53
当内存给得太少,而核数比较多的时候,为了计算得以进行,会自动降低并行线程数,以牺牲速度为代价让任务 ...

万分感谢老师,一定谨记在心

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发表于 Post on 2018-11-9 14:27:20 | 只看该作者 Only view this author

高斯报错

高斯出现了L114报错

微信截图_20181109142506.png (17.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

微信截图_20181109142506.png

微信截图_20181109142440.png (8.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

微信截图_20181109142440.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-9 14:44:53 | 只看该作者 Only view this author

发帖时候别就写个“高斯报错”,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

SAC-CI没有解析梯度,只能用数值梯度的代码优化,此时被优化的几何参数必须用变量形式表示
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发表于 Post on 2018-11-9 16:39:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huyongxin 于 2018-11-9 17:00 编辑

sob老师,我这一次用ACSSCF扫描的N2--N+N,扫描结果依然是不连续,依然是有悬崖式跳跃。这是啥原因?

12.PNG (7.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

12.PNG

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发表于 Post on 2018-11-9 17:17:30 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好。做BSSE校正计算的输出文件里面偶极矩是8.033Debye,用gaussview打开输出文件查看summary,显示偶极矩是13.61Debye,但在同样的计算水平下,优化和频率计算的偶极矩都是13点几德拜,偶极矩应该取哪个值呢?
谢谢老师回答~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-10 00:56:40 | 只看该作者 Only view this author
she 发表于 2018-11-9 17:17
Sob老师好。做BSSE校正计算的输出文件里面偶极矩是8.033Debye,用gaussview打开输出文件查看summary,显示偶 ...

counterpoise任务仅仅用来计算BSSE相关的问题(BSSE校正后的结合能和体系总能量),此任务输出的任何其它信息都不要用
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发表于 Post on 2018-11-10 14:58:41 | 只看该作者 Only view this author
大家晚上好,能否请教大家:
附件中的分子是我计算的第二个体系,但是计算结果与实验结果趋势不同(计算的能级的带隙和吸收光谱,与实验吸收光谱体现的光学带隙大小趋势不同),不知道是什么原因,因为用相同的计算方法计算过另外四个染料敏化分子,与实验数据趋势相吻合。请问大家是什么看法呢?

1.docx

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发表于 Post on 2018-11-10 20:19:56 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,阿伦尼乌斯公式采用k=A*T^n*exp(-Ea/RT),为拟合得到三参数 A,n,Ea, 应该是对k--T作图么,还是应该用lgk--1000/T作图呢?
我用KisThelp软件进行三参数拟合和Origin拟合得到的Ea结果均是负的,而实验文献中测得的表观活化能却是正几十kJ/mol,可能是什么原因呢,谢谢老师的指导
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