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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-16 06:22:39 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2018-11-15 13:05
求问Gaussian 09输入文件如何在读取未指定同位素优化输出的chk文件的基础上设置同位素

如题,已经完成未 ...

同位素对于优化结构一定没有影响,验证个啥?别做无用功浪费计算资源
仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2018-11-16 17:47:04 | 只看该作者 Only view this author

scan

计算模拟新手求助 高斯氢分子scan,程序编好算不出来,下面是程序

h2.gjf

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发表于 Post on 2018-11-16 21:54:12 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,有个问题想请教您,我最近杂志投稿出现了一下问题,麻烦您帮忙解决一下,谢谢您!      问题:图片内容多次出现,且网页页面中并没有提供验证码的窗口,请问老师,这是什么原因,该如何解决呢?谢谢您

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发表于 Post on 2018-11-16 22:11:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 niobium 于 2018-11-16 22:13 编辑

首先,这叫输入文件,不是程序。
其次,学习一个软件的使用最有效的办法是去读软件的手册,你应该去看看手册上scan关键词的使用,注意坐标的书写,以及最后一行的含义及书写方法。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-17 06:44:44 | 只看该作者 Only view this author
随心恣意 发表于 2018-11-16 17:47
计算模拟新手求助 高斯氢分子scan,程序编好算不出来,下面是程序

发帖时候看清楚板块再发,量化问题干嘛发到分子模拟版,首页公告栏明确提示了要看清楚板块再发
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助及具体内容(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),别就写个“scan"。这属于严重违规行为
发帖前认真阅读置顶的新人必读贴

问问题别用什么“算不出来”来形容,仔细看
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79

8044L已经有别人回复你的问题了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-17 06:47:17 | 只看该作者 Only view this author
app 发表于 2018-11-16 21:54
老师,您好,有个问题想请教您,我最近杂志投稿出现了一下问题,麻烦您帮忙解决一下,谢谢您!      问题: ...

这和量化问题无关,请发到http://bbs.keinsci.com/forum-124-1.html
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发表于 Post on 2018-11-17 10:54:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiayu1985 于 2018-11-17 19:32 编辑

文献中这样描述LUMO的组成The LUMO of S-LA2 in the transition state mainly consists of the σ* orbital of the C−CN bond and the π* orbital of the CN moiety.This LUMO is formed by σ*−π* orbital mixing which is induced by the distorted geometry of the transition state.其中  σ*−π*代表什么意思?后面的描述中又出现了σ* +π*(This is because the unoccupied σ* +π* C.CN antibonding orbital is considerably stabilized by theinteraction of LAN with the cyano nitrogen atom),这两种写法代表的意义一样吗?还有作者认为该轨道是σ* 和π*组成,是不是观察轨道图像得到的?最后一个疑问,所有的化学键断裂非得用HOMO和LUMO匹配重叠发生电子转移来解释吗?谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-11-17 11:18:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-17 06:47
这和量化问题无关,请发到http://bbs.keinsci.com/forum-124-1.html

好的,不好意思。谢谢您

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发表于 Post on 2018-11-18 11:25:16 | 只看该作者 Only view this author
老师,gaussian有没有计算断键温度的功能?还是这个功能是通过计算键能来和温度对应来实现这一功能的。还有我在网上查,小*虫上有这样一段解释,“化学键断裂”不是一个严格的命题。从化学平衡的角度,在低温下也有一定程度的断裂。比较合理一点,就取DG=0时的温度吧。知道键能,用Gaussian算算结构和频率,计算不同温度下的熵变,看看哪里DG=0。注意,“键能”这个概念也不是很规范,有的文献给出0K时的值,有的文献给出298K时的DH.我记得之前计算过键能,好像没有DH,DGZ这样的参数啊。

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发表于 Post on 2018-11-18 15:18:17 | 只看该作者 Only view this author
老师,有个问题想请教您。在用高斯做几何优化的时候,对于一个初始构型,优化完成后会得到一个结构,对应一个能量的极小值点。在文献中能看到比如研究两个分子的相互作用时,会得到对应“不同的能量极小值点”的构型,这些构型之间会存在能量的差异,从而判断哪个更稳定,我的理解是它们对应着势能面上的局部最小值和全局最小值点。但我的问题是,一般对于一个初始构型,在做几何优化时,只能得到一个能量最小的构型,那么类似于文章中的多个能量极小值得构型,是通过改变初始结构得到的吗?!如果是这样的话,那我怎么才能确定我找到了所有的能量极小值点呢?!
老师,我刚刚接触量化计算,这个问题可能过于低级,如果您不愿回答,能否恳请老师告知相关内容我在哪能够学习到呢?!
十分感谢!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-19 09:58:49 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-11-18 11:25
老师,gaussian有没有计算断键温度的功能?还是这个功能是通过计算键能来和温度对应来实现这一功能的。还有 ...

没有这种功能
而且没有确切的温度,这是个快慢的问题

量化角度上考察,要么考察不同温度下断键反应的速率常数,要么做不同温度下的从头算动力学来考察是否容易发生
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-19 10:01:19 | 只看该作者 Only view this author
sccc 发表于 2018-11-18 15:18
老师,有个问题想请教您。在用高斯做几何优化的时候,对于一个初始构型,优化完成后会得到一个结构,对应一 ...

看此文了解相关知识。虽然不一定要用文中说的程序,但对于了解基本思想非常有益

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-19 10:09:58 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2018-11-17 10:54
文献中这样描述LUMO的组成The LUMO of S-LA2 in the transition state mainly consists of the σ* orbital ...

就是指反键sigma轨道和反键pi轨道混合构成的LUMO
意思可能一样
是看轨道得到。另外,可以用Multiwfn做轨道定域化分析得到sigma*和pi*对应的LMO,然后利用主功能200的子功能6获得LUMO与这些LMO的转换关系,从而判断LUMO的主体特征
参考
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380
以及Multiwfn手册3.200.6节

没必要非得从HOMO、LUMO重叠匹配角度讨论,这种讨论方式本来也根本不是普适的。
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发表于 Post on 2018-11-19 15:06:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-19 10:01
看此文了解相关知识。虽然不一定要用文中说的程序,但对于了解基本思想非常有益

使用molclus程序做团 ...

谢谢老师,十分感谢!

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发表于 Post on 2018-11-19 23:43:22 | 只看该作者 Only view this author
分析轨道时文献中出现dπ,dσ,dδ轨道,localized的轨道往往是混合的状态(D 0,D+1,D-1,D+2,D-2其中的几个混合),并且轨道相互之间的位置已经和原子的d轨道之间的相对空间位置不一样。如何区分它是dπ,dσ,dδ?自己的理解是查看multiwfn里面orbital composition analysis 看主要是由D 0,D+1,D-1,D+2,D-2其中的哪个主要组成?以主要的为主,不知道对不对。

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