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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-13 16:49:12 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2018-11-13 15:51
sobereva老师好,我想向您请教下关于溶剂效应的一个问题,我先在低基组BP86/6-31G*下优化结构,然后在高基 ...

没法说不正常。溶剂模型不会必然性地升高或者降低势垒,这都取决于具体体系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-11-13 21:31:12 | 只看该作者 Only view this author
老师好,在用TDDFT优化激发态S1结构时,出现如下错误,不知道是怎么回事?应该怎么解决呢?

1542115669(1).png (30.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

1542115669(1).png

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发表于 Post on 2018-11-13 21:41:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kyuu 于 2018-11-13 21:44 编辑

一个团簇的Homo/Lumo gap能不能做为模型选择的依据,与材料能隙最接近的好?做单原子离子的吸附,团簇应该不用很大吧?
圣诞刨坟忙

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-14 04:38:21 | 只看该作者 Only view this author
DUNING 发表于 2018-11-13 21:31
老师好,在用TDDFT优化激发态S1结构时,出现如下错误,不知道是怎么回事?应该怎么解决呢?

程序bug
换g09版本,或者换成g16再试
或者尝试其它基组。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-14 04:40:03 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2018-11-13 21:41
一个团簇的Homo/Lumo gap能不能做为模型选择的依据,与材料能隙最接近的好?做单原子离子的吸附,团簇应该 ...

如果目的是选择合适大小的团簇做吸附问题的研究,我认为并不适合从HOMO-LUMO gap作为判据去衡量
只要让吸附位点距离边界足够远就可以
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发表于 Post on 2018-11-14 09:51:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-13 16:49
没法说不正常。溶剂模型不会必然性地升高或者降低势垒,这都取决于具体体系

好的呢,谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-11-14 11:36:32 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我在做天然产物分子的NMR和ECD计算,想请教您一些关于构象分析的问题,按照您推荐的方法,先利用amber或其他程序进行构象采样,然后用molclus调用MOPAC在PM6-DH+做优化,我有两个问题:
(1)在做完PM6优化之后,可否按PM6能量取一定能量窗口(如10 kcal)内的构象做DFT单点,再按照DFT单点的能量取一定能量窗口(如5 kcal)内的构象进行几何优化和振动分析?这样的做法是否有意义?
(2)研究对象的原子数目一般在70到80个(C H O N),且分子中具有一定数量的可旋转建,为了在几何优化(M062x/def2SVP)之后获得构象更为准确的单点能,一般应在什么级别下进行单点能计算?我认真看了您的《大体系弱相互作用计算的解决之道》,《gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》等一些帖子,还是不太把握得好,所以想跟您确认一下。
非常感谢您!

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发表于 Post on 2018-11-14 11:49:22 | 只看该作者 Only view this author
老师,为什么我在跑irc的时候,无论写reverse,还是forward,最后跑出来的点都是一个方向?

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发表于 Post on 2018-11-14 15:09:26 | 只看该作者 Only view this author
高斯计算PES有负值,提取出来的结构计算波函数稳定性总是出现L508错误,别的错误都没有直接出现的508错误,加了int=ultrafine, scf(qc,intrep) scf=intrep 都没有效果,怎么办?这是错误提示,不知道怎么解决了?[i mg][/img]

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-15 06:01:57 | 只看该作者 Only view this author
小尼姑 发表于 2018-11-14 15:09
高斯计算PES有负值,提取出来的结构计算波函数稳定性总是出现L508错误,别的错误都没有直接出现的508错误, ...

“PES有负值”表述不清
你用qc以及stable就会走L508的模块,自然就可能508报错
没特殊情况甭用什么 scf(qc,intrep) scf=intrep
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-15 06:02:53 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-11-14 11:49
老师,为什么我在跑irc的时候,无论写reverse,还是forward,最后跑出来的点都是一个方向?

仔细看此文
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
确保里面提及的问题都注意了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-15 06:12:54 | 只看该作者 Only view this author
happyknighthawk 发表于 2018-11-14 11:36
Sob老师,我在做天然产物分子的NMR和ECD计算,想请教您一些关于构象分析的问题,按照您推荐的方法,先利用a ...

1 有意义
2 如果是Gaussian,用M06-2X/def2-TZVP。如果是ORCA,可以用好得多的RI-PWPB95-D3/def2-QZVP。当然,能否算得动还得看机子
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发表于 Post on 2018-11-15 09:19:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-15 06:12
1 有意义
2 如果是Gaussian,用M06-2X/def2-TZVP。如果是ORCA,可以用好得多的RI-PWPB95-D3/def2-QZVP。 ...

谢谢老师的回复

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发表于 Post on 2018-11-15 13:05:35 | 只看该作者 Only view this author
求问Gaussian 09输入文件如何在读取未指定同位素优化输出的chk文件的基础上设置同位素

如题,已经完成未指定同位素的优化得到了chk文件,现希望在此chk文件的基础上,在输入文件中通过geom=check guess=read语句读取优化得到的坐标和波函数,但同时需要对同位素进行设置。参照Gaussian手册编制输入文件如下,然而计算报错,不知道这是设置问题还是格式问题,敬请各位老师指教,谢谢!
(虽然知道同位素对于优化结构几乎没有影响,但仍然想要验证一下。)

%nprocshared=4
%mem=1024MW
%chk=CH3OH.chk
# opt B3LYP/6-31G+(d,p) geom=check guess=read

C_13_H3OH

0 1
C(iso=13)


(文件结束)

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发表于 Post on 2018-11-15 13:30:52 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师

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