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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-26 00:20:29 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2018-12-25 21:18
大家晚上好,请问染料分子的分子内电荷转移怎么算呢?

使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434http://bbs.keinsci.com/thread-10775-1-1.html

以后不要24小时内在群里和论坛里问同一问题,置顶的新人必读和群文件里群规里都强调了。群里已经给你回复一遍了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-12-26 14:22:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-26 00:20
使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434(http://bbs.keinsci.com/t ...

谢谢Sob老师,下次会注意的,辛苦您了

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发表于 Post on 2018-12-26 19:34:33 | 只看该作者 Only view this author
老师 ,为什么IRC分析两侧都明显没收敛,步数也没到,但是就Normal结束了?

Desktop.rar

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IRC

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-27 07:20:22 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-12-26 19:34
老师 ,为什么IRC分析两侧都明显没收敛,步数也没到,但是就Normal结束了?

因为提示了 PES minimum detected on this side of the pathway.
怎么解决看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
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发表于 Post on 2018-12-27 10:07:56 | 只看该作者 Only view this author

高斯优化报错-scf不收敛

报错信息如下:
Gap=     0.003 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=1.55D-05 MaxDP=2.47D-03 DE=-5.50D-04 OVMax= 0.00D+00

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UPBE-PBE) =  -11069.9661692     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.1555D-04             -V/T =  2.0151
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 1.090541201074D+04 PE=-2.415291303469D+05 EE= 1.116473419234D+05
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.0000,   after     0.0000
DiagDN has N=  1598 LTot=  4828 but NE2=     3 cannot use DSYEVD.
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /apps/g09a02/g09/l502.exe at Tue Dec 25 16:27:45 2018.
Job cpu time:  1 days  5 hours 14 minutes  8.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   2550 Int=      0 D2E=      0 Chk=     59 Scr=      1

输入文件:
%chk=BN-INNER-2pair-paralles-type2-12C-unopt-satruatestructure-triplet-sto.chk
%nprocshared=4
%mem=12000MB
#p opt pbepbe/sto-3g SCF=noincfock

bn-inner-2pair-paralles-type2-12C-unopt-satruatestructure-triplet-sto

0 3
C                 11.42684000    7.64158000    5.09347800
C                 11.35338000   10.03994000    4.59366300
C                 11.34814000   12.43972000    4.09747800
C                 12.83720000    7.66704000    4.91506800
........

请老师指导,

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发表于 Post on 2018-12-27 10:29:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-12-27 10:30 编辑

http://sobereva.com/61回复前先把链接里第一段看了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-27 11:16:59 | 只看该作者 Only view this author
cqu_xiaoq 发表于 2018-12-27 10:07
报错信息如下:
Gap=     0.003 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=1.55D-05 MaxDP=2.47D-03 DE=-5 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

这些常见问题提问前先在论坛首页google框搜索报错提示。
另外这种垃圾基组计算结果毫无实际意义,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
即便是预优化也没法接受。
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发表于 Post on 2018-12-27 12:24:42 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-12-27 18:16:13 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,在做相互作用能时,我的体系有三个碎片,那么我定义了counterpoise=3,现在计算输出文件有E(ABC) EA EB EC,但是没有看到有E(AB) E(BC) E(AC)  那么我怎么计算三者之间两两的相互作用能呢?谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-28 01:37:28 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2018-12-27 18:16
请问sob老师,在做相互作用能时,我的体系有三个碎片,那么我定义了counterpoise=3,现在计算输出文件有E( ...

本来这个关键词此时就是用来计算三聚化作用能的,其中不需要计算二聚体能量
倘若你要计算两两间作用能,应当手动提取二聚体坐标用counterpoise=2来算
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发表于 Post on 2018-12-28 08:48:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-28 01:37
本来这个关键词此时就是用来计算三聚化作用能的,其中不需要计算二聚体能量
倘若你要计算两两间作用能, ...

明白了,谢谢sob老师。还有一个问题,就是之前上课时您说NBO做过渡金属存在问题,也有人做过相关报道。那么想问下您,ADNDP这种方法在应用到过渡金属体系时,是否有问题。谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2018-12-28 09:33:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,我使用高斯进行计算,但是现在有一个结构使用MS建模,使用VASP计算,耗时非常长,所以现在想用高斯进行机构初猜。换了多重度后,还是显示错误, <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 1.0000 <S**2>= 6.6848 S= 2.1334
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     6.6848,   after    18.0310
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/chenglin/lcheng/programs/g09/l502.exe at Mon Jan 19 13:36:38 2015.
所以想请教您,这种做法是不是错误的?这个输入文件是不是有问题?谢谢老师

Pathc_1_a_03.com

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-28 13:02:46 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2018-12-28 09:33
老师,我使用高斯进行计算,但是现在有一个结构使用MS建模,使用VASP计算,耗时非常长,所以现在想用高斯进 ...

这属于瞎算
Gaussian算这种体系并不比VASP更快,而且周围都没有通过背景电荷等方式进行处理,优化完了结构肯定全都乱了。这种电子结构极其诡异的体系SCF不收敛也是必然的。
老老实实在VASP的范畴内解决
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-28 13:03:58 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2018-12-28 08:48
明白了,谢谢sob老师。还有一个问题,就是之前上课时您说NBO做过渡金属存在问题,也有人做过相关报道。那 ...

没有问题
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发表于 Post on 2018-12-29 17:25:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-30 19:17
1 得优化氢原子
2 是
优化时候把重原子冻结即可,看

sob大神你好,我在利用晶体结构进行基态,单重激发态和三重激发态的优化计算时,发现有个问题
1、在我优化基态结构的时候是只优化氢原子的,那优化S1和T1态结构也是只优化氢原子吗?还有需要优化整个分子呢?
2、如果我需要优化S2或者T2等态的结构的时候,是不是只需要把root=1改为root=2或3....之类的就可以了呢?

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