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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-23 18:10:53 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2018-12-23 13:02
Sob老师,请问计算的紫外谱图与实验谱图对不上,是什么原因,和泛函基组有关系吗?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-23 18:11:59 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-12-23 15:50
老师,有没有批量提取irc结构的脚本或者工具呢?

将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具
http://sobereva.com/285http://bbs.keinsci.com/thread-850-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-23 18:14:34 | 只看该作者 Only view this author
cqu_xiaoq 发表于 2018-12-23 15:44
老师您好,我把自己体系按照闭壳层单态优化完之后给老师看了一下结果,画了对应的分子轨道和对应的能隙图, ...

对于基态计算,直接把0 1改成0 3就完了,其它都不变
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发表于 Post on 2018-12-23 19:39:58 | 只看该作者 Only view this author

高斯IRC求助

我在用猜测得到过渡态时用了opt=modredundant,在做IRC时还需要使用geom=modredundant吗。非常感谢!

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发表于 Post on 2018-12-23 20:18:29 | 只看该作者 Only view this author
柔性扫描时才用opt=modredundant关键词吧,IRC应该不用吧。过渡态初猜,然后优化,之后再IRC

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发表于 Post on 2018-12-24 00:47:22 | 只看该作者 Only view this author
老师,什么是asynchronous transition state和synchronous transition state?网上搜索了也没有找到合适的答案。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-24 01:12:09 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-12-24 00:47
老师,什么是asynchronous transition state和synchronous transition state?网上搜索了也没有找到合适的答 ...

仔细阅读
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-24 01:12:30 | 只看该作者 Only view this author
PY_N 发表于 2018-12-23 19:39
我在用猜测得到过渡态时用了opt=modredundant,在做IRC时还需要使用geom=modredundant吗。非常感谢!

不需要
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发表于 Post on 2018-12-24 11:09:56 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-12-24 18:49:47 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,gaussian计算一个含三个As原子,其余都是碳原子体系的结构、相互作用能,波函数分析等。请问老师两个问题:
1.B3LYP-D3、wb97xd哪个泛函好些?
2.相同泛函下基组三个选择哪个更精确?在类似的计算耗时下还有没有更好的组合?
(1)优化+振动频率+波函数分析:6-31G(d,p), 相互作用能:6-311 + G(d,p);
(2)优化+振动频率+波函数分析:6-31G(d,p)对于C和SDD对于As, 相互作用能:6-311 + G(d,p)和lanl08(d);
(3)优化+振动频率+波函数分析:def2-SVP, 相互作用能:def2-TZVP;
谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-12-24 19:23:54 | 只看该作者 Only view this author
尊敬的sob老师,晚上好。反应能是用什么能量算的?是反应物减产物,还是产物减反应物?
我看文献当中有时候是正值,有时候是负值,可能是我哪里理解有问题。如下:
1. From the energy profile shown in Fig. 6, one can obtain the reaction energy of N2O + CO → N2 +CO2 is -79.9 kcal/mol,
2. The energy barrier for reaction of the adsorbed CO with a surface O atom is 122 kJ/mol and the reaction energy is exothermic by 20 kJ/mol.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-25 01:02:21 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-12-24 19:23
尊敬的sob老师,晚上好。反应能是用什么能量算的?是反应物减产物,还是产物减反应物?
我看文献当中有时 ...

算的时候都应当是产物减反应物
如果算出来的是比如-50 kcal/mol,就说反应造成能量变化是-50 kcal/mol,或者说反应造成放热50 kcal/mol,这都对,语义是一码事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-25 01:27:07 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-12-24 18:49
请问sob老师,gaussian计算一个含三个As原子,其余都是碳原子体系的结构、相互作用能,波函数分析等。请问 ...

1 图便宜用前者,能量相关计算结果后者好一些(M06-2X通常更好)。波函数分析这俩都差不多
2 用(3)就行。虽然用赝势能稍微便宜一些,但毕竟As就三个,不用折腾
我不知道你说的相互作用能具体指什么类型的相互作用能,如果是弱相互作用,def2-TZVP应改为ma-TZVP,即加上弥散。
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发表于 Post on 2018-12-25 21:18:20 | 只看该作者 Only view this author
大家晚上好,请问染料分子的分子内电荷转移怎么算呢?

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