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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-1-2 15:21:07 | 只看该作者 Only view this author
请教sob老师在VMD观测某残基5埃以内的水分子,是否可以将这些水分子的坐标导出

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发表于 Post on 2019-1-2 15:53:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-30 04:57
1 S1,T1时候优化整个分子。
2 是。但最好令nstates比root高一些

好的,谢谢sob老师,我明白了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-2 19:01:25 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2019-1-2 15:21
请教sob老师在VMD观测某残基5埃以内的水分子,是否可以将这些水分子的坐标导出

save coordinate的时候selected atom用相应的选择语句即可。语法是same resid as {water and within 5 of resid xxx}
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-1-2 19:31:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-2 19:01
save coordinate的时候selected atom用相应的选择语句即可。语法是same resid as {water and within 5 of ...

已经保存好啦,太感谢老师了

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发表于 Post on 2019-1-2 22:10:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-2 11:09
关于SCF不收敛的解决、原因,我全都在博文里说的,没有任何可以补充的
SCF不收敛和几何优化不收敛是两回 ...

感谢老师的回答

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发表于 Post on 2019-1-3 11:15:28 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问我用 # opt b3lyp/6-31g(d,p)  em=gd3 ; 0 3优化的T1的结构,优化完之后我怎么判断优化的结构是否合理,能否也像基态一样做频率计算(freq)? 如果是用# opt td优化的S1也能做频率计算判断结构的合理性吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-3 14:04:26 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-1-3 11:15
Sob老师,请问我用 # opt b3lyp/6-31g(d,p)  em=gd3 ; 0 3优化的T1的结构,优化完之后我怎么判断优化的结 ...




没虚频只是“合理”的必要条件,不是充分条件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-1-3 22:06:59 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-6-20 11:11
老师好,能给推荐一下关于添加背景电荷的学习资料吗?最近在某体系添加背景电荷,在没有添加背景电荷时,裸 ...

裸簇优化都能收敛啊?

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发表于 Post on 2019-1-4 11:07:47 | 只看该作者 Only view this author

高斯模拟中结构变化

各位老师好,请问一下,我想将这个结构作为过渡态计算它的能量,但是我在优化后它的键就发生的变化(图1是输入图片,图2是输出图片),chk得到的结构和图1是一样的,为什么会出现这种情况,我该以哪个结构为准,还是我这么做是不合理的?                                           

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发表于 Post on 2019-1-4 11:29:01 | 只看该作者 Only view this author
读起来好费劲啊

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发表于 Post on 2019-1-4 12:01:27 | 只看该作者 Only view this author
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-4 12:48:35 | 只看该作者 Only view this author
仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
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发表于 Post on 2019-1-5 09:49:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-1-5 09:54 编辑

老师,我用cineb插点寻找dimmer的初始构型时(vasp计算),但是发现这些点连成的化学反应趋势和我想象中的不太一致(我觉着应该是O-O拉长,N(NO)靠近Fe一侧的O),而且找到的能量最高点有4个虚频,数值大小为20,30,60,170cm-1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-5 09:59:03 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-1-5 09:49
老师,我用cineb插点寻找dimmer的初始构型时(vasp计算),但是发现这些点连成的化学反应趋势和我想象中的 ...

这属于第一性原理方面的问题,请在第一性原理版块发帖咨询
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发表于 Post on 2019-1-6 18:40:54 | 只看该作者 Only view this author

过渡态虚频问题

大家好!我先用b3lyp找到了过渡态,然后用b3lyp的过渡态结构换用m6, int=ultrafine  scrf(smd,solvent=toluene), 得不到想要的过渡态了,反复调整结构一直出现不想要的虚频,请问这种情况怎么办呢?

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