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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-1 21:10:36 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2018-12-1 18:26
那么这样求出来的激发态都是闭壳层吗 还是已经经过了自旋投影

基态是闭壳层时,计算激发态用的组态函数都是自旋匹配组态函数,得到的激发态波函数都是自旋纯态,你让它计算单重态,就会计算出严格意义的单重态(由对应单重态的组态函数线性组合构建),没有自旋污染问题。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-12-2 01:02:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,如何证明石墨层之间π-π堆积的相互作用?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-2 01:24:13 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-12-2 01:02
老师,如何证明石墨层之间π-π堆积的相互作用?

做RDG或IGM分析,看
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407
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发表于 Post on 2018-12-2 10:31:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在QMMM计算中需要Se元素的amber力场参数,似乎在GAFF中没有找到,请问有什么方法可以得到吗? [GAFF is a complete force field (so that missing parameters rarely occur); it covers almost all the organic chemical space that is made up of C, N, O, S, P, H, F, Cl, Br and I.]

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-2 12:47:43 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2018-12-2 10:31
sob老师,我在QMMM计算中需要Se元素的amber力场参数,似乎在GAFF中没有找到,请问有什么方法可以得到吗? [ ...

amber和GAFF都是主要给有机体系用的,Se在有机体系里很少涉及,你只能自己google搜文章找参数补进去,要么自己想办法拟合。或者某些情况下考虑在硫的参数基础上适当调整后使用
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发表于 Post on 2018-12-2 20:54:25 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian模拟中能量计算问题

老师您好,请问为什么我模拟酮还原成醇的路径时(如图所示),计算得到的酮的能量比醇的能量高1.2Hartree/Particle,为什么会有这么大的差异啊?是路径不合理的情况吗?

d1333fecfa67d7eec26e77d54e766ad.png (4.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

d1333fecfa67d7eec26e77d54e766ad.png

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发表于 Post on 2018-12-3 10:40:17 | 只看该作者 Only view this author

高斯输入文件中关于自选多重度的问题

各位大神,我想做金属锌卟啉与铜卟啉分子的基态几何结构优化计算,锌卟啉原子正常计算结束,然后我把中间的金属锌原子,改成铜原子,但是自选多重度就由0,1变成了0,2,我计算的是中性态的,0,2 感觉出现了问题,但是一直没有找到原因,下面是单重态为0,2 的铜优化几何结构图



Cu-porphyrin.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-3 14:26:41 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2018-12-3 10:40
各位大神,我想做金属锌卟啉与铜卟啉分子的基态几何结构优化计算,锌卟啉原子正常计算结束,然后我把中间的 ...

论坛首页的公告栏里明确强调超过500KB的文本文件必须先压缩再上传。超标的附件已经被删掉了

0 2的0就是指中性,毫无问题
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发表于 Post on 2018-12-3 16:41:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xxzj 于 2018-12-4 10:14 编辑
sobereva 发表于 2018-12-3 14:26
论坛首页的公告栏里明确强调超过500KB的文本文件必须先压缩再上传。超标的附件已经被删掉了

0 2的0就 ...

老师,我还有一个问题不明白,铜原子和锌原子都是正二价金属,为什么锌卟啉输入文件中为0,1,而铜卟啉却出现0,2 的情况,我还有一个问题,就是高斯服务器计算时,输入文件中0,2是正确的了,是吗,不一定一定要0,1才是正确的输入文件,我可能混了,希望老师帮助分析一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-3 22:12:36 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2018-12-3 16:41
老师,我还有一个问题不明白,铜原子和锌原子都是正二价金属,为什么锌卟啉输入文件中为0,1,而铜卟啉却 ...

体系总电子数为奇数时自旋多重度只能为偶数,是基本量化常识
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发表于 Post on 2018-12-11 19:06:03 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian算IRC提前结束

我在跑IRC时提前结束,输出文件显示“PES minimum detected within a second-order step.”。在CCL上看到有人说势能面平坦会出现这种情况。
请问,“PES minimum detected within a second-order step.”中的“a second-order step"是什么意思?另外,这是否意味着存在一个中间体,还是说可以加大IRC步长直接迈过去?
谢谢大家!


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发表于 Post on 2018-12-11 19:29:35 | 只看该作者 Only view this author

扫描单体和二聚体的几何结构的Gaussian输入文件怎么做

本帖最后由 比基尼 于 2018-12-11 20:10 编辑

请教一下大神,如何用M06/6-31+G(d)来扫描单体和二聚体的几何结构?可以教教我这个新手吗?谢谢大家。

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发表于 Post on 2018-12-11 19:52:37 | 只看该作者 Only view this author
你这个标题和你的内容有关系吗

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发表于 Post on 2018-12-11 20:09:19 | 只看该作者 Only view this author

你的题目应该是“扫描单体和二聚体的几何结构的Gaussian输入文件怎么做”

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发表于 Post on 2018-12-11 20:11:37 | 只看该作者 Only view this author
muxijiao 发表于 2018-12-11 20:09
你的题目应该是“扫描单体和二聚体的几何结构的Gaussian输入文件怎么做”

谢谢,你会吗?可否教一教我

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