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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-6 19:15:17 | 只看该作者 Only view this author
氢原子 发表于 2019-1-6 18:40
大家好!我先用b3lyp找到了过渡态,然后用b3lyp的过渡态结构换用m6, int=ultrafine  scrf(smd,solvent=tol ...

量化问题别发到“化学”版去

M06不要打成m6

切换计算级别时别同时变多个因素。要么变泛函,要么变溶剂模型设置,俩搅合在一起什么因素导致的根本弄不清楚。先考虑找B3LYP结合SMD的情况的TS,能找到再考虑M06结合TS。气相下有过渡态的到了溶剂环境下没有不是什么新鲜事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-1-6 21:49:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-6 19:15
量化问题别发到“化学”版去

M06不要打成m6

多谢老师。我试了M06无溶剂的情况也没得到过渡态,从B3LYP换到M06会有这么大的影响吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-7 09:27:53 | 只看该作者 Only view this author
氢原子 发表于 2019-1-6 21:49
多谢老师。我试了M06无溶剂的情况也没得到过渡态,从B3LYP换到M06会有这么大的影响吗?

可能会。你如果用B3LYP好好的没必要换M06,并非M06总比B3LYP更合适。
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发表于 Post on 2019-1-8 09:48:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我算一个体系,76个原子主要是C,H,只有一个金属Y;加了隐式溶剂优化,基组用6-311g* 和SDD。算频率算了3,4周还没算出来,这是什么原因呢,有办法解决吗?

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发表于 Post on 2019-1-8 09:54:12 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我想知道,通过高斯优化后的分子,比较其结构哪个更稳定,具体是看输出文件的什么结果呢?原因是什么?

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发表于 Post on 2019-1-8 10:34:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!打扰了,请教您个问题:如果一个反应快的话,他是动力学控制,如果一个反应慢的话,它是热力学控制,这样的说法对吗?如果不对的话,怎样说就对了?

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发表于 Post on 2019-1-8 13:29:29 | 只看该作者 Only view this author
老师eV/Å这个单位用在哪些地方呢?我记得听helpme老师讲测试能量时误差在0.02 eV/Å 以内就可以接受,可是能量单位不是eV 吗?

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发表于 Post on 2019-1-8 15:04:09 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  我b3lyp/genecp(SDD)计算5d金属(W)化合物的单点能,有没有必要用CCSD(T)对其进行单点校正,若需要的话基组该怎么选呢(还是用赝势基组嘛)谢谢老师

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发表于 Post on 2019-1-8 16:58:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师好,我在计算一个钌催化剂的氧化能力时,发现三线态的结构有两种不同的构象,即一个构象的角度O-Ru-O=158,一个构象的O-Ru-O=180,而在单线态中只找到一个构象即O-Ru-O=158,我想分析下为什么会出现这个原因,可以对这个催化剂进行什么分析从而来解释?也可以进一步体现出两者氧化能力的不同呢?
我用的方法和基组是:B3LYP/6-31G*:LANL2DZ(催化剂结构如下图)

图片4.png (951 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 25)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 00:07:19 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2019-1-8 15:04
sob 老师  我b3lyp/genecp(SDD)计算5d金属(W)化合物的单点能,有没有必要用CCSD(T)对其进行单点校正,若 ...

没有“单点校正”一说,只能说用更高级别获得更准确的单点能
基组选择看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 00:07:41 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-1-8 13:29
老师eV/Å这个单位用在哪些地方呢?我记得听helpme老师讲测试能量时误差在0.02 eV/Å 以内就可以接 ...

受力。力=d能量/d坐标
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498746012 发表于 2019-1-8 10:34
sob老师您好!打扰了,请教您个问题:如果一个反应快的话,他是动力学控制,如果一个反应慢的话,它是热力 ...

没法这么说
当影响产率的关键是势垒高低时,是动力学控制,而影响的关键是产物与反应物能量差时,是热力学控制。这根势垒高度、实际反应温度都有关。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 00:10:05 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2019-1-8 09:48
sob老师您好,我算一个体系,76个原子主要是C,H,只有一个金属Y;加了隐式溶剂优化,基组用6-311g* 和SDD ...

从输出文件上自行判断,注意监控计算状态。这种问题没有细节完全没法确切回复
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 00:10:24 | 只看该作者 Only view this author
风起时想你 发表于 2019-1-8 09:54
各位老师,我想知道,通过高斯优化后的分子,比较其结构哪个更稳定,具体是看输出文件的什么结果呢?原因是 ...

关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 00:13:19 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-1-8 16:58
sobereva老师好,我在计算一个钌催化剂的氧化能力时,发现三线态的结构有两种不同的构象,即一个构象的角度 ...

原因没有什么容易想到的理论上的解释,和氧化能力也没什么直接联系
另外,若想确认三重态确实有两种构象并进而做一些讨论,最好先把计算级别提升到像样的水平。诸如配体基组用TZVP,Ru用起码SDD或lanl2TZ(f),也可以考虑其它泛函,特别是更靠谱的双杂化下是否也有此种情况。说不定更靠谱的计算级别下都没有180那个极小点

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