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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-20 21:30:56 | 只看该作者 Only view this author
墨离 发表于 2019-1-20 21:23
谢谢老师!那pw6b95在G09中怎么输入呢?我看有一个这个
# mpwb95/6-31+G(d,p) IOp(3/76=0690003100)我试 ...

没法用。能用这里直接就写了
https://comp.chem.umn.edu/info/DFT.htm#pwb6k

pw6b95没有什么实际意义,凡是此泛函适合的场合,直接用M06-2X就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-1-21 07:01:04 | 只看该作者 Only view this author

出现两个NO,请问应该怎么改?

本帖最后由 liuyjhx 于 2019-1-21 07:35 编辑

优化出现两个NO
  Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000261     0.000450     YES
RMS     Force            0.000049     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.012589     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.002430     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-2.599449D-06
频率出现两个NO
   Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000047     0.000450     YES
RMS     Force            0.000005     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.026499     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.004657     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-6.876596D-06
我是opt和freq一起算的,计算完结构不完整,有的键断裂
#p opt=restart freq=restart ub3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=dichlorome
thane) geom=check guess=check freq这是我的命令,我的基组选的合适吗?麻烦大家帮我看看

out打开断键,但是chk打开键是完整的

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发表于 Post on 2019-1-21 07:08:10 | 只看该作者 Only view this author
out打开断键,但是chk打开键是完整的

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发表于 Post on 2019-1-21 08:19:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-20 21:30
没法用。能用这里直接就写了
https://comp.chem.umn.edu/info/DFT.htm#pwb6k

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2019-1-21 11:52:15 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-21 07:08
out打开断键,但是chk打开键是完整的

it would be helpful for you
http://sobereva.com/278

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发表于 Post on 2019-1-21 14:34:43 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2019-1-21 11:52
it would be helpful for you
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好的,谢谢

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发表于 Post on 2019-1-21 14:42:31 | 只看该作者 Only view this author
老师,你好。我想对I原子用LANL08d基组,但是EMSL网站上给出了如图1的两个基组
如果我使用上面那个的话,他提示Warning!  I  atom   30 has 53 valence electrons but only  20 basis functions. This is less than a minimal basis set!
而我如果使用下面那个,他会提示Centers:      30
I-ECP 3 46
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
I-ECP 3 46
  '
Last state= "NG"
TCursr=      5880 LCursr=         1
Error reading general basis specification.
Error termination via Lnk1e in d:\G09W\l301.exe at Mon Jan 21 14:29:29 2019.
老师,我想问下这个应该怎么使用?
备注:软件高斯09D01,EMSL选择高斯94 方法:M062X

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-21 14:48:09 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-21 07:01
优化出现两个NO
  Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.00 ...

键的问题看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

NO的问题看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html

计算级别没问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-21 14:49:01 | 只看该作者 Only view this author
wfmf1994 发表于 2019-1-21 14:42
老师,你好。我想对I原子用LANL08d基组,但是EMSL网站上给出了如图1的两个基组
如果我使用上面那个的话, ...

格式或者关键词没弄对
仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

那是赝势基组定义和赝势定义,看上文搞清楚基本关系
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发表于 Post on 2019-1-21 15:12:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-21 14:49
格式或者关键词没弄对
仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入

老师,我刚换了下高斯内置的SDD基组,为什么也会提示Warning!  I  atom   30 has 53 valence electrons but only  11 basis functions. This is less than a minimal basis set!

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发表于 Post on 2019-1-21 15:23:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-21 14:48
键的问题看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http://bbs.keinsci.com/thread-9 ...

好的,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-21 16:32:04 | 只看该作者 Only view this author
wfmf1994 发表于 2019-1-21 15:12
老师,我刚换了下高斯内置的SDD基组,为什么也会提示Warning!  I  atom   30 has 53 valence electrons b ...

8成是你输入文件格式不对,诸如根本没有定义SDD赝势,仔细看博文弄清楚格式
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发表于 Post on 2019-1-21 22:38:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 meatball1982 于 2019-1-21 22:51 编辑
sobereva 发表于 2019-1-18 00:22
你的蛋白质结构的质子化状态是对应于水溶液的,计算时候也应当在隐式溶剂模型下计算,否则当前蛋白质倒处 ...

sob老师:
     根据你的意见。我尝试用隐式水模型进行计算。
     参考这个帖子
     http://sobereva.com/42
1.3 隐式溶剂模型对体系性质的影响隐式溶剂模型会改变体系的势能面,因此,和势能面直接相关的,比如单点能

     我用asp(一个电荷)作了尝试。因为在气态和隐式水都能计算。
分别是# B3LYP/6-31G(2d,p) 气态
E(UB3LYP) =  -683.433994789  


# B3LYP/6-31G(2d,p) SCRF(solvent=H2O) 隐式水
E(UB3LYP) =  -683.524767963

# B3LYP/6-31G(2d,p) SCRF(SMD,solvent=H2O) 隐式水,SMD模型。
E(UB3LYP) =  -683.539427394

我想要计算asp的单点能(气态)。
01. 有没有可能通过asp的隐式水模型 计算出asp气态时的单点能。(我看帖子中的内容,理解为(隐式 -气态= 扩散),有没有可能计算 隐式,已知扩散,求出气态)。
02.如果能,不同的隐式水模型的能量也不一样,如何进行选择。
03.如果不能,是不是说对于那些有电荷,在气态中不稳定的构象,只能通过隐式水中的构象的单点能来说明。






  1. %mem=1024MW
  2. %nprocs=12
  3. # B3LYP/6-31G(2d,p) SCRF(SMD,solvent=H2O)

  4. Title Card Required

  5. 1 3
  6. C   18.996  20.136  16.879
  7. H   18.092  20.147  16.270
  8. H   19.810  20.318  16.177
  9. H   19.023  20.972  17.578
  10. C   19.128  18.755  17.499
  11. O   19.474  18.672  18.673
  12. N   18.898  17.696  16.718
  13. H   18.683  17.956  15.768
  14. C   18.989  16.284  17.037
  15. H   18.210  15.750  16.508
  16. C   20.297  15.702  16.514
  17. H   21.096  16.118  17.129
  18. H   20.432  16.019  15.482
  19. C   20.305  14.174  16.453
  20. O   21.381  13.531  16.471
  21. O   19.244  13.530  16.402
  22. C   18.759  15.877  18.485
  23. O   19.514  15.258  19.224
  24. N   17.542  16.180  18.947
  25. H   16.848  16.682  18.409
  26. C   16.991  15.903  20.255
  27. H   17.803  15.883  20.982
  28. H   16.343  16.689  20.642
  29. H   16.470  14.946  20.272

复制代码


最开始的帖子:
sob 好。
   我要计算一个蛋白质的单点能。   我用hf/3-21计算了一下,正常结束。构象应该是没什么问题。

   我用# P B3LYP/6-31G(2d,p)计算,就是L502错误。
  根据sob的帖子,我尝试用conver=6,还是不行,依旧L502,我不想再值再小了,因为帖子中说有可能计算出的能量有可能有问题。
  我尝试 SCF=novaracc guess=INDO int=ultrafine.
  也还是不行。

   因为其它的一些设置,只能用b3lyp/6-31g(2d,p).   不能优化,因为构象不能变化。
   我的问题是,有没有可能其它的设置,在这个基组和方法下,把sp计算完成。时间长一点也行。   请问, 有没有什么思路。
   谢谢大家。

sob老师的回复:你的蛋白质结构的质子化状态是对应于水溶液的,计算时候也应当在隐式溶剂模型下计算,否则当前蛋白质倒处带净电荷,是极度不稳定的。
加了隐式溶剂模型后再考虑别的



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发表于 Post on 2019-1-21 23:42:14 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我现在有个分子,看Mulliken自旋布居分析,有三个α单电子分布在金属中心上。现在想看看这三个电子分别对应的是那一条α分子轨道,想问您一下如何才能找到这个合适的分子轨道?谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-22 00:04:29 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-1-21 23:42
Sob老师好,我现在有个分子,看Mulliken自旋布居分析,有三个α单电子分布在金属中心上。现在想看看这三个 ...

如果你是用非限制性开壳层(U)计算的,那么原理上来说所有分子轨道的分布都会影响自旋布居,因此没法说对应哪个轨道。如果是RO计算的,则直接看单占据轨道就行了。

如果你是用U计算的,而且又想直接说明单电子对应哪些轨道,用Multiwfn做双正交化极其适合,看
用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用
http://sobereva.com/448http://bbs.keinsci.com/thread-11377-1-1.html
但双正交化之后的轨道和MO就不是一码事了,讨论时注意区分
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