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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-17 18:20:24 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-1-17 16:57
各位,气相反应和液相反应中,比较反应速率都是看过渡态和中间体之间的能垒大小吗?我看有些文献中关于气相 ...

你的描述不清楚
这和溶液还是气相环境无关
对于使用过渡态理论考察反应速率时,基元过程都是通过TS和相连的反应物极小点的自由能差(即这个基元反应的自由能垒)判断,对于整个过程而言都是通过决速步自由能垒判断
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-17 18:21:31 | 只看该作者 Only view this author
sccc 发表于 2019-1-17 09:32
谢谢老师的回复!十分感谢!还想请教您,您说的“一般能垒用过渡态的自由能减去反应物/产物的自由能”的 ...

正向(逆向)速率就用过渡态自由能减去反应物(产物)自由能
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发表于 Post on 2019-1-17 19:50:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 meatball1982 于 2019-1-17 19:51 编辑

sob 好。
   我要计算一个蛋白质的单点能。   我用hf/3-21计算了一下,正常结束。构象应该是没什么问题。

   我用# P B3LYP/6-31G(2d,p)计算,就是L502错误。
  根据sob的帖子,我尝试用conver=6,还是不行,依旧L502,我不想再值再小了,因为帖子中说有可能计算出的能量有可能有问题。
  我尝试 SCF=novaracc guess=INDO int=ultrafine.
  也还是不行。

   因为其它的一些设置,只能用b3lyp/6-31g(2d,p).   不能优化,因为构象不能变化。
   我的问题是,有没有可能其它的设置,在这个基组和方法下,把sp计算完成。时间长一点也行。   请问, 有没有什么思路。
   谢谢大家。






gau_IDP_b3lyp_017.log

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a.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-18 00:22:11 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2019-1-17 19:50
sob 好。
   我要计算一个蛋白质的单点能。   我用hf/3-21计算了一下,正常结束。构象应该是没什么问题。
...

你的蛋白质结构的质子化状态是对应于水溶液的,计算时候也应当在隐式溶剂模型下计算,否则当前蛋白质倒处带净电荷,是极度不稳定的。
加了隐式溶剂模型后再考虑别的
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发表于 Post on 2019-1-18 09:18:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-17 18:21
正向(逆向)速率就用过渡态自由能减去反应物(产物)自由能

知道了!谢谢老师回复!

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发表于 Post on 2019-1-18 09:19:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-18 00:22
你的蛋白质结构的质子化状态是对应于水溶液的,计算时候也应当在隐式溶剂模型下计算,否则当前蛋白质倒处 ...

谢谢sob 老师,我尝试一下先。

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发表于 Post on 2019-1-18 09:38:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-17 18:18
没有虚频只是所谓的最优结构的必要条件
实际体系往往有很多极小点,自由能最低的才称得上是所谓的“最优 ...

看了您发的这个帖子,多半看不懂,在用molclus程序进行搜索之前,还要会使用GROMACS,但是我连Gaussian用的都不熟,这对于我这刚入门的很难,有种有力无处使的感觉。

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发表于 Post on 2019-1-18 10:18:31 | 只看该作者 Only view this author
老师,学生刚做量化不久,在做结构优化的时候,输出文件显示正常结束,但是把它拖到GaussView里面的时候有一个警告,在高斯报错时的注意事项帖子里没有发现有关这个问题,想知道以后再出现该如何避免,还有对计算结果有没有影响,谢谢老师。

微信截图_20190118100807.png (17.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-18 14:04:55 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2019-1-18 10:18
老师,学生刚做量化不久,在做结构优化的时候,输出文件显示正常结束,但是把它拖到GaussView里面的时候有 ...

不用管
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-18 14:05:21 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2019-1-18 09:38
看了您发的这个帖子,多半看不懂,在用molclus程序进行搜索之前,还要会使用GROMACS,但是我连Gaussian用 ...

帖子里哪说molclus只能结合GROMACS用了??????哪里说必须会用GROMACS了???molclus里的gentor和genmer白开发了?文章写得没法更明白了,怎么会多半看不懂?才花了几分钟看的?molclus的使用简直容易到没法更容易。

我倒要问问,文中的这些话哪里看不懂?
“molclus所干的事就是,基于第三方分子动力学程序或者基于molclus自带的gentor/genmer组件产生的初始结构,调用量子化学程序或分子力学程序进行依次优化,然后对结果进行筛选,从而最终得到能量最低结构和能量较低的一批结构。”
...
如果你不打算利用分子动力学程序产生初始结构,那么可以把本文的动力学部分忽略掉而着重看其它部分,然后再看以下两篇文章的例子:《gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》(http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html)、《genmer:生成团簇初始构型的超便捷工具》(http://sobereva.com/312)。”
...
“千万别忘了molclus本身并没有局限于只能用动力学程序产生初始构型/构象,还可以用molclus自带的gentor、genmer组件或者其它别的什么方式产生traj.xyz”



PS:端正搞科研的心态。继续现在这种搞科研的态度,什么也做不出来,只能坐等毕业延期



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发表于 Post on 2019-1-19 19:00:23 | 只看该作者 Only view this author

mpw1b95,pwpb95,pw6b95

请教一下mpw1b95,pwpb95,pw6b95这几种方法Gassian9的输入文件应该是什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-19 19:51:04 | 只看该作者 Only view this author
墨离 发表于 2019-1-19 19:00
请教一下mpw1b95,pwpb95,pw6b95这几种方法Gassian9的输入文件应该是什么?

pw6b95在G16里直接输入
PWPB95在G09/G16里都不支持,也没法靠自定义实现
mPW1B95是垃圾泛函,毫无考虑价值
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发表于 Post on 2019-1-20 09:51:10 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师在“浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法”一文中提及根据分布概率计算自由能的公式在哪里可以找到,G(x)=-kT*Ln(P(x))+常数。 是否有相关文献可以参考。谢谢sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-20 15:18:22 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2019-1-20 09:51
请问sob老师在“浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法”一文中提及根据分布概率计 ...

具体忘了。J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13814-13821里有类似的式子,举一反三就知道文中的式子为什么是对的
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发表于 Post on 2019-1-20 21:23:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-19 19:51
pw6b95在G16里直接输入
PWPB95在G09/G16里都不支持,也没法靠自定义实现
mPW1B95是垃圾泛函,毫无考虑 ...

谢谢老师!那pw6b95在G09中怎么输入呢?我看有一个这个
# mpwb95/6-31+G(d,p) IOp(3/76=0690003100)我试了一下也是不对的

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