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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-11 19:26:08 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-1-11 17:29
sob老师您好!做化学反应的BOMD轨迹计算,这样的计算结果能够分析出什么信息,是化学反应的位垒吗?BOMD可 ...

计算势垒不用BOMD。主要研究静态研究体现不出来的动态效果
100左右原子勉强能算,看机子和模拟的时间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-11 19:28:21 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-11 17:20
Rot=    1.000000   -0.000053    0.000077    0.000082 Ang=  -0.01 deg.
Initial guess = 0.00 ...

Gaussian文件不完整,卸了重装
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-11 19:29:02 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-1-10 23:59
请问老师,def2基组加弥散ma-def2网站上元素不全,请问如何找到大多数元素ma-def2系列的基组?

手动在def2基础上编辑添加弥散函数,非常简单
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-11 19:30:31 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-11 11:33
还有一个问题含有Fe的有机配合物应该选用什么基组优化和计算频率效果好一些呢?

仔细看此文开头关于问这类问题都需要提供什么信息
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

另看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-11 19:31:08 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-1-11 16:29
老师,想建如图的结构,使用了chem3D,由于结构比较大,一进去就死机,简化了结构,将N换成C,删掉CH3
小 ...

尝试用openbabel产生
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-11 19:31:55 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-11 11:07
老师,我用高基组优化好的结构重新选低基组的继续优化每次都出错,为什么呀?是不是只能低基组换高基组的 ...

没有为什么,纯粹因为缺乏基础量化知识造成的这种误解
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发表于 Post on 2019-1-11 22:29:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-11 19:30
仔细看此文开头关于问这类问题都需要提供什么信息
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336 ...

谢谢

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发表于 Post on 2019-1-12 08:55:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-11 19:26
计算势垒不用BOMD。主要研究静态研究体现不出来的动态效果
100左右原子勉强能算,看机子和模拟的时间

谢谢老师您百忙之中的回复。老师还想问一下文献中提到如下的计算Quasiclassical trajectories were initialized at the concerted saddle points by TS normal mode sampling, with a customized version of the Venus dynamics program. The importance of the TS distribution (coordinates and momenta) in determining the products is well recognized . In trajectory calculations of organic reactions, the momentum distribution of the TS has a critical effect on product selectivity, as Carpenter was the first to point out 。老师这里的Quasiclassical trajectories和BOMD是一回事吗,好像Quasiclassical trajectories只能算到十几二十几个原子的体系?Quasiclassical trajectories只有Venus dynamics program这个软件可以算,其他软件不行吗?

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发表于 Post on 2019-1-12 12:15:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2019-1-12 19:50 编辑

老师,跑irc跑完发现有两个峰,不知道如何解释。如果认为是一个过渡态,但是有两个峰,如果有两个过渡态,但是跑完右边过渡态后,寻找local minimum的时候又出现左边的峰。

1111.jpg (61.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

irc

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2222.jpg (62.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

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发表于 Post on 2019-1-12 17:41:25 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,对于一个阴离子的较大的体系(约100个第二周期原子),单点计算要加弥散函数,请问几何优化是否也有必要加弥散函数?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-12 22:09:14 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-1-12 17:41
请问老师,对于一个阴离子的较大的体系(约100个第二周期原子),单点计算要加弥散函数,请问几何优化是否 ...

不是非加不可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-12 22:10:13 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-1-12 12:15
老师,跑irc跑完发现有两个峰,不知道如何解释。如果认为是一个过渡态,但是有两个峰,如果有两个过渡态, ...

左边的肩峰没有对应的极大点,结果正常,很多IRC曲线都长这样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-12 22:13:19 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-1-12 08:55
谢谢老师您百忙之中的回复。老师还想问一下文献中提到如下的计算Quasiclassical trajectories were initi ...

用Gaussian就可以实现。Quasiclassical trajectories只不过是做BOMD之类AIMD的时候将核的初始动能按照量子力学原理和Maxwell分布方式根据所设温度确定而已
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发表于 Post on 2019-1-13 11:30:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问对于反应的某一步来说,基于电子能或298.15K下的Gibbs自由能算出来的energy barrier, 与阿雷尼乌斯定律拟合出来的反应活化能会有非常大的差别吗?比如电子能垒1.5 eV, 用阿雷尼乌斯定律拟合出来的活化能却只有0.1eV, 这可能吗?

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发表于 Post on 2019-1-13 14:14:28 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我计算的反应路径中包括一步酯的水解,参看这个论文想请问一下论文中的过渡态是自己调结构计算得出的吧,需要加什么另外的关键词吗?我一直用的 opt=(calcfc,ts,noeigen) freq ,总是得不出想要的结构。

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论文中酯成环水解图

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