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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-1-15 21:32:06 | 只看该作者 Only view this author
老师。今天在看文献的时候,发现有人用分子氧作为氧化剂,请问氧气和分子氧有什么区别?我查了以后,网上说法不一,A:分子氧就是氧气,只是在区分晶格氧的时候使用。B:使用者多为上岁数的老人,由于要毕业答辩,所以争取搞明白点,还希望老师指导

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-16 05:11:11 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-1-15 21:32
老师。今天在看文献的时候,发现有人用分子氧作为氧化剂,请问氧气和分子氧有什么区别?我查了以后,网上说 ...

在我看来没有区别
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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8283#
发表于 Post on 2019-1-16 09:11:10 | 只看该作者 Only view this author
老师,opt或过渡态搜索时,如果出现100cm-1以下的虚频是否可以忽略?

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8284#
发表于 Post on 2019-1-16 14:11:47 | 只看该作者 Only view this author
suifeng 发表于 2017-3-13 14:09
谢谢Sob老师的解答,如果是用E来衡量,读取的是那个能量呢

这个就是优化以后得到的总能量吗?可以代替自由能来这样讨论吗?最近一直在纠结这个问题

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8285#
发表于 Post on 2019-1-16 18:15:08 | 只看该作者 Only view this author
请问,GFN2XTB和XTB6.0是什么关系?
今天发现电脑上的GFN2XTB显示code expired,但是XTB6.0还可以使用,所以想请问,比如用两个程序对同一构象计算单点能,结果是一致的么?
谢谢

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8286#
发表于 Post on 2019-1-16 19:25:56 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!有个问题想请教您:我想利用高斯计算一个反应的能垒(energy barrier),找到了过渡态并用IRC检验了反应路径。想请教老师,能垒是利用输出文件中的“Sum of electronic and thermal Free Energies”即自由能,计算出的吗?!就是用过渡态的自由能减去反应物的自由能。
在论坛中搜索了好多帖子,感觉是这样计算的,但又不确定,所以发帖请教。
还有一个问题,我在重复文献中的计算,在计算结合能的时候与文献中的结果有12 KJ/mol 的差异,但几何结构就文献给出的数据基本一致(与文中的结果在相同有效数字时一样),此时能量上的差异是否是可以接受的呢?!
我本科不是化学专业的学生,研究生改行做计算,所以提的问题很低级且基础,但也希望老师能不吝赐教!十分感激!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-16 23:21:58 | 只看该作者 Only view this author
happyknighthawk 发表于 2019-1-16 18:15
请问,GFN2XTB和XTB6.0是什么关系?
今天发现电脑上的GFN2XTB显示code expired,但是XTB6.0还可以使用,所 ...

GFN2-xTB是理论,xtb是程序
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-16 23:22:13 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-1-16 09:11
老师,opt或过渡态搜索时,如果出现100cm-1以下的虚频是否可以忽略?

不能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-16 23:22:50 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-16 14:11
这个就是优化以后得到的总能量吗?可以代替自由能来这样讨论吗?最近一直在纠结这个问题

原理上不能代替自由能
仅当懒得做振动分析时才能近似代替自由能说事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-16 23:24:16 | 只看该作者 Only view this author
sccc 发表于 2019-1-16 19:25
老师您好!有个问题想请教您:我想利用高斯计算一个反应的能垒(energy barrier),找到了过渡态并用IRC检验 ...

那个是最糙的计算自由能的方式,怎么恰当计算看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

一般能垒用过渡态的自由能减去反应物/产物的自由能

不能认为相同,也不意味着文献里一定合理,看计算级别合理性。很多文章里计算级别根本不合理,或者已经过时了
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发表于 Post on 2019-1-17 00:12:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-16 23:21
GFN2-xTB是理论,xtb是程序

谢谢Sob老师,我明白了

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发表于 Post on 2019-1-17 09:32:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-16 23:24
那个是最糙的计算自由能的方式,怎么恰当计算看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http ...

谢谢老师的回复!十分感谢!还想请教您,您说的“一般能垒用过渡态的自由能减去反应物/产物的自由能”的意思是计算之后哪个能量差大,能垒就取哪个,还是说区别正逆反应时加以区别,即正反应的能垒为过渡态-反应物?!

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发表于 Post on 2019-1-17 16:02:57 | 只看该作者 Only view this author
如何判断用Gaussian进行结构优化的分子是不是最优结构,看文献上是说通过频率计算确定的,这说的太简单了,不知道这么判断。看帖子说是先设置一系列初始结构,然后进行构型优化+频率计算,最后能量+频率计算判断最优结构,看有没有虚频。我刚接触量化计算,很多不懂。那么,有哪位老师能够详细讲解一下,如何判断,具体的流程是怎样,看输出结果的哪些,能结合例子说明就更好了,感谢感谢!

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8294#
发表于 Post on 2019-1-17 16:57:58 | 只看该作者 Only view this author
各位,气相反应和液相反应中,比较反应速率都是看过渡态和中间体之间的能垒大小吗?我看有些文献中关于气相的反应是用所有中间体和过渡态的能量减去单个反应物能量的和(以单个反应物能量的和为零点),然后看过渡态和零点之间的差值。液相反应比较的就是过渡态和中间体之间的能垒差值大小,而不是和前面描述的零点比较。不知道,是不是这样?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-17 18:18:28 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2019-1-17 16:02
如何判断用Gaussian进行结构优化的分子是不是最优结构,看文献上是说通过频率计算确定的,这说的太简单了, ...

没有虚频只是所谓的最优结构的必要条件
实际体系往往有很多极小点,自由能最低的才称得上是所谓的“最优结构”
这种情况需要做构型/构象搜索,参考
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
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