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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-1-14 09:50:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2019-1-14 10:04 编辑
sobereva 发表于 2019-1-12 22:13
用Gaussian就可以实现。Quasiclassical trajectories只不过是做BOMD之类AIMD的时候将核的初始动能按照量 ...

谢谢sob老师,您辛苦了.请问老师,哪里可以找到Quasiclassical trajectories的高斯输入文件呀?是说明书上的这个文件吗?如果要算100条轨线要加什么关键词呀?# HF/3-21G BOMD(Phase=(1,3),RTemp=300,NSample=1,ReadStop) Geom=Crowd HF/3-21G dissociation of H2CO --> H2 + CO 0 1CO 1 r1H 1 r2 2 aH 1 r3 3 b 2 180. r1 1.15275608r2 1.74415774r3 1.09413376a 114.81897892b 49.08562961 11 1 2 213.0 11.0 1.3 2.5 0.0000005 1 1 3 12.81 5.145C O -112.09329898 1.12895435 0.49458169 2.24078955H H -1.12295984 0.73482237 0.19500473 1.94603924

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-14 12:20:07 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-1-14 09:50
谢谢sob老师,您辛苦了.请问老师,哪里可以找到Quasiclassical trajectories的高斯输入文件呀?是说明书 ...

没有现成输入文件,恰当根据基本原理手动设置初速度
有什么关键词能用仔细看一遍手册便知。不清楚的用个简单体系结合非常便宜的半经验测试几次就懂了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-14 12:20:50 | 只看该作者 Only view this author
teao 发表于 2019-1-13 14:14
老师们好,我计算的反应路径中包括一步酯的水解,参看这个论文想请问一下论文中的过渡态是自己调结构计算得 ...

是。用你的关键词没问题,出不来要么是初猜结构不合适,要么是计算级别不理想,或者体系模型不能恰当反应实际情况

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teao + 2 谢谢老师,我多尝试一下

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发表于 Post on 2019-1-14 12:58:24 | 只看该作者 Only view this author

计算频率link died

Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle     9 -    27 -    20
Tors failed for dihedral     5 -     9 -    27 -    20
Tors failed for dihedral     7 -     9 -    27 -    20
Tors failed for dihedral    19 -     9 -    27 -    20
Tors failed for dihedral    21 -    20 -    27 -     9
Tors failed for dihedral    22 -    20 -    27 -     9
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in E:\G09W\l103.exe at Sun Jan 13 02:42:05 2019.
Job cpu time:       0 days 16 hours 15 minutes 55.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    230 Int=      0 D2E=      0 Chk=     16 Scr=      1
麻烦大家帮我看看,我在计算中间体的频率,出现这样的错误,目前link died,我应该怎么修改让继续算起来?



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发表于 Post on 2019-1-14 14:23:55 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈,都来到这个论坛了,自己搜索一下就有答案了。看《Gaussian FAQ;新手求助报错时的注意事项》http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2019-1-14 15:52:02 | 只看该作者 Only view this author
opt=Cartesian
eureka

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发表于 Post on 2019-1-14 16:14:02 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2019-1-14 14:23
老生常谈,都来到这个论坛了,自己搜索一下就有答案了。看《Gaussian FAQ;新手求助报错时的注意事项》http ...

谢谢

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发表于 Post on 2019-1-14 16:29:38 | 只看该作者 Only view this author

谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-14 16:50:39 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-1-13 11:30
老师,请问对于反应的某一步来说,基于电子能或298.15K下的Gibbs自由能算出来的energy barrier, 与阿雷尼乌 ...

如果是双参数阿仑尼乌斯公式拟合的,应该不至于偏差这么大,毕竟其函数形式和TST是很相似的
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发表于 Post on 2019-1-14 16:57:57 | 只看该作者 Only view this author

是不是把
opt=Cartesian
写入计算中断的gif文件,继续拉入高斯算啊?但是我发现不对啊,好像又重新开始计算了,没有接着中断点算啊,
这是我写的您看对不对?
%chk=E:\T1HOF12.chk
# opt freq ub3lyp/6-311g(d,p) scrf=(solvent=dichloromethane)
geom=connectivity
#opt=Cartesian

Title Card Required

0 2
C                  1.39841900    2.04466000   -0.64117800
H                  2.21264800    2.38255700   -1.26504700
C                  1.40202100    1.99129400    0.78431000
H                  2.21916300    2.28004800    1.42819600
C                  0.15231600    1.44951300    1.20886500
H                 -0.14351500    1.25920400    2.22943100
C                  0.14601300    1.53601600   -1.09794700
H                 -0.15285900    1.41924000   -2.12907000
C                 -0.62386300    1.16719600    0.04548700
C                  0.91349300   -1.79341400   -0.82115000
H                  0.11991000   -2.06908200   -1.49927600
C                  2.17958400   -1.24823000   -1.18964400
H                  2.51266300   -1.04195000   -2.19596000
C                  2.91202300   -0.98614800    0.00683200
C                  0.86357100   -1.86863800    0.60223600
H                  0.02549800   -2.21247400    1.18924700
C                  2.09873400   -1.37130100    1.11335500
H                  2.35864100   -1.27186100    2.15648500
Fe                 1.14477500    0.09265400    0.00009100
C                 -4.29692000   -0.48181300   -0.01022700
O                 -4.53049100   -1.61780900    0.21804200
C                 -5.24483200    0.67747300   -0.17867200
H                 -5.13735800    1.05626100   -1.19743000
H                 -4.94689800    1.47964000    0.49858000
H                 -6.27840500    0.37320300    0.00958700
H                  3.89624800   -0.54574300    0.06439800
H                 -1.60931300    0.72478100    0.03053900

1 2 1.0 3 1.5 7 1.5
2
3 4 1.0 5 1.5
4
5 6 1.0 9 1.5
6
7 8 1.0 9 1.5
8
9 27 1.0
10 11 1.0 12 1.5 15 1.5
11
12 13 1.0 14 1.5
13
14 17 1.5 26 1.0
15 16 1.0 17 1.5
16
17 18 1.0
18
19
20 21 2.0 22 1.0
21
22 23 1.0 24 1.0 25 1.0
23
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发表于 Post on 2019-1-15 08:57:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-14 12:20
没有现成输入文件,恰当根据基本原理手动设置初速度
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谢谢sob老师,您辛苦了

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发表于 Post on 2019-1-15 11:08:55 | 只看该作者 Only view this author

请问计算有机反应的吉布斯自由能的操作思路是什么


如图。我要计算硝基苯和氟化钾反应,得到氟取代的苯,以判断该反应能否发生,请问应该如何操作?

TIM图片20190115110508.png (15.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

TIM图片20190115110508.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-15 11:44:47 | 只看该作者 Only view this author
看着雪发呆 发表于 2019-1-15 11:08
如图。我要计算硝基苯和氟化钾反应,得到氟取代的苯,以判断该反应能否发生,请问应该如何操作?

提问中不要夹杂和提问无关的信息
两张图片都一样,应当重新编辑帖子避免阅读者理解困难

怎么算自由能这里说得很清楚
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

计算前先把式子两边配平,计算产物和反应物自由能可以通过热力学角度论证反应的可行性,但计算势垒才能进一步从动力学过程论证可行性。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-15 11:49:35 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-1-14 16:57
是不是把
opt=Cartesian
写入计算中断的gif文件,继续拉入高斯算啊?但是我发现不对啊,好像又重新开始 ...

你没写restart当然是从当前输入文件里的坐标开始算
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发表于 Post on 2019-1-15 12:19:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-15 11:49
你没写restart当然是从当前输入文件里的坐标开始算

好的谢谢老师这么耐心的回答

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