计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

61

帖子

0

威望

298

eV
积分
359

Level 3 能力者

8911#
发表于 Post on 2019-5-9 17:30:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-9 12:12
用Multiwfn做LOBA计算
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362(http://bbs.kein ...

谢谢sob老师回答,这篇文章之前已经仔细阅读过,除了这个方法还有什么有效的方法吗?再次感谢

14

帖子

0

威望

237

eV
积分
251

Level 3 能力者

8912#
发表于 Post on 2019-5-9 21:26:33 | 只看该作者 Only view this author
【关于积分格点精度统一的问题】
老师们好!我用Gaussian对不同位点羟基自由基夺氢进行了计算【M062X/6-31+g(d)】,其中有一个反应物优化结果存在虚频,采用关键词opt=Vtight无果,参照sob老师的博文提高了积分格点精度到int=superfine消除了虚频,之后这个位点的计算都添加了int=superfine从新计算
我想问的是:如果要进行不同位点之间比较的话,之前没有虚频的位点是否也要加int=superfine之后才有比较的价值?
谢谢老师~

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8913#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-10 10:50:25 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-5-9 17:30
谢谢sob老师回答,这篇文章之前已经仔细阅读过,除了这个方法还有什么有效的方法吗?再次感谢

没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8914#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-10 10:57:50 | 只看该作者 Only view this author
teao 发表于 2019-5-9 21:26
【关于积分格点精度统一的问题】
老师们好!我用Gaussian对不同位点羟基自由基夺氢进行了计算【M062X/6-31 ...

看具体比较什么
如果不同位点的情况比较能量,至少算能量时候必须把积分格点统一。优化时候是否统一无所谓

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
teao + 2 明白了,谢谢老师

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

106

帖子

0

威望

3569

eV
积分
3675

Level 5 (御坂)

被催的人

8915#
发表于 Post on 2019-5-11 11:13:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wth1219 于 2019-5-11 11:19 编辑

老师您好!有一个关于CP2K中DFT-D3校正的R_CUTOFF(Range of potential. The cutoff will be 2 times this value.)取值的问题想在这里咨询一下。考虑到这可能属于DFT-D3校正的基础问题、而您已经发布了大量关于vdW校正的专题贴,觉得发在这里应该会好一些,如有不妥尚祈见谅!
CP2K中关于该参数的说明如上括号中所示,学生有些疑惑为什么这个值无需小于模拟盒子边长的一半(CP2K官网上提供的算例中,边长12 A左右的盒子,R_CUTOFF值取到了16 A。)。
学生关注此问题是因为计算PMF需要进行校正、采用足够远处(r_max)的能量等于库仑力势kq1q2/r_max的形式,如果vdW校正涉及到此区域(即R_CUTOFF>r_max),会不会影响PMF校正的准确性?谢谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8916#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-11 11:40:55 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2019-5-11 11:13
老师您好!有一个关于CP2K中DFT-D3校正的R_CUTOFF(Range of potential. The cutoff will be 2 times this  ...

原理上,范德华作用的计算和静电部分是独立的,原则上D3校正考虑的距离范围应当小于盒子最短边长的两倍,但从实际上看倒也无所谓。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

106

帖子

0

威望

3569

eV
积分
3675

Level 5 (御坂)

被催的人

8917#
发表于 Post on 2019-5-11 11:44:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-11 11:40
原理上,范德华作用的计算和静电部分是独立的,原则上D3校正考虑的距离范围应当小于盒子最短边长的两倍, ...

呃呃、老师,是“原则上D3校正考虑的距离范围应当小于盒子最短边长的两倍”还是一半?另外下面关于PMF校正的问题呢?谢谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8918#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-11 11:57:05 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2019-5-11 11:44
呃呃、老师,是“原则上D3校正考虑的距离范围应当小于盒子最短边长的两倍”还是一半?另外下面关于PMF校 ...

一半。刚才笔误
不清楚。应当不会
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

106

帖子

0

威望

3569

eV
积分
3675

Level 5 (御坂)

被催的人

8919#
发表于 Post on 2019-5-11 12:00:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-11 11:57
一半。刚才笔误
不清楚。应当不会

收到,谢谢老师!

559

帖子

0

威望

6212

eV
积分
6771

Level 6 (一方通行)

8920#
发表于 Post on 2019-5-11 12:16:03 | 只看该作者 Only view this author
请问老师关于做IRC的问题,(1)做完TS找过渡态后做IRC时可不可以用TS计算的Hessian?(2)如果可以,是不是先将TS.chk另存为成IRC.chk,在IRC输入文件中写  #p Geom=chk IRC(readfc,maxpoints=100,stepsize=5) pm6?(3)这样做与输入文件写IRC=calcfc的结果有区别吗?

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

8921#
发表于 Post on 2019-5-11 20:00:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2019-5-11 21:23 编辑

老师,催化剂活化C-H键,催化剂的homo和底物的lumo相互作用时,是不是只有homo轨道能量升高,lumo轨道能量降低,相互作用才会加强?只有homo升高了,但是活性加上了,能否用该理论解释。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8922#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-12 10:08:46 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-5-11 20:00
老师,催化剂活化C-H键,催化剂的homo和底物的lumo相互作用时,是不是只有homo轨道能量升高,lumo轨道能量 ...

我如今对轨道角度讨论这种问题没有丝毫兴趣
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8923#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-12 10:11:31 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-5-11 12:16
请问老师关于做IRC的问题,(1)做完TS找过渡态后做IRC时可不可以用TS计算的Hessian?(2)如果可以,是不 ...

不可以,除非你计算TS的时候用的是calcall,否则最后的Hessian不是TS结构下精确的Hessian
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

113

帖子

0

威望

271

eV
积分
384

Level 3 能力者

8924#
发表于 Post on 2019-5-12 11:32:36 | 只看该作者 Only view this author
老师,gaussian能不能给出分子的term symber 和electronic configuration,例如1σ22σ21π41π4,1Σ+

2.JPG (122.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 67)

2.JPG

1.jpg (47.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 86)

1.jpg

559

帖子

0

威望

6212

eV
积分
6771

Level 6 (一方通行)

8925#
发表于 Post on 2019-5-12 12:10:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-12 10:11
不可以,除非你计算TS的时候用的是calcall,否则最后的Hessian不是TS结构下精确的Hessian

谢谢老师,如果在做TS时关键词为 opt(TS,calcfc,noeigen) freq,有这个freq关键词也不行吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 07:37 , Processed in 0.286931 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list