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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-4 12:42:41 | 只看该作者 Only view this author
流年狭路相逢 发表于 2019-5-4 10:55
老师您好,想问一下在计算TS中为什么会出现输出文件在GuassView打不开的情况呢?在文本文档里显示都收敛了 ...

如果用的gview 5,换成gview6
如果你拿g16跑的,用gview5也可能解析失败
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-4 12:43:52 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-5-4 08:45
老师,右边这种变形电荷密度差图能不能在origin 中绘图呢?用MUltiwfn绘的图用来写作,和origin的图比较, ...

完全没有必要在origin里绘制
如果你嫌Multiwfn默认给出的png格式的曲线不够光滑,把输出格式改成wmf、svg、pdf这些矢量格式就完了
origni里顶多能基于Multiwfn导出的平面数据画等值线图,不可能自动画出原子间连线,除非你手动去连

PS:这属于波函数分析与Multiwfn相关问题,之后此类问题请在本帖1L提到的地方提问
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发表于 Post on 2019-5-4 15:52:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-4 12:43
完全没有必要在origin里绘制
如果你嫌Multiwfn默认给出的png格式的曲线不够光滑,把输出格式改成wmf、sv ...

谢谢老师的回复。以后会注意帖子分类的。

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发表于 Post on 2019-5-4 16:34:29 | 只看该作者 Only view this author

那含有重原子的体系也可以用B3LYP/6-31+G*计算NICS是吗?可不可以使用诸如def2基组之类的含赝势的基组呢?
贫困U 退学与疯子工程学院

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-4 17:22:23 | 只看该作者 Only view this author
wxhwbh 发表于 2019-5-4 16:34
那含有重原子的体系也可以用B3LYP/6-31+G*计算NICS是吗?可不可以使用诸如def2基组之类的含赝势的基组呢 ...

只要6-31+G*对这个元素有定义就行
def2完全可以
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发表于 Post on 2019-5-4 18:22:37 | 只看该作者 Only view this author
看了sob老师的三篇博文
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组 http://sobereva.com/387
这篇博文没有明确的说激发态优化和振动,

我计算的体系是纯有机小分子(40个原子以内,不含重原子),我们是否在可以激发态优化和振动计算过程中的先用小基组,然后用大基组的计算荧光、磷光发射能?

请sob 老师给予指导下,看看下面的荧光磷光发射能计算过程是否合理,谢谢!

一、计算荧光发射能过程
(1)优化S1
# td opt b3lpy 6-31g(d)
0 1
(2)利用(1)优化的结构检查是否有虚频
# td freq b3lpy 6-31g(d)
0 1
(3)如果上述(2)无虚频,则进一步利用(1)优化的结构提升基组算单点得荧光发射能
# td b3lpy def2tzvp
0 1


二、计算磷光发射能过程
(1)优化T1
# td opt b3lpy 6-31g(d)
0 3
(2)利用(1)优化的结构检查是否有虚频
# td freq b3lpy 6-31g(d)
0 3
(3)如果(2)无虚频,则进一步利用(1)优化的结构提升基组算单点得到磷光发射能。
# td(triplet) b3lpy def2tzvp
0 1

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发表于 Post on 2019-5-4 22:05:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-4 12:42
如果用的gview 5,换成gview6
如果你拿g16跑的,用gview5也可能解析失败

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-5 06:47:59 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2019-5-4 18:22
看了sob老师的三篇博文
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组 http://sobereva.com/387
这篇博文没有 ...

激发态opt freq小基组,算能量(包括激发能)用大基组,是非常正常的操作

是B3LYP不是b3lpy

优化T1的做法明显不对,仔细看此文3.5节
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2019-5-5 09:29:11 | 只看该作者 Only view this author

linux系统使用gaussian

大家好:    我现在想在linux系统下使用gaussian09,之前没有任何linux系统相关背景,也没使用过shell,想请教一下,如果我想尽快入门(不希望盲目学系统和脚本教程),目的仅是能够用gaussian进行计算,那有没有合适的教程可以推荐,sober老师帖子里常见的脚本与命令对于gaussian计算来说够用么?谢谢大家!

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发表于 Post on 2019-5-5 09:39:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-5 06:47
激发态opt freq小基组,算能量(包括激发能)用大基组,是非常正常的操作

是B3LYP不是b3lpy

非常感谢sob老师指导!

上述错误的更正如下:
(1)优化T1
# opt B3LYP 6-31G(d)
0 3
(2)检查(1)是否有虚频
# freq B3LYP 6-31G(d)
0 3
(3)如果(2)无虚频,则利用(1)优化的结构提升基组算单点得到磷光发射能。
# TD(triplet) B3LYP def2tzvp
0 1

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发表于 Post on 2019-5-5 09:58:31 | 只看该作者 Only view this author
老师 你好
我在dalton论坛中看到一个您发的帖子(http://forum.daltonprogram.org/viewtopic.php?t=935),我看到在mol文件中,您对金属Ir用了ANO-DK3基组,我不明白的是,在这个基组后面跟的数字6 4 3 1 是什么意思?请问如果算Ru,应该跟什么呢?

55.png (18.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

55.png

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truffle

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发表于 Post on 2019-5-5 10:00:02 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
我是看了Sob老师的博文就用起来了
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-5 11:45:42 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2019-5-5 09:29
大家好:    我现在想在linux系统下使用gaussian09,之前没有任何linux系统相关背景,也没使用过shell,想请 ...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

安装Gaussian,只看这一个足够。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-5 11:46:24 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2019-5-5 09:58
老师 你好
我在dalton论坛中看到一个您发的帖子(http://forum.daltonprogram.org/viewtopic.php?t=935) ...

对应收缩方式。这个对应6s 4p 3d 1f
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-5 11:48:29 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2019-5-5 09:39
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