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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-5-14 09:24:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 03:29
counterpoise哪有原子链接的事?这只看坐标。连接关系根本不影响结果

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-5-14 16:12:58 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,请问Mos的能量排布不对怎么办

QQ截图20190514161332.jpg (22.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

QQ截图20190514161332.jpg

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发表于 Post on 2019-5-14 17:18:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 03:34
1 “CCSD(T)/cc-pVQZ是外推得到的能量”意义不明。没法通过外推恰好得到准确的CCSD(T)/cc-pVQZ能量
2 貌 ...

请问Sob老师,1、可以根据CCSD(T)/cc-pVTZ和借助MP2近似计算得到CCSD(T)/cc-pVQZ的能量,再根据讲义上“基组外推”的表格得到近似的CCSD(T)/CBS的能量吗?怎样得到近似的CCSD(T)/CBS的能量呢?
2、根据上面这种方法有个问题就是,E_SCF(M)即CCSD(T)/cc-pVQZ的HF能量,E_(SCF)即CCSD(T)/cc-pVTZ的HF能量。根据E(CCSD(T)/cc-pVQZ) ≈ [E(MP2/cc-pVQZ) - E(MP2/cc-pVDZ)] + E(CCSD(T)/cc-pVDZ),近似的CCSD(T)/cc-pVQZ能量可以得到,但此时HF(SCF)能量是三个部分的加和,这个时候HF能量怎么确定呢?
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2019-5-14 17:58:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 03:29
写着64显然是64bit的
你试一下能并行就能并行

非常感谢sob老师!
的确可以支持超过四核并行,不过为什么在设置较大的内存的时候会报错……
机器是8G的内存,在设置5G及以上的内存时会报错 ,然而输出文件中没有任何错误信息……

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-14 20:23:57 | 只看该作者 Only view this author
DoorBell 发表于 2019-5-14 17:58
非常感谢sob老师!
的确可以支持超过四核并行,不过为什么在设置较大的内存的时候会报错……
机器是8G ...

那就别设那么大
反正大多数任务耗内存不多,而真碰上了特别耗内存的情况,就算给个6、7 GB也不够用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-14 20:27:36 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-5-14 16:12
老师们好,请问Mos的能量排布不对怎么办

用Multiwfn载入fch文件,进入主功能0,用左上角的orbital info.选项看MO能量怎么排的。详见
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-14 20:29:01 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-5-14 07:41
请问老师,用IRC=rcfc,先将TS.chk另存为IRC.chk,而后用IRC=rcfc读过渡态的Hessian时输入文件写了%chk=I ...

会把当前%chk指定的chk里的内容改写
不想被改写的话,要么先备份一次chk,要么用%oldchk
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发表于 Post on 2019-5-14 21:33:58 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,做具有平面对称性分子的T1 优化前就稍微人为破坏平面,那请问下这样的化合物的T1绝热吸收(发射能)该如何得到?比方说老师授课讲义中吡啶的T1的绝热吸收(发射能)。谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-14 21:46:29 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2019-5-14 21:33
sob老师好,做具有平面对称性分子的T1 优化前就稍微人为破坏平面,那请问下这样的化合物的T1绝热吸收(发射 ...

照常算啊,没有任何特殊性。只不过优化激发态之前先把结构对称性破坏就完了,该优化成什么样就是什么样
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发表于 Post on 2019-5-14 22:42:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 20:23
那就别设那么大
反正大多数任务耗内存不多,而真碰上了特别耗内存的情况,就算给个6、7 GB也不够用

非常感谢sob老师!
原因倒是找到了,把虚拟内存设大就可以了(Gaussian的蜜汁逻辑)

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发表于 Post on 2019-5-14 22:47:29 | 只看该作者 Only view this author

势能面扫描

本帖最后由 jing-quan63 于 2019-5-14 22:53 编辑

最近学习sober老师发布的关于用GAUSSIAN做势能面扫描的帖子时,遇到以下问题(附件是我提交任务时的问题以及输入文件中的坐标):
  1:帖子里在几何内坐标之后,空一行分别又将键长B,键角A,以及二面角分别列出,实际操作时也是用A1,B1等全部列出来么?对于复杂一些的分子感觉略微麻烦
  2:如若有多个二面角可以旋转,扫描时候是同步旋转还是逐一旋转?
  3:文献中的能级图是不是必须用能量最低构象,是的话如何从扫描结果证明就是最低构象?
  谢谢大家!

3%)6{FCZ4@9JZYON~@(KPFR.png (23.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

3%)6{FCZ4@9JZYON~@(KPFR.png

O2J]$$NT4%0`JFHS$Z1DIT2.png (56.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

O2J]$$NT4%0`JFHS$Z1DIT2.png

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发表于 Post on 2019-5-15 00:02:39 | 只看该作者 Only view this author
请问可以根据CCSD(T)/cc-pVTZ和借助MP2近似计算得到CCSD(T)/cc-pVQZ的能量,外推得到近似的CCSD(T)/CBS的能量吗?谢谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-15 00:09:59 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2019-5-15 00:02
请问可以根据CCSD(T)/cc-pVTZ和借助MP2近似计算得到CCSD(T)/cc-pVQZ的能量,外推得到近似的CCSD(T)/CBS的能 ...

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-15 00:13:37 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2019-5-14 22:47
最近学习sober老师发布的关于用GAUSSIAN做势能面扫描的帖子时,遇到以下问题(附件是我提交任务时的问题以及 ...

别用gview那个界面创建输入文件,关键词一定要自己手写。直接Ctrl+S保存gjf,自己写坐标以外的内容。只有菜鸟才用那个界面,极其不灵活,能用的功能极少。

1 我不知道你想扫什么,通常用笛卡尔坐标就完了
2 显然是逐一。我博文里对二维扫描解释得很明白
3 找能量最低构象需要做构象搜索,用gentor是最佳选择,仔细看
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

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发表于 Post on 2019-5-15 08:08:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 03:32


程序bug,或者由于积分格点精度不够之类的数值原因导致没判断出来,或者由于自旋极化而导致没法判 ...

老师,电子组态可以看轨道,分子的term symbol需要自己算吗?算的时候以哪些电子的组态为对象?有没有简单一点的方法或者软件计算啊?

本版积分规则 Credits rule

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