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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-2 13:14:07 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2019-5-2 09:51
sob老师您好,我最近在研究一个O2的解离反应。因为是在单金属活性位点解离,我感觉很可能没有过渡态。打算 ...

“自旋发生了变化”意义不明,你自旋多重度设的多少,计算时候就用的多少

应该会有过渡态
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发表于 Post on 2019-5-2 13:49:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2019-5-2 13:51 编辑
sobereva 发表于 2019-5-2 13:14
“自旋发生了变化”意义不明,你自旋多重度设的多少,计算时候就用的多少

应该会有过渡态

就是在吸附O2的构型基态自旋是4,O2解离后的构型基态自旋是2。如果扫描过程我分别用了2和4的自旋做柔性扫描,那出来的结果是不是不够准确啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-2 16:14:02 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2019-5-2 13:49
就是在吸附O2的构型基态自旋是4,O2解离后的构型基态自旋是2。如果扫描过程我分别用了2和4的自旋做柔性扫 ...

自旋多重度不要简称为自旋,否则语义不明
计算时是当一个整体算的,包括解离过程,不要光考虑O2解离后只剩下的那个部分的自旋多重度
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发表于 Post on 2019-5-2 18:32:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,如果需要加溶剂化效应,是在优化结构的时候就需要加,还是先在没有溶剂化效应的条件下计算,然后再加溶剂化效应优化找到的过渡态结构。

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发表于 Post on 2019-5-2 22:43:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 naoki 于 2019-5-2 22:44 编辑

Sob老师我想请教一个问题。我按您gaussian安装教程在CentOS7上装好了G16,然后我打算用甲烷分子的几何优化测试一下能不能用,用高斯跑的时候一开始就提是错误:

我的输入文件是:
%mem=100GB
%chk=test.chk
%nprocshared=40
# opt b3lyp/6-311g(d) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                 -1.48013634   -0.36184210   -0.01937605
H                 -1.12348191   -1.37065210   -0.01937605
H                 -1.12346350    0.14255609    0.85427546
H                 -1.12346350    0.14255609   -0.89302755
H                 -2.55013634   -0.36182892   -0.01937605

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5

不管换什么分子都是这种错误:
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Input=/home/naoki/ilipg16/test.gjf
Output=/home/naoki/ilipg16/test.log
Initial command:
/home/naoki/g16/l1.exe "/home/naoki/g16/scratch/Gau-20503.inp" -scrdir="/home/naoki/g16/scratch/"
Error converting string "                 11O" to an integer.
Input conversion error in IntKMC.
Error termination via Lnk1e at Thu May  2 21:55:11 2019.

请问该如何解决呢?谢谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-3 06:41:38 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-5-2 22:43
Sob老师我想请教一个问题。我按您gaussian安装教程在CentOS7上装好了G16,然后我打算用甲烷分子的几何优化 ...

直接把输入文件和输出文件上传(不要直接把内容贴上来。输入和输出文件一定要严格对应)
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lufenghxu 发表于 2019-5-2 18:32
老师,如果需要加溶剂化效应,是在优化结构的时候就需要加,还是先在没有溶剂化效应的条件下计算,然后再加 ...

要保险的话优化时候就加
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发表于 Post on 2019-5-3 13:19:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-3 06:41
直接把输入文件和输出文件上传(不要直接把内容贴上来。输入和输出文件一定要严格对应)

Sob老师您好~这是我的输入和输出文件,抱歉之前没有直接上传,谢谢您。
test.gjf (443 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3) test.out (311 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-3 15:41:38 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2019-5-3 13:19
Sob老师您好~这是我的输入和输出文件,抱歉之前没有直接上传,谢谢您。

我很怀疑你的输出文件并不是对应这个输入文件的。
提示里涉及“11O”,然而这在你的输入文件里并没有出现。
如果确实这个输出文件就是对应这个输入文件,把
%mem=100GB
%chk=test.chk
%nprocshared=40
都去掉再试
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发表于 Post on 2019-5-3 15:50:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-3 15:41
我很怀疑你的输出文件并不是对应这个输入文件的。
提示里涉及“11O”,然而这在你的输入文件里并没有出 ...

Sob老师,我也发现了这个问题,所以出错后第一反应就去找11O,结果就是找不到,这个输出文件确实对应输入文件的。。换其他分子测试也提示这个11O,输入文件%mem=100GB %chk=test.chk %nprocshared=40都去掉以后还是这个提示,有没有可能是软件的问题。。
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发表于 Post on 2019-5-3 15:58:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-3 15:41
我很怀疑你的输出文件并不是对应这个输入文件的。
提示里涉及“11O”,然而这在你的输入文件里并没有出 ...

额抱歉啊Sob老师,确实是软件问题,应该是压缩包拷贝时损坏了,重新按您教程来一遍就好了。再次感谢!
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发表于 Post on 2019-5-3 16:55:22 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想请问2个问题

(1) 正在计算金属串的错合物,假设有三个金属,我想个别设定这三个金属的自旋,而不是只有总自旋,应该怎么做,目前用Gaussian和ORCA做计算
(2) 我在ORCA有看到一種broken-symmetry算法,請問這是能針對我上述的例子使用嗎?或是他是針對什麼情況呢?因為ORCA網站的例子我不太懂

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-4 06:20:47 | 只看该作者 Only view this author
bria6677 发表于 2019-5-3 16:55
老师好,我想请问2个问题

(1) 正在计算金属串的错合物,假设有三个金属,我想个别设定这三个金属的自旋 ...

1 在gview里设置片段初猜,看
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
2 在Gaussian里做对称破缺计算比ORCA方便得多
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发表于 Post on 2019-5-4 08:45:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-5-4 08:46 编辑

老师,右边这种变形电荷密度差图能不能在origin 中绘图呢?用MUltiwfn绘的图用来写作,和origin的图比较,感觉A*V画质啊

QQ截图20190504084336.png (189.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

QQ截图20190504084336.png

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8865#
发表于 Post on 2019-5-4 10:55:02 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想问一下在计算TS中为什么会出现输出文件在GuassView打不开的情况呢?在文本文档里显示都收敛了。错误信息是CConnectionGFCHK::Parse_GFCHK()   Missing or bad data: RBond   Line  Number 329

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