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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-6-13 22:42:16 | 只看该作者 Only view this author
嗯嗯,看到您的回复,多谢卢老师指点~  

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发表于 Post on 2019-6-14 00:32:31 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问有没有从柔性扫描任务输出文件中提取每一帧优化后的坐标的脚本啊?谢谢

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发表于 Post on 2019-6-14 10:03:56 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/474  中老师提到: 如果扫描出的这种曲线有一些明显的突跃,通常是那个点恰好没有收敛到与周围的点特征基本相同的波函数所致,此时可以尝试把扫描步长减小再试,这样有助于保持波函数的连续性,毕竟每个点的初猜自动用上一个点的收敛的波函数,二者结构相差越小则波函数的状态越容易继承下去。

那扫描的时候 guess=always 要不要加呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-14 23:30:17 | 只看该作者 Only view this author
happyknighthawk 发表于 2019-6-14 00:32
老师,请问有没有从柔性扫描任务输出文件中提取每一帧优化后的坐标的脚本啊?谢谢

你用gview6的保存功能就可以实现。进入保存界面里的advanced界面,可以要求把窗口里每一帧拆分保存
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-14 23:32:06 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-6-14 10:03
http://sobereva.com/474  中老师提到: 如果扫描出的这种曲线有一些明显的突跃,通常是那个点恰好没有收敛 ...

不加。加了才不容易保证波函数连续
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-6-16 13:17:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-14 23:30
你用gview6的保存功能就可以实现。进入保存界面里的advanced界面,可以要求把窗口里每一帧拆分保存

好的,非常感谢社长,谢谢!

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发表于 Post on 2019-6-16 22:36:48 | 只看该作者 Only view this author

单点能计算

求助,用高斯程序计算21个原子体系的单点能,用ccsd(t)/aug-cc-pvdz,耗时过长,想早点得到结果,请问有什么好的方法吗?是改用计算方法还是改用计算的程序呢?比如改成mp2或者用orca,谢谢了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-17 01:11:08 | 只看该作者 Only view this author
zmm0418 发表于 2019-6-16 22:36
求助,用高斯程序计算21个原子体系的单点能,用ccsd(t)/aug-cc-pvdz,耗时过长,想早点得到结果,请问有什么 ...

以后发帖时不要用“单点能计算”这种标题,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

MP2是垃圾
仔细、完整看此文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-17 01:11:43 | 只看该作者 Only view this author
Scienceme 发表于 2019-6-16 10:54
卢老师  想请教您一下:
对NBO波函数分析的意义比较模糊,那我的这样看法对么?
1. 如果哈密顿量精确地话 ...

波函数分析的问题发在本论坛的波函数分析板块
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发表于 Post on 2019-6-17 01:40:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-17 01:11
以后发帖时不要用“单点能计算”这种标题,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

MP2是 ...

谢谢老师深夜帮助

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发表于 Post on 2019-6-17 10:34:16 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!我想请问一下,体系中含有无金属元素的有机阳离子与二氧化碳,在进行能量计算时,提交任务后,为什么总是显示报错?
麻烦老师能够指点一下!
输入文件请看附件! energy-D3-C115-CO2.gjf (1.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2019-6-17 10:35:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-14 23:32
不加。加了才不容易保证波函数连续

我调整了每步长度(0.1埃到0.01埃)  但还是在PBE级别下计算会有跳跃,但是我用PBE0哪怕是0.1埃  曲线还是连续的,那这是泛函的选取问题吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-17 21:51:47 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2019-6-17 10:34
老师,您好!我想请问一下,体系中含有无金属元素的有机阳离子与二氧化碳,在进行能量计算时,提交任务后, ...

当前体系整体电荷为1时自旋多重度不可能为1,报错提示说得很明白
检查是否结构有问题,诸如是否C1上应该只有一个氢

泛函前头没事别加U这种前缀,纯粹瞎浪费时间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-17 21:52:38 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-6-17 10:35
我调整了每步长度(0.1埃到0.01埃)  但还是在PBE级别下计算会有跳跃,但是我用PBE0哪怕是0.1埃  曲线还 ...

没更具体信息不好说
和泛函也没必然关系。如果不是特别有必要用PBE就改成PBE0
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发表于 Post on 2019-6-18 16:07:09 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我在计算Ih-C60(summary的对称性也是Ih)的NMR时,发现并不是一个峰,Ih-C60的C不该是完全等价的嘛,为什么会出现靠近的几个峰呢?

本版积分规则 Credits rule

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