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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-6-18 22:08:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-22 01:15
即便是色散作用主导的,几何优化是3-zeta也就够了
def2-TZVP用来优化完全不划算,6-311G**优化结果已 ...

老师对于电子转移复合物,有可能也有氢键也用6-311G**优化和频率分析够了吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-19 02:21:03 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-6-18 16:07
老师们好,我在计算Ih-C60(summary的对称性也是Ih)的NMR时,发现并不是一个峰,Ih-C60的C不该是完全等价 ...

积分格点精度问题所致
使用CPHF=grid=fine,可以让不同的碳的差异明显变小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-19 02:21:59 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-6-18 22:08
老师对于电子转移复合物,有可能也有氢键也用6-311G**优化和频率分析够了吗?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-6-19 10:16:07 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我是一名本科生,正在学习结构化学,对量子化学的计算想多多学习一下,而且在课堂上有很多知识消化不了,请问老师有什么结构化学以及量化计算的线上课程或者书籍可以推荐学习,谢谢,打扰您了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-20 03:56:32 | 只看该作者 Only view this author
chemqzx 发表于 2019-6-19 10:16
老师您好,我是一名本科生,正在学习结构化学,对量子化学的计算想多多学习一下,而且在课堂上有很多知识消 ...

该说的这里都说了
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
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发表于 Post on 2019-6-20 13:54:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CharlesGe 于 2019-6-20 15:18 编辑
sobereva 发表于 2019-6-19 02:21
积分格点精度问题所致
使用CPHF=grid=fine,可以让不同的碳的差异明显变小

好的  谢谢老师   有一个小问题,一个碳化合物,单重态的化合物应有13C NMR谱 而 没有ESR活性,非单重态(二重态,三重态)有ESR活性但是没有13C NMR谱    这样说法对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-21 02:05:01 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-6-20 13:54
好的  谢谢老师   有一个小问题,一个碳化合物,单重态的化合物应有13C NMR谱 而 没有ESR活性,非单重态 ...

ESR这个说法没错
至于NMR谱的这种差别,我没听说过
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发表于 Post on 2019-6-21 16:28:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-21 02:05
ESR这个说法没错
至于NMR谱的这种差别,我没听说过

好的  谢谢老师

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发表于 Post on 2019-6-22 22:42:36 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,某个复合物结构在298.15K时,相对总电子能量大于0,相对吉布斯自由能也大于0。是不是说明这个复合物不会自发形成呢?谢谢Sob老师。
自己决定自己的DNA

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-23 00:15:06 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2019-6-22 22:42
请问老师,某个复合物结构在298.15K时,相对总电子能量大于0,相对吉布斯自由能也大于0。是不是说明这个复 ...

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发表于 Post on 2019-6-23 09:50:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师打扰您了!我感觉自己基础很薄弱,很多基本问题搞不清楚,请教您几个问题:一是,除了休克尔轨道理论外,量化中还有哪些理论用到久期方程式?DFT或CASSCF计算中用到久期方程式吗?二是,量化计算的电子能是单个分子的电子能,而自由能校正值是一摩尔分子的校正值,为了计算位垒需要把电子能和自由能校正值加起来得到过渡态的自由能(同理再得到中间体的自由能,相减得到位垒),单个分子的电子能和一摩尔分子的自由能校正值可以加吗?感觉不合理呀?三是,DFT计算得到分子轨道是用类似于FOCK矩阵对角化得到,一般基函数上千个,是个几千维的矩阵,而频率计算是hessan矩阵对角化,一般是个几百维的矩阵,为什么频率计算要慢很多呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-24 02:42:57 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-6-23 09:50
sob老师打扰您了!我感觉自己基础很薄弱,很多基本问题搞不清楚,请教您几个问题:一是,除了休克尔轨道理 ...

1 实际量子化学的数值计算中不是解久期方程,而是做矩阵对角化。结构化学书里那种手算求解的时候才是解久期方程,结果和矩阵对角化是一样的。久期方程本质上就是求哈密顿矩阵的本征值,这个过程在HF、KS-DFT、CI等都会牵扯到。

2 这取决于你用的电子能量的单位,量化计算给出的Hartree本身体现的就是每摩尔的能量。

3 对角化Hessian矩阵是一瞬间的事,耗时几乎完全在于算Hessian矩阵元
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发表于 Post on 2019-6-25 10:07:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,Mn+,三重态的轨道我用multiwfn计算时为什么每次计算出来的轨道都不一样呢?怎么保证每次都一样(只有一个Mn啊)?scf=tight?

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发表于 Post on 2019-6-25 20:08:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hanmingxi 于 2019-6-25 20:10 编辑

sob老师请问在计算有机分子的单重态和三重态的激发态时候是用PBE1PBE还是用B3LYP 好一点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-26 03:12:12 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2019-6-25 20:08
sob老师请问在计算有机分子的单重态和三重态的激发态时候是用PBE1PBE还是用B3LYP 好一点?

这里写明了
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265http://bbs.keinsci.com/thread-415-1-1.html
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