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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-7-2 16:05:00 | 只看该作者 Only view this author

IRC扫描只有三步就结束了

在构象搜索时,扫描一个二面角,找到能量最高的结构当做初猜过渡态,然后TS计算过渡态,得到一个虚频,然后用IRC验证是否正确,但是只有三步就正常结束,请问这是出现什么问题?
输入:irc=(calcfc,maxpoints=20,stepsize=5,LQA) b3lyp/6-31g(d)

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发表于 Post on 2019-7-2 18:44:40 | 只看该作者 Only view this author
在进行泛函测试时,B3LYP,tpss等泛函加D3校正正常结束,而hse06,tpssh却报错如下信息。求助这是为什么呢?

输入信息:#p opt freq HSEh1PBE/genecp 5d 7f integral=(acc2e=11,grid=ultrafine)  
报错信息:Two-electron integral symmetry is turned on.
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 2523 IXCFnc= 35 ScaHFX=  0.100000 IDFTD=3
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/gaussian/g09.E01/g09/l301.exe at Tue Jul  2 14:21:10 2019.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 14.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=     59 Scr=      1

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发表于 Post on 2019-7-2 21:54:48 | 只看该作者 Only view this author
Scarlett-ww 发表于 2019-7-2 18:44
在进行泛函测试时,B3LYP,tpss等泛函加D3校正正常结束,而hse06,tpssh却报错如下信息。求助这是为什么呢 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html#pid37144

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发表于 Post on 2019-7-2 22:07:47 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2019-7-2 15:58
老师好,在相同计算条件下,计算荧光发射能过程中所得到振子强度越大,是否意味发光效率越高?谢谢

若“发光效率”定义为荧光量子产率,我理解其是荧光过程与其他发光过程如磷光过程、以及无辐射过程比如内转换的比值,所以荧光发射速率高不一定量子产率就高。同时荧光发射速率与振子强度呈正比,但同时与能量差的平方呈正比,只能说与振子强度有关。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-2 22:42:18 | 只看该作者 Only view this author
laurence 发表于 2019-7-2 16:05
在构象搜索时,扫描一个二面角,找到能量最高的结构当做初猜过渡态,然后TS计算过渡态,得到一个虚频,然后 ...

仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-2 22:42:59 | 只看该作者 Only view this author
Scarlett-ww 发表于 2019-7-2 18:44
在进行泛函测试时,B3LYP,tpss等泛函加D3校正正常结束,而hse06,tpssh却报错如下信息。求助这是为什么呢 ...

没这些泛函的色散校正参数
用其它泛函,或者不用D3
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-7-3 09:26:44 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-7-2 22:07
若“发光效率”定义为荧光量子产率,我理解其是荧光过程与其他发光过程如磷光过程、以及无辐射过程比如内 ...

liyuanhe211老师好,经过如下的推导,可以看出荧光量子产量与振子强度是正比例关系,与能量差的平方是正比例关系,与非辐射跃迁速率是反比例关系。

如果能量差的平方、振子强度,非辐射跃迁速率三者之间没有直接的关系,如能量差的平方大,也不代表振子强度小。

这样的话荧光量子产量与振子强度可以说有正比例关系,即就是振子强度大,量子产量高。




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发表于 Post on 2019-7-3 09:38:41 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2019-7-3 09:26
liyuanhe211老师好,经过如下的推导,可以看出荧光量子产量与振子强度是正比例关系,与能量差的平方是正 ...

你说的跟我说的是基本一样的(除了辐射跃迁速率其实不只包含荧光发射)。以你推导的结果为例,我个人觉得对这种多变量关系不能简单表述为“振子强度越大,发光效率越高”,尤其是原来还描述成了实用情况“在计算中”,否则可能误导以为定性比较速率只需要看这一个数值,只能表述为形如“在XX、XX不变的前提下,XX越高,XX就越高”。不过理解了怎么回事就好了。

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发表于 Post on 2019-7-3 09:52:36 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-7-3 09:38
你说的跟我说的是基本一样的(除了辐射跃迁速率其实不只包含荧光发射)。以你推导的结果为例,我个人觉得 ...

谢谢liyuanhe211老师!最终还是发光效率与振子强度有关。

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发表于 Post on 2019-7-3 10:07:37 | 只看该作者 Only view this author
老师们好   我的导师告诉我说尽量不要在opt的任务中直接加freq    最好是再单做一个freq的任务   对于频率计算这里有什么Tips吗?  (因为每次再开一个任务还得等opt算完,感觉麻烦)

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发表于 Post on 2019-7-3 10:23:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-2 22:42
没这些泛函的色散校正参数
用其它泛函,或者不用D3

嗯好,谢谢Sob老师。看了公社里关于色散校正的帖子,知道一些元素可能没有色散校正参数而无法计算,例如用ωB97XD计算很重原子时可能出现的R6DR0:…的提示。现在也明白一些泛函可能没有色散校正参数而无法计算,但是在DFT-D3中,这些被排外的泛函有什么规律吗?

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发表于 Post on 2019-7-3 10:23:29 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-7-2 21:54
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html#pid37144

嗯好的,谢谢李老师。

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发表于 Post on 2019-7-3 16:23:21 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!
我想问一下在oniom模型下,用0 3优化计算三线态时,如何查看三线态的能级?

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发表于 Post on 2019-7-4 09:44:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 狄拉克自带buff 于 2019-7-4 09:51 编辑
狄拉克自带buff 发表于 2019-7-3 16:23
老师,您好!
我想问一下在oniom模型下,用0 3优化计算三线态时,如何查看三线态的能级?

十分感谢老师提供的学习交流平台,我好像找到帖子了http://bbs.keinsci.com/thread-3287-1-1.html
应该是找ONIOM: extrapolated energy
然后0 3优化的能量和0 1优化的能量相减*27.2114就是他的三线态能级吗?

可是为什么我感觉怪怪的!我总觉得应该是取ONIOM: gridpoint  2 method:  high  system:  model energy:的值相减,因为我认为我想要的只是high layer的那一个分子的三线态能级。
还需要老师帮我解答一下,感谢!

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发表于 Post on 2019-7-4 10:37:03 | 只看该作者 Only view this author

结构塌缩

计算一个络合物  但是 一算就结构挤到一团了
输入文件是
# opt freq b3lyp/gen

Title Card Required

0 1
Ir                 0.00000000    0.00000000    0.00000000
C                  0.00000000    0.00000000    3.74021235
C                  1.42235843    0.00000000    3.34668387
C                  2.14670995   -1.46239640    3.42939601
C                  1.18185478   -2.32323684    2.45500193
C                 -0.24712586   -2.32325113    2.85064666
C                 -0.57971287   -1.46174179    4.18328315
H                  3.11269399   -1.38186674    2.97391624
H                  2.08118669    0.77704889    3.67452434
H                 -0.18464283   -1.86367110    5.09256352
H                  1.66073017   -3.21943281    2.11626483
H                 -0.82671098   -3.22227006    2.80266890
H                 -1.64239932   -1.38213082    4.28757252
H                 -0.39819525    0.77629019    4.35988785
H                  2.27352054   -1.86465336    4.41246812
Ir                -0.76472738    1.36461618   -3.42264854
C                 -2.92426483    3.04737761   -5.97045319
C                 -2.98852194    1.52703289   -6.27791497
C                 -2.03035167    1.06777632   -7.51618171
C                 -0.60385357    1.61785646   -6.98870726
C                 -0.55504927    3.06550877   -6.69086217
C                 -1.92188703    3.88317687   -6.93996984
H                 -2.00384763   -0.00265686   -7.54048431
H                 -3.92211826    1.00391155   -6.28559346
H                 -2.22037408    3.96881916   -7.96368243
H                  0.21722660    1.14908058   -7.49185592
H                  0.29572700    3.65012635   -6.97501379
H                 -1.81600959    4.87120448   -6.54119874
H                 -3.80995592    3.60917087   -5.75813984
H                 -2.31964059    1.41567960   -8.48550947
Cl                -1.53176468    0.55553776   -1.50527795
Cl                 0.65726988    1.23061622   -1.72492157

C H Cl 0
6-31G*
****

Ir 0
lanl2TZ(f)
****

Ir
lanl2TZ(f)



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