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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-4 10:45:16 | 只看该作者 Only view this author
Scarlett-ww 发表于 2019-7-3 10:23
嗯好,谢谢Sob老师。看了公社里关于色散校正的帖子,知道一些元素可能没有色散校正参数而无法计算,例如 ...

目前DFT-D3拟合的泛函的参数已经包含了几乎所有常见泛函(见Grimme的主页,以及他的相关文章和补充材料),但是不少的泛函的DFT-D3参数并不在Gaussian里内置,这时候需要自己通过环境变量进行设定让Gaussian知道参数。此文有相关信息
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344http://bbs.keinsci.com/thread-3997-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-4 10:48:02 | 只看该作者 Only view this author
心辉 发表于 2019-7-4 10:37
计算一个络合物  但是 一算就结构挤到一团了
输入文件是
# opt freq b3lyp/gen

Ir 0
lanl2TZ(f)
****
上头的空行去掉

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发表于 Post on 2019-7-4 10:50:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-4 10:48
Ir 0
lanl2TZ(f)
上头的空行去掉

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-4 10:53:17 | 只看该作者 Only view this author

并且gen改成genecp
仔细把此文完整看完
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-4 10:53:52 | 只看该作者 Only view this author
狄拉克自带buff 发表于 2019-7-4 09:44
十分感谢老师提供的学习交流平台,我好像找到帖子了http://bbs.keinsci.com/thread-3287-1-1.html
应该 ...

就是用ONIOM: extrapolated energy相减
对于用户来说,只有这个值有实际意义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-4 10:54:49 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-7-3 10:07
老师们好   我的导师告诉我说尽量不要在opt的任务中直接加freq    最好是再单做一个freq的任务   对于频率 ...

没这回事
opt freq完全没问题

只不过如果体系很大,耗时很高,分成两个任务做更容易管理,中途出错也容易处理
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发表于 Post on 2019-7-4 12:53:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-4 10:45
目前DFT-D3拟合的泛函的参数已经包含了几乎所有常见泛函(见Grimme的主页,以及他的相关文章和补充材料) ...

好的,多谢Sob老师。

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发表于 Post on 2019-7-4 22:26:17 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好!想问一下如何用ADMP计算成键还是断键?

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发表于 Post on 2019-7-5 10:54:56 | 只看该作者 Only view this author

如何估算一个分子的vdw

请教如何计算一个分子的vdw,谢谢!

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发表于 Post on 2019-7-5 11:48:26 | 只看该作者 Only view this author
vdw只是Van der Waals的缩写而已。你要说明是范德华半径、范德华表面,范德华相互作用等等哪一种。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-5 13:10:04 | 只看该作者 Only view this author
planet5460 发表于 2019-7-5 10:54
请教如何计算一个分子的vdw,谢谢!

仔细看9186L的回复。问问题的时候必须问清楚
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-5 13:13:52 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-7-4 22:26
sob老师,您好!想问一下如何用ADMP计算成键还是断键?

谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
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发表于 Post on 2019-7-6 11:23:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-5 13:13
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html ...

谢谢sob老师,我还想问一下,我算ADMP的时候,一直是502错误, 显示Input densites are not normalized.
我用的是优化过的构型坐标,命令行是#p b3lyp/6-311G(3df,3pd) ADMP(maxpoint=200) IOp(1/81=10,1/82=300,1/80=1000000),请问哪里错了呢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-6 17:22:12 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-7-6 11:23
谢谢sob老师,我还想问一下,我算ADMP的时候,一直是502错误, 显示Input densites are not normalized.
...

减小步长再试,或者改用更主流的BOMD
跑AIMD完全没必要用那么大基组,也太浪费时间。用个6-311G*足够了
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发表于 Post on 2019-7-6 20:36:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-6 17:22
减小步长再试,或者改用更主流的BOMD
跑AIMD完全没必要用那么大基组,也太浪费时间。用个6-311G*足够了

谢谢,麻烦再问一下sob老师,那构型是不是也要用6-311G*先优化才能算ADMP,不能用其它基组下的构型算,是吗?

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